在夺情以后，张居正的声威有了极微妙的变化。从表面上来看，他的声威倒像是更增高了，但寻其实际，他的威望在人们的心目中，正在逐日地下降。在先前，那些不肯趋奉他的骨鲠之士，虽然有很多事并不以他为然，但因他在整顿吏治，兴利除弊这些方面，办得确实很有成效，对他还是很有些佩服和赞赏；但经过夺情一事，他们已经把他鄙视为不如禽兽，不能算人了。这些人们都是尊奉儒术，认定忠孝乃为人之本的人，他们觉得，一个人在孝道上有亏，别的便什么也提不上了。那些趋附他的人，以前总很难摸透他，应该如何去做才能对上他的心思，常常觉得很费揣摩，还常带有一些敬畏之心。有了夺情一事，像也擦亮了眼睛，看透了他的内外两副形象。他们看穿了，他表面上的那些庄重威严，其实全是假的，里面其实也还是个贪恋禄位，紧抓住了不放，连摆在外面的孝道都顾不上的一个人，甚至比他们都还差着点儿，实在没有什么可怕的。对付这样的人，他们的门道可就多了，使用着也方便得多了。张居正本人也已经觉出了这种微妙的变化，他也变得不再矜持，不再为维护自己的声誉而稍存宽厚，他打击起反对他的人来，已经到了无所不用其极的地步，他想让那些人，虽不敬他，却要怕他。对于围在他身旁的那些趋奉者们，张居正却变得更雍容了，他抱定“但来朝香，定当降福”的主意，总要给点儿好处。这样一来，他的府第更是门庭若市，格外热闹。他的仆人游七，竟也能入赀为官。不但和许多勋戚文武都常有往来，而且还和有些人家结成了姻亲。
万历六年（1578），万历已是16岁。就在那一年的二月里，册立了皇后王氏，举行了大婚。李太后为了恪守旧制，在那时便又从乾清宫里迁出，仍回到她以前住过的慈宁宫里去了。临行时，她把教导万历的工作，重又重托于张居正，并有敕给他道：“吾不能视皇帝朝夕，先生受先帝付托，其朝夕纳诲，终先帝凭几之谊。”敕中珍重托嘱，称之为先生，并一再以先帝凭几顾命为言，对于张居正的尊重可以说是已达到了很高的程度。
万历以大婚为开始，过了不久便已六宫齐备，后妃齐全了。他每日在内宫欢宴，把朝中之事全部都推给了张居正。那时在他看来，这位张先生可真是一根擎天之柱，实在是无人可以与之为比的。他对张居正的倚赖日益加甚，对他的敬重和亲近也日益加深，即以称谓一项而言，也是不断变化，越来越见郑重。到了后来，万历即在和别人谈到张居正时，也常常称之为张先生而不名，在称呼其本人时，当然要更郑重一些了。在张居正还只有“少师”这个宫衔时，万历常称他为“少师张先生”，或是“元辅张少师先生”。到了张居正已经得到了“太师”这个最高的官衔时，万历对他的称呼也就一改而为“太师张先生”，有时甚至竟称他为“太师张太岳先生”。张居正字叔大，号太岳。天子而称其臣以号，在历代都很少有，在明代更是仅有的一例。从这些称呼上的日益不同，也可以见到万历对张居正的倚任日增，所以到了张居正卧病不起时，更看出了他在国务中所占的比重。
