辽东的局势稍稍缓和后，万历帝又故态重现。

他依然不上朝。万历四十七年（1619）九月，首辅方从哲恳请万历帝能出御文华殿，召见群臣，面商辽东战守方略，皇帝不予理会。吏部尚书赵焕甚至率朝廷百官跪在文华门，请求皇帝能视朝议政。方从哲则在仁德门跪着，等候消息。他们跪了整整一天，直到天黑前，万历帝才命一太监叫他们回去，上朝的事则免谈。赵焕等失望至极，曾上疏责问万历帝：

“如果有朝一日蓟门遭**，铁骑踏京郊，陛下您是否还能在深宫内高枕无忧，称病却之呢？”

万历帝不仅不视朝，不批不发群臣奏章，而且他依然不肯出钱充辽东军费。辽东饷绝，户部又无银，朝臣多次恳请万历帝能先从内库借支应急，万历帝却毫不松口。户部尚书李汝华无奈之中，下令扣留当时广东进解的一笔金花银（例应入皇室内库），充辽饷之用。万历帝得知后，大为震怒，罚李汝华俸禄一月，并要求他立即补足交入内库，李汝华只得照办。

为了筹集辽饷，朝廷只有加征。万历四十六年（1618）已加征过天下田赋。到万历四十七年（1619）十二月，朝廷又在前一次加征的基础上，再次加征。至次年三月，又因辽饷不支，第三次加征。三年之内，加征三次，大大增加了天下的赋税负担。这对本已不景气的农村经济来说，无疑是雪上加霜。

万历四十八年（1620）七月，万历皇帝终于驾崩了，最终躺进了三十余年前就造好的定陵。据说他在临死前，很是后悔自己一生的所做所为，并要新帝为他盖愆补过。现在看来，这很可能是朝廷大臣的杰作。他们借死人之口，用遗诏的名义，来对万历弊政做一些补救。他们在万历帝驾崩后的短短三天内，两次动用内库银二百万两急充边饷，并说这是万历帝临终前的交待。事实上，一毛不拔的万历帝是不太可能这样大方的，不过到这种时候，也由不得他了。

万历帝就这样走了，留给自己儿子和朝廷的却是这副烂摊子。后人至今也弄不懂他为什么要如此。不少人试图给他的行为提供一个合理解释，但至今尚没有一种解释能完全令人满意。

三百余年以后，万历帝和他皇后的合葬墓定陵被掘开，几近剖棺曝尸。他是明代皇帝中获此厄运的第一人，也是目前为止唯一的一人。在他生前，他事事为自己计较得失，孜孜求利，没想到三百余年后竟是这番情形。这是巧合，还是老天的报应呢？！