西燕东归之后，长安成了一座空城，卢水胡（少数民族的一种）的酋长郝奴趁机进驻。后秦姚苌率军讨伐，郝奴自知不敌，投了降。姚苌进入长安，正式登基称帝，封蛇氏为皇后，立长子姚兴为太子。
姚苌宴请群臣。酒至半酣，他问群臣道：“当年我们一起向苻坚称臣，同为大臣，如今却成了君臣关系，你们不感到羞辱吗？”大臣赵迁回答道：“老天不以陛下作为儿子为耻，我们做您的臣下又有什么可感到羞耻的呢！”姚苌一听，开怀大笑。
不久，姚苌的弟弟姚硕德率领族人前来报到，恰逢前秦秦州刺史王统投降，于是姚苌任命姚硕德为使持节、都督陇右诸军事、秦州刺史，镇守上邽。
前秦的苻丕也得到了一员猛将，就是他的堂侄子苻登。苻登率领五万大军前来，苻丕大喜，任命苻登为征西大将军、开府仪同三司、南安王，然后又任命徐义为右丞相，让王腾镇守晋阳，右仆射杨辅率军四万进驻平阳。
那年头，饥荒随时会发生，苻登对属下说：“你们要英勇杀敌，我保证你们早上战斗，晚上吃肉，不用担心受饿。”每场战役打下来，苻登的军队吃饭都是“吃熟食”，就是把杀死的敌人煮熟了吃，吃饱了的士兵更加英勇能战。
苻登带兵攻打南安，顺利攻克，胡、汉百姓前来归降的有三万多户。苻登继续进军，攻击秦州的姚硕德，秦州告急，姚苌亲自带兵来解救。苻登真是员猛将，他率军英勇冲杀，大败后秦军，杀死了两万多人。苻登麾下的将军啖青一箭射中姚苌，姚苌翻身落马，受了重伤，被抢救回上邽，姚硕德接管后秦部队。
不过有了猛将加持的苻丕没有扭转自己的命运，他被西燕打败，后被晋杨威将军斩杀。得到苻丕的死讯后，苻登命令全军披麻戴孝。
苻登准备立苻丕的儿子苻懿为帝，但众人都说苻懿年幼，不能担当大任，共推苻登即位，于是苻登设立祭坛，登基为帝。
后秦和前秦不共戴天，苻登立誓要为苻坚报仇。他把苻坚的牌位放置到一辆专用的大车上，用帷幔围住，车盖是青色的，车前立有黄旗，还安排三百名虎贲将士守卫在车的四周。每遇大事，他就先向苻坚牌位报告，然后才去行动。
苻登率军五万攻击后秦。他命人在每个将士的头盔和铠甲上都刻上“死休”两个字，以激励士气，并训练士兵持短剑长矛，叫他们列成圆阵，哪缺补哪，这样一来人人都能独立战斗，又能形成合力，因此他的军队战斗力非常强大。
中垒将军徐嵩、屯骑校尉胡空各自带领五千兵众据寨自保，之前他们不得已投降了姚苌，现在听说苻登到来，又转投了苻登。当初姚苌把苻坚的尸体埋藏在他们两个营寨之间，这次他们把苻坚的尸体挖了出来，按天子礼仪举行隆重的安葬仪式。
苻登继续进军，部队到达胡空堡。
后秦姚方率军攻克徐嵩的寨垒，抓住徐嵩后将其斩首，把他的士兵全部活埋。姚苌命人把苻坚的尸体挖了出来，用皮鞭抽打数下，剥下衣服，再用荆棘包裹起来埋掉。
太元十三年（388）二月，苻登进驻朝那（今宁夏彭阳县），姚苌进驻武都（今甘肃成县）。
前秦和后秦从春天打到秋天，数次交锋，互有胜负，眼看着短时间内谁都不能取得压倒性的胜利，就都暂时罢兵返回了。
十月，姚苌到达安定，苻登心生一计，命一万多士兵在安定周围放声大哭，借以扰乱后秦军心。姚苌也别出心裁，命令自己的士兵同样大哭作为反击，苻登看到此招无效，就退回去了。
姚苌趁夜率领三万骑兵偷袭苻登的后方基地，杀死了毛皇后和苻登之子苻尚，抓获前秦战将几十人，俘虏民众五万多，大胜而回。毛皇后不但人长得非常漂亮，而且善于骑马射箭，后秦军攻来的时候，她率领几百名士兵奋勇抗击，但寡不敌众，终于被俘。姚苌本准备把她收入自己后宫，但毛皇后宁死不从，被杀。
苻登败退胡空堡。太元十四年（389）十月，苻登与前秦雍州牧窦冲、秦梁二州牧杨定、并州刺史杨政、冀州刺史杨锴约定日期，在长安城下会师。之后，他从雍城率军攻克后秦安东将军金荣所在的范氏堡，又率军渡过渭水，进攻后秦京兆太守韦范所在的段氏堡。但这是块硬骨头，无法攻克，苻登遂进驻曲牢（今陕西西安市东南）。
郑县民众头领苟曜拥有一万多部众，他派人秘密通知苻登前来，承诺自己会作为内应，苻登于是从曲牢向繁川进发，进驻马头原。
太元十六年（391）五月，姚苌率军来战，被苻登击退，后秦右将军吴忠在此战中被斩杀。姚苌命令集结部队再战，姚硕德问道：“陛下平时非常谨慎，为什么今天一反常态？”姚苌回答道：“从今天的情形看，定是苟曜和苻登勾结，我们应该赶在他们会师前打破他们的计划！”于是姚苌再次进攻苻登，苻登不敌，退守郿县。
苻登进攻新平郡，姚苌率军驰援，苻登撤走。苻登接着进攻安定，姚苌率军迎击。临行前他交代太子姚兴道：“苟曜听说我出军，一定会来见你，你要借机把他杀死。”姚苌走后，苟曜果然到长安来见姚兴，姚兴听从父亲的话，把他杀死了。姚苌在安定城东击退了苻登，苻登退守路承堡。
姚苌之前受过重伤，加之常年征战，现在终于支持不住，得了重病。苻登听说后大喜，率大军进逼安定，在距城九十多里处扎营。姚苌趁着病情稍有好转，率军进攻苻登，大胜。苻登对天长叹道：“既生登，何生苌！”
无奈，苻登只得退守雍县，姚苌撤回安定。
前秦右丞相窦冲自认为是个人才，请求苻登封他为天水王，苻登拒绝，他便起兵造反了。苻登率军进攻窦冲所在的野人堡，窦冲向后秦求救，姚苌命太子姚兴带兵进攻胡空堡，苻登只好回军解救。
太元十八年（393）十月，姚苌病重，返回长安。
十二月某日，姚苌把太尉姚旻、仆射尹纬、姚晃、将军姚大目、尚书狄伯支等人召进宫，命他们接受遗诏辅佐太子，说罢，姚苌气绝身亡，年六十四岁。太子姚兴秘不发丧，命叔叔姚绪去镇守安定，另一个叔叔姚硕德去镇守阴密。
苻登终于耗死了姚苌！