张居正积劳成疾，精神已日见委顿，勉强支持到万历十年（1582）初，终于自觉不支，开始告病。他忽然告病，顿使万历和满朝文武都大吃一惊。万历除了不断派出中使，一日数次地赍敕问病以外，还赐给他以大量的金帛，让张居正安心养病，又不断地派来御医，赐以珍药，想能使他早日病愈。这次又和张居正回乡葬父时一样，万历又关照内阁，细事可以自办，一应重事则都要送往张府，由张居正在病榻上审办。天子都如此关顾，臣子们自然更不必提，满朝文武，几乎每日都有不知数的人，群趋张府，不断问安、请示。张府门外，日夜车马不断，比平时热闹得多。张居正病的日子越久，惦念着他的人越多，后来竟有人想到，要集资设坛，延请僧道念经，为首辅张太师禳灾祈福。这件事也是一倡百和，在京中首先便这里、那里的，出现了不知多少为张居正祈福的醮坛。很快，这股风又传向了外地，在南京、在湖北、在河南、在山西……到处都立起了醮坛，为首辅禳灾祈寿。万历对设坛祈福这件事倒没有参与，也没有在宫中设坛。但他对于在外间闹得这么火炽的事视而不见，听而不闻，也就表明了他默许的态度。
为张居正的病而焦急的人虽然显得很多，但真正很焦急的人，其实并没有多少，而冯保则该被算是这真正焦急的人们之中的一个。冯保自从和张居正联合着搞倒了高拱，他们便成了联手。长期以来，他们二人，一内一外，合作得非常之好。他们都是很贪权，很嗜利的，彼此之间，不免也常有点小小的冲突，并且，还不断总有些人，在他们之间进行挑拨，但是张、冯二人却都明白，他们二人是，合则两利，分即两伤，所以每逢斗到某一程度，双方便各自收兵，免得把事情闹僵。张居正卧病之初，冯保并不在意，他以为张居正年纪还不满六十，无须格外担心。但是，过了不久，冯保却已看出，张居正的病仿佛已是势将不起，他这才着起急来，忙着想预备后事。冯保想要预备的是，在内阁中，要再安上一个有如张居正那样的人，能和他合得上手，让他们能把以前干着的事仍继续下去。那时候，原来的次辅吕调阳已经因病致仕，内阁里只剩下张四维和申时行两个人了。张四维是万历三年（1575）入阁的，他对于张居正的大权独揽，心里早就极为不满，如今张居正病了，看看已经有些势将不起的样子，不由野心勃勃，很有些跃跃欲试的样子。冯保认为，张四维并不是个可与共事的人，将来很难和他打交道，必须另外设法才好。另一位阁臣申时行，是张居正回乡葬父时把他引入阁中的，他乃是嘉靖四十一年（1562）壬戌科的状元，为人非常精敏，张居正对于他原来倒很想加以笼络，把他收入门下，以便将来有事，可以倚他为用。但是冯保对申时行却不大放心，他觉得这个人太精灵了，紧急时不见得可靠。冯保多次深思，觉得还是在内阁里另外安上个人才行。他还想到了，安进内阁的那个人应该是潘晟。潘晟是个早已致仕的老官僚了，他是浙江新昌人，乃是嘉靖二十年（1541）辛丑科的榜眼。他在嘉靖二十六年（1547），做过丁未科的同考官，张居正就是那一科的进士，并中在他的门下，还应该算是他的门生。潘晟在内书堂也教过书，冯保就是由他教出来的。张居正和冯保，都可以说是潘晟的门生，所以潘晟和他们二人都很熟。冯保想到了潘晟，觉得这人才是他所需要的，如果张居正能以遗疏的方式推荐潘晟，说他才堪大用，请求予以召复，然后他再从中做些手脚，那么，事情就能成了。他盘算已定，就去找了张居正，一力要他就依此而行。那时张居正已经病在垂危，时在昏迷之中了，他便依了冯保，上疏推荐潘晟，同时还推荐了尚书梁梦龙、侍郎余有丁、许国、陈经邦等人，说他们都是可堪大用之才，不妨选入内阁。这种不经延推，径由首辅推荐而任为阁臣，原本很不合法，但是由于张居正已经惯于这么做了，所以他所推荐的潘晟和余有丁二人，虽然他们的名字见诸诏令之时，张居正已经去世，但已经有效，余有丁因为人就在京中，行动又极迅捷，所以诏命才出，他便已经入阁了。潘晟却因还在路上，不能及时赶到，又受到了攻击，没能够入阁。潘晟所以受到了猛烈的攻击，给人作为借口虽是“以首辅的疏荐而入阁，乃属非法之举，此例不应常有”，但实际上却还是因为，冯保与潘晟的关系实已尽人皆知，冯保要他来，是想干什么，也是无人不晓的。
