到了崇祯元年（1628）二月，蓟辽总督王之臣以罪罢免。在朝廷大臣们的纷纷要求下，崇祯帝任命袁崇焕为兵部尚书，督师蓟辽。此年七月份，袁崇焕至北京，崇祯帝在平台（宫城右后门）召见袁崇焕及群臣。在一番君臣寒暄之后，他即问袁崇焕：

“东兵跳梁，十载于兹，封疆沦没，辽民涂炭。卿万里召赴，忠勇可嘉。所有方略，具实奏闻。”

袁崇焕一听皇帝咨以方略，而且态度亲切诚恳，一副礼贤下士的样子，便头脑一热，说出了后来有点后悔的话：

“臣受陛下特眷，原假便宜，计五年，全辽可复。”

崇祯帝一听，龙心大悦，连连许诺袁崇焕说，只要收复辽东失地，不要说你可封伯封侯，就连你的子孙也可同沐圣恩。边上的群臣一听皇帝这样说，连忙异口同声地夸袁崇焕道：

“袁崇焕肝胆意气，识见方略，种种可嘉，真奇男子也。”

这一夸，直把袁崇焕夸得心花怒放，似乎辽东之复，已是指日可待！

崇祯帝此时已累，便先回便殿休息一会儿。皇帝一走，有位名叫许誉卿的给事中便向袁崇焕请教，问他凭什么只要五年就可复全辽？

袁崇焕被许誉卿这么一问，也只得老实回答：

“圣心焦劳，聊以是相慰也。”

袁崇焕的意思，就是考虑到皇帝为这事日夜操心，我姑且说五年可以复辽，宽宽他的心。许誉卿一听，知道袁崇焕其实也是心中无底，只不过是随便说说而已，因此他立即责怪袁崇焕道：

“上英明，安可漫对！异日按期责效，奈何？”

许誉卿说得也有道理。皇帝英明有为，不是糊涂之辈，你袁崇焕随口说五年可以复辽，到时候皇帝真得按五年之期来考核，你怎么办！许誉卿的话犹如一盆冷水，令袁崇焕冷静下来了。他想起以前治辽的经历，以及朝中的复杂、辽东的艰苦，不由得后悔刚才的失言。因此，当崇祯帝休息后重新踱出来时，袁崇焕的口气就有了很大的改变，他说：

“东事本不易竣，陛下既委臣，臣安敢辞难？但五年内，户部转军饷，工部给器械，吏部用人，兵部调兵迁将，须中外事事相应，方克有济。”

这时袁崇焕把价码抬高了，不像开始时那样轻率。他提的那些要求也是实情，如果没有朝廷上下一致，同心协力，辽东的仗就没有办法打下去。崇祯帝觉得有道理，便对身边的部臣说，要满足袁的要求。袁崇焕接着说：

“以臣之力，制全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱臣谋。”

这些话很有分量，听得崇祯帝不知不觉站了起来，当即表示：

“卿勿疑虑，朕自主持！”

刘鸿训等阁部大臣见机，也向崇祯帝请赐尚方宝剑，假之便宜，崇祯帝立即同意。此时的崇祯帝，满怀希望，只要袁崇焕提出来的，他都答应。在他看来，只要辽东一平，中兴也就指日可待。而崇祯帝越是这样，袁崇焕越是担心。因此他在临赴任时，又给皇帝上了一个奏疏，把他心中的想法和担忧，一一写明。他说：

“恢复之计，不外臣昔年以辽人守辽土，辽土养辽人，守为正着，战为奇着，和为旁着之说。法在渐，不在骤；在实，不在虚。此臣与诸臣所能焉。”

说完自己的用兵之策后，袁崇焕话锋一转，点出自己对朝廷在边疆用人方面的担忧。他接着说道：

“至用人之人，与为人用之人，皆至尊司其钥。何以任而勿贰，信而勿疑？盖驭边臣与廷臣异，军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，为怨实多。诸有利于封疆者，皆不利于此身者也。况图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难。臣非过虑，但中有所危，不得不告。”

袁崇焕这段话，似乎为他后来的命运埋下了伏笔。他所担忧的，后来几乎都变成了现实，而亲手杀他的，竟也是爱他知他的崇祯帝。

袁崇焕赴辽东遇到的第一件事，就是宁远兵变，十分棘手。

宁远兵变在袁崇焕赴任前就已发生。起先是镇守宁远的川湖兵因连续四个月未领到军饷，起兵闹事，其余十三营也立即响应。叛兵们捉拿了巡抚毕自肃、总兵朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳，并把他们拘押在谯楼上，形势十分危急。

