张居正不仅是朱翊钧的辅政大臣，还是他的“私人教师”。无时无刻不教导着这位年幼的小皇帝，为他安排每日必修的功课，亲自给他讲朝廷上的大事以及宫中的细枝末节。小皇帝对这位老师十分信任和依赖，也十分尊重，每次都称他为“先生”。

有一次，朱翊钧玩性大发，想在宫中搞一次灯火晚会，张居正说：“你要是想看灯，就在房檐上挂几盏就行了，不必搞那么隆重。以后还有很多重大场合能看到，比如皇上的大婚，皇子们出阁，这些都要花费不少钱。”小皇帝听后点点头：“先生说得对，我不看灯了！”

朱翊钧自幼丧父，张居正则扮演着亦师亦父的身份。而在小皇帝心中，也把张居正当作至亲的人。一次，朱翊钧听说张居正肚子疼，他听说吃辣能使人暖胃，就亲手做了一碗辣面给张居正吃，张居正感动不已，此后更是忠心耿耿。

朱翊钧登基后十年，对朝政事物也有所掌握。张居正便向他提出了自己的政治构想：当时，土地兼并情况十分严重，王公贵族利用政治特权占领大量土地还拒不缴税。负担都落在农民身上，导致社会矛盾尖锐，多地爆发了起义。张居正针对这种现象，提出了对策——一条鞭法。就是以州县为基础，将所有赋税统一编派并为一条。以前税收项目很多，而且分季节收缴，因此偷税漏税的大有人在，如今将税收项目并为一条，不但省下了人力物力，还高效地保证了税收，缓和了阶级矛盾。张居正此举，为朱翊钧除去了很大的隐患。

张居正为皇上办的第二件大事就是淘汰了一批冗官(26)。当时朝中有一些大臣玩忽职守，不把皇帝放在眼里，张居正提出了“考成法”，让所有官员在年初写一个“全年工作计划”上交朝廷，年末时朝廷去查验计划是否完成。如果没有完成，则对其进行贬官处罚。朱翊钧对张居正提出的这些政策十分满意，全力配合他推行新政，向他学习治国的策略。当张居正去世时，万历帝朱翊钧也能独当一面了。