潘晟早在诏命到达之前，便已从冯保那里得到了信息，要他飞速进京，以便入阁。所以他才一接到诏命，便上路了。但他并不急于赶路，只是赏玩路景一样地走着。他还拜疏进京，力辞入阁之命。潘晟出入宦海数十年，一切都有所本。他这样做，一则是依照惯例，召复之际必有辞让；二则借以从批复的快慢和语句上看出朝廷用他之意是否殷切。他的辞疏递到时，阁臣已有三人，张四维、申时行，和才入阁的新人余有丁。他们议论应如何对待潘晟的辞疏时，余有丁并未发言，只由张、申二人商议。这是因为余有丁入阁的日子极暂，不便发言；其次，他之入阁，与潘晟的来由正复相同，也不便多说什么。张四维虽然也是由张居正的引进才得入阁的，但他一向与高拱相交颇厚，在张居正的手下却很受欺压。再则，他很清楚冯保和潘晟的关系，对冯保这种操纵内阁的做法很是不满，所以在商议此事之时，主张顺水推舟，就批准潘晟的辞疏，可以免去不少的麻烦。申时行对于这件事的各种情况，了解得并不比张四维差，况且这一切都由张四维出面来办，与他并无干碍，自然乐于同意。所以潘晟的辞疏立即便被批复，潘晟才走到半路便已得到准辞的批复，只好调转船头，回家去了。
潘晟的辞疏到京之时，正好赶上冯保在生病，他在病后得知，潘晟疏辞阁命已经获准，无法再挽回了，不由气急交加，发狠地说，“我才病了几天，这些人的眼睛里就没有我了吗？”他不觉已预感到自己的处境中有了点儿不妙的地方。而实际上，他的处境已经有些不妙了，原因是，他为了树威，杖逐了很多万历宠爱的内监，还驱逐了一些不大肯依附于他的太监，如司礼监的秉笔太监孙德秀、温太，兵仗局的太监周海等。这些人中，还有个张诚，乃是万历最宠信的一名内监，他也因冒犯了冯保，被发往南京去了。张诚被发遣时，已经在万历大婚之后，万历已经有些感到，冯保和张居正也许有什么隐秘的勾结，因此在张诚叩辞之时，便要他在外边留心访查冯、张二人有什么勾结。冯、张二人的勾结几乎是公开的，要搜罗实在并不费力，但张诚知道，如果沉不住气，倒是给自己找麻烦，所以他在外面只是等候时机。等到张居正一死，冯保一个人孤掌难鸣，大家都认为有了转机，被逐去的内监，都悄悄地溜回来了，张诚也是在那时溜回来的。张诚已经回到宫中，使冯保心神难定，但那时他已无力再将张诚赶走，只可暗自留心，先硬挺着再说。那时张诚和另一个名叫张鲸的太监，已经成了最贴近万历的人了。这张鲸也极恨冯保，他们不断在万历的耳边数说冯保的恶行，要万历办他。那时万历虽然已经年满二十，并且早已六宫齐备，却仍然很怕冯保，对于张诚、张鲸的话，虽说听了也气，却只是应着，不敢行动。张诚、张鲸都知道万历最是贪财，便在这上面来打动他。常向万历说冯保如何如何富有，如果查明了他的罪状，抄了他的家，那可真是发了财，得到的财宝也许比宫里内库中的还多。万历被他们说得心痒，但还是怕，他说，“这种事只不过是说说而已，干着却难，大伴如果冲上殿来，我可怎么办啊！”二张这才明白，老办不成，原来是还怕他。于是便解释说，“已经处分了他，他如何还能冲上殿来呢！”万历想想，果然如此，这才下定决心，先把冯保发往南京安置，随后又宣布了他的种种罪状，把他的家给抄了。