刚刚赴任的兵备副使郭广，与士兵们没有多少冲突，所以说话尚有些影响力。他竭力保护毕自肃，并千方百计筹集到抚赏等银两万余两，交给川湖兵。川湖兵仍不满足，郭广只得又向商民借贷，凑足五万两，才稍稍压住叛兵凶狠之势。巡抚毕自肃也得以逃到中左所（即塔山堡）。他大概是自感罪行深重，或许是对朝廷感到寒心，所以在上书自劾后，便上吊自杀，寻求解脱。

宁远兵变，反映出当时官军的脆弱。就体制而言，官军士兵主要是招募而来。明初的那种卫所制度及其兵源征募的办法，此时已名存实亡。既然是招募，则兵员素质首先就得不到保证。在当时，只有没办法的人才会去当兵，而且绝大多数人是冲着兵饷去的。这些兵，管得好就是朝廷的官军，一旦管得不好，那差不多就是盗贼。朝廷四个月不发饷，他们能不闹事吗？这事也怪不得巡抚毕自肃。他虽有治兵不力之罪，但兵士哗变，最直接的原因是欠饷。说到底，是朝廷拖欠了前线的兵饷。毕自肃虽为巡抚，但本身拿不出钱，只有朝廷给钱，毕自肃才有银发饷。

袁崇焕得知宁远兵变后，立即赶赴宁远，与那位能干的郭广密谋对策。袁崇焕的做法，与别人不同。他竟然宽宥了这场兵变的首恶杨正朝、张恩顺，令其充前锋立功自赎，以稳住人心。但像兵变这样的严重谋反事件，总得有人去承担责任。袁崇焕便斩了十五名从犯，又把预先知道川湖兵要发动哗变却没有及时上报的中军吴国琦处斩，并罢免了一批军官，以平群愤。当时只有都司程大乐统辖的一营兵士没有参加哗变，袁崇焕特予以奖励。在这些措施之下，宁远才算平静下来。

事态虽已平息，但军饷总得发下去，总拖着也不是长久之计。袁崇焕平定宁远后，立即上疏朝廷请饷。崇祯帝便召群臣商议。绝大部分大臣都请求崇祯帝发内帑充饷，以解燃眉之急，因为户部已无银可拨。崇祯帝一想到要动用自己的“内帑”之银，心中就不太情愿，但不好明确拒绝。正在崇祯帝为难之际，聪明的吏部侍郎周延儒体察到皇帝的心思，便出语惊人，发表了与众不同的高论：

“关门昔防敌，今且防兵。宁远哗，饷之。锦州哗，复饷之。各边效尤，帑将安给？”

崇祯帝一听，有道理！忙问道：

“卿谓如何？”

周延儒接着说道：

“事追不得不发，但当求经久之策。”

什么是经久之策呢？周延儒几天后又说：

“饷莫若粟。山海粟不缺也，缺银耳。何故哗？安知非骄弁拘煽，以胁崇焕邪？”

这句话真是说到崇祯帝的心坎上了。当时崇祯帝正疑心边将以兵变要挟朝廷，请发军饷，给周延儒这么一点拨，更是豁然开朗。

周延儒这番话，很得崇祯帝欢心。只要能少出他内库的银子，他都听得顺耳。但周延儒的话，却害苦了带兵的将领们。当时的官军，都是招募来的，帮朝廷打一天仗，朝廷就得给一天银子，因此并不像周延儒所讲的那样，有粮无银也能应付。当时朝廷欠饷普遍，不仅欠辽东的军饷，也欠其他地方如陕西等地的兵饷。因此，袁崇焕在平定宁远后，便立即向朝廷请饷。鉴于当时辽东的形势和袁崇焕的面子，崇祯帝尚能基本满足。

袁崇焕随即着手整饬辽东的防务，调整人事安排。毕自肃自杀后，袁崇焕上书请求不要再设巡抚。后登莱巡抚孙国桢被罢时，袁崇焕又上书请求罢除不设。同时，袁崇焕把宁远、锦州合为一镇，由祖大寿仍旧驻守锦州，加中军副将何可刚都督佥事，代替总兵朱梅驻守宁远（朱梅已被解任），而将驻守蓟镇的赵率教移至关门。这样一调整，山海关外仅存两员大将，而袁崇焕自己则镇守宁远，基本上做到了事权归一，理顺了人事关系。

到了崇祯二年（1629）闰四月，崇祯帝以春秋两防的功绩，诏令加袁崇焕太子太保，赐蟒衣、银币，荫锦衣千户。袁崇焕意气风发，原先的小心谨慎已被抛之脑后。不久，他就做了一件令朝野大为震惊的大事，那就是诛杀毛文龙。