李贽出生于福建泉州一个商人家庭，本身是回族人，他的先祖是泉州的巨富，曾出使鲁谟斯，因与当地一名色目女子结婚，此后家族改信伊斯兰教。李贽的父亲并不喜欢经商，改行从文，做了一名教书先生。李贽六岁的时候，母亲去世了，李贽便一直跟着父亲读书学礼。

李贽从小受到伊斯兰教和儒学的双重影响，但他对这两家的思想都不真心接受。他对繁文缛节非常反感，他认为人生在世，还是应该多干点实事。在他十二岁的时候，他读《论语》中有一条：“孔子的学生樊迟请教怎么种地，孔子认为学习种地是没有出息的。等到樊迟出去后，孔子还说了一句：小人哉，樊须也！”李贽读到此处十分气愤，他认为孔子视种田人为“小人”是不可理喻的，为此还特意写了一篇《老农老圃论》将孔子批评了一番。此文章在乡里传开，一下子就轰动了，人们难以相信这个十二岁的孩子能说出如此惊世骇俗的话。李贽二十六岁考中了举人，在官场上混迹了二十多年，他看不上朝堂之中那些伪士，一心想搞学术研究。

李贽在姚安当知府时，常常与僧人结伴而行、讨论佛法，甚至将办公场所搬到了寺庙中。过了三年，李贽以生病为借口，上书请求告老还乡，但是被拒绝了，于是李贽躲到鸡足山阁不再出来。后来他辞官成功，就彻底移居到寺庙中，闭门读书。李贽在寺庙时，也是一副狂士的样子，他虽然把头发剃了，却将胡子蓄了很长。秃顶长须，一副怪异的模样，不过他这副模样也没吓走前来听他讲课的弟子，反而使前来的人络绎不绝。不论是和尚、农民还是樵夫，都来听他讲课。他还不顾世俗的偏见，收了很多女弟子，整日和她们书信往来。

李贽因特立独行名声大振，很多人想要和他交往。李贽从不肯轻易拜见达官贵人，只见那些有真学识的实干家。当年利玛窦来北京的时候，李贽就亲自上门拜访，还送给他一把有自己书画的扇子。