抄了冯保的家，抄到的财宝确实不少，但是却没有张诚和张鲸所说的那么多，和万历所想象着的，就差得更远了。老实说来，这一次抄家，万历很感觉着美中不足。为了补偿万历的这个美中不足，张诚和张鲸，又把他们的苗头指向了张居正。张居正也是让他们受到了折磨的一个人，他们也要报复他。他们又向万历夸说张居正的富有，说张居正积下的财物要比冯保多好几倍。张居正吞没了辽简王植的承嗣人朱宪?的全部家产，一个积聚了二百多年的王府，所存的金宝何止万计，只是这一项，就比冯保的家产要多得多。
万历对于张居正原本是极敬畏又极钦佩的，在张居正卧病时，他怕张居正会死，真像是怕天会塌下来一样，他不断赐金、赐药，确实都出自一片真心。然而在张居正死后，天并没有塌下来，继任而为首辅的张四维，人虽然很平常，一切事情还是照样办。张四维很快也丁忧而去，继他而为首辅的是申时行。申时行这个人可真能干，他干得比谁都好，不但让（外门里合）朝松快，也给他这个身居帝位的人想出了不少省事的法子，省去了他不少的麻烦。申时行彻底打破了“张居正无人可代”的神话。万历对张居正敬意日消，怨心日起，甚至连他所代拟的《罪己诏》里的那些刻毒的词句，万历都想起来了。这时，恰好有人论奏张居正在遗表中力荐过的曾省吾、王篆等人，内中还牵扯到张居正的一些过失。敢说张居正的过失，这可不是一件小事，以往如果有人这么做，他一定会获罪。但这一次却变了，这些人说到张居正的过失，万历却没有怪罪。官场里有很多人会看风向，他们从这一点上，已看出来张居正的气候就要完了。为了趁合这一个转机，很多人开始奏论张居正，他们一面要求，把一切由张居正引进的人都予以斥退，一面又要求把因张居正而得罪的人都赠官、赐卹或是复官。这像突然卷起来的一股风，很给万历添了些麻烦。但想到这与要抄张居正的家正是个好应和，万历又高兴起来了。万历开始追论张居正的旧事，他先把由于劾奏张居正，被他倾害至死的刘台，予以赠官和赐卹；又把因论夺情而被逐的吴中行、赵用贤、艾穆、沈恩孝、邹元标等人都召回来复官；最后则在吞没庶人宪?家产这一点上大做文章，先下诏夺去了张居正的上柱国封号，跟着又免去了他的太师等衔称，连他的谥号也都被废了。这些过场做足，最后才下诏，命以司礼监太监张诚和刑部侍郎丘橓为首，由他们率领着锦衣卫指挥和给事中等多人，到湖北江陵去查抄张居正的家产。
这次查抄张居正的家产，可比上次查抄冯保的家产安排得要周密严紧得多。为了免于事先走漏风声，在正式抄家的人，如张诚、丘橓等，还没有赶到时，早已派人去告谕了荆州的守令，命他们先行去到张家，点清所在的人口，把他们驱入空室，锁了起来，然后又将各门封闭，派人看守，以待来查。到张诚等人到来之时，由于多日缺乏饮食，被锁在空房里的人，已有十多个因为饥饿而死。这一次抄家，共抄到了约有一万两黄金，白银则有十多万两，再加上衣服首饰以及各种细软之物，虽然已不算少，但是却和预期的数目相差太远，简直无法回奏。张诚等没有办法，只有将张居正的长子张敬修拿来拷问，问他把应有的金、银都藏到哪里去了。张家虽然并没有在外面寄藏过什么，但张敬修熬不过拷问，只得诬称，还有三十万两银子，分藏在曾省吾、王篆、傅作舟等人的家里。他是为了逃刑，才这么说的，自知只能蒙混一时，事发更不得了，于是寻个空子，自缢而死。张敬修被逼自杀的消息传到了京中，首辅申时行和六部尚书等都觉得事情做得太过火了，于是合疏请求不妨稍缓。