由于朱厚熜的身份比较特殊，因此在继承大统这个问题上，还存在很多分歧。首辅大臣杨廷和认为堂弟登基不符合礼法，胁迫朱厚熜改变其堂弟的身份，想让他过继给孝宗皇帝，以朱厚照亲弟弟的身份继承大统。朱厚熜自小熟读《孝经》，他无法接受这种改变父母的事实。他想把自己的母亲尊为“皇太后”，却遭到了前皇帝朱厚照母亲的反对。

朱厚熜就在这种争议中登上了皇位，年号嘉靖。鉴于没有强有力的反驳理由，他只好和杨廷和僵持不下，直到他遇到了对礼仪颇有研究的张璁(15)，才扳过这个局面。张璁于公元1498年考取进士，对《周礼》《仪礼》《礼记》的内容了然于胸。他看不惯杨廷和飞扬跋扈的样子，向嘉靖帝上了一篇《大礼疏》，此文从五方面指出了杨廷和的错误，并举出历朝历代的例子，说明长子不得过继为人后。此文一出，朝中大臣辩解不得，只好做出退让，同意嘉靖帝立自己的生父为本生兴献帝，母亲为本生兴献后。嘉靖帝通过大礼仪之争为其父母争名，加强皇权，打击文官势力，迅速摆脱了杨廷和的控制，重新建立了嘉靖初期政坛新的人事格局。

为了避免后世皇帝们再发生这种皇嗣与皇继之争，嘉靖帝让人编纂了一部《明伦大典》，在书中记录了关于“大礼仪事件”的全部经过，并在书中称孝宗为皇伯考，称自己父亲为皇考。《明伦大典》以国家政典的形式进行刊印，成了当时传播“大礼”的工具。