其中尤以刑部尚书潘季驯在疏中说得最为激切。他说，这次抄家，在张居正的家里，已经有数十人因而致死，张居正的老母尚在，如今已是衣食无着，“旦暮莫必其命，乞降特恩宥释”。因诸臣的执言，万历终于下了诏令，命以空宅一所、田十顷留给张家，以养张母之命。潘季驯这个人，也是因有张居正的推荐才得位至九卿的。他看到张居正一朝势败，顿若山崩，深为感叹，所以说了几句关切的话。但是，他这么做，却给自己惹上了麻烦，有些人竟为此而对他大加攻击，他们摘出他那疏中的一些激切的语言，说他为张居正开脱，是张居正的党羽。“张居正的党羽”在那时已经是个罪名，潘季驯终于得了个落职为民的处分，离京而去。
万历接连查抄了冯保和张居正的家，抄获的财物虽没能满足他的贪欲，但合计所得也已不少，已经超过了每年岁入的十分之一，够他挥霍一阵了。吃了这两块肥肉，万历胃口大开，他觉得抄家倒是件妙事，一下子很多珍宝便来了，这比向国库伸手还要便当。这样，万历便把抄家当成了他的生财之道，此后只要有人获罪，不问罪情如何，也不问罪人是内侍或是外官，一经论罪，便要抄家。当然，像张、冯那样的人家，一时很难碰上，但是万历以多取胜，多少总要捞上一点儿。这种多寡不拘，只要有钱便好的做法，使得深悉此情的内侍们竟看出了一条路子，每逢出外办事，便要任意而为，大捞而特捞。一旦为外官论奏，便且顶着，到了难以顶住的时候，并不等到定罪抄家，便将一部分赃银献给万历，结果不仅罪行可以免究，还能得到另外的一些美差。历代的帝王，贪婪到向臣下索献的并非没有，但像万历这样，做得有如行贿、受贿，却实在并不多见。
张居正死后，万历自己的手上，可以说宽松了很多。首先，他向太仓银库伸手已经不那么难了；其次，他又兴起了抄家之风；另外，内侍们的奉献也络绎不绝。他的财源，真可以说是不止倍增。然而，来得多，去得也快，万历仍然觉得满足不了他的欲望，总想寻出个另外的生财之道来。万历和他所宠幸的内侍们，想来想去，终于还是想到了兴办矿税这一条道路上面来了。说到矿税，早在万历十二年（1584），就有人提出来过，而且还做了一些勘查的工作，只因勘查有误，廷臣们又群起反对，所以没能办成。如今万历又想寻一条财路，矿税之政，便又被提出来了。照实说来，开矿原是件好事，开矿取税，也并非不该。但万历年间的所谓矿税，实行的却并非正道，不过是借矿税之名，行剥民之实而已。所以万历时的矿税，终于成了万历后半期的最大弊害，人们痛心疾首达二十余年之久。万历时的矿税之害，主要是不务实际，名目繁多，尽力压榨，肆意掠夺。
万历重新兴起矿税之风，是从万历二十四年（1596）开始的，在那一年里，宫中不断发生火灾，先是乾清宫和坤宁宫先后毁于火灾。次年，皇极、建极、中极三殿又都被火烧了。恰好那时又在向朝鲜和播州两地用兵，军费所需也很紧急。万历既想尽快修复那些被焚的宫殿，又要拨出大量的军费，所以就又想在矿税上动动脑筋。他派出了很多的内监，让他们到全国各地去查看。只要那些内监们报称，哪里有什么什么矿，或是哪里盛产什么，可以征税，万历便又派出人去，盘踞了那些地方，不管有矿无矿，总要榨出一定的税银上交。派出来的那些大大小小的内监，他们想的只是银子，既要上交，又要中饱，对地方上，真是敲骨吸髓，尽情搜刮，把地方上闹得十室九空，民穷财尽。在这些人中，为害最大的，首推陈增和陈奉这两个内监。