张荫桓入狱后，慈禧及大学士徐桐等人极欲致其于死地，但一些朝臣对此持异议，并极力为之开脱。据载，“太后深恶张侍郎蛊惑皇上，定欲杀之，上代白非康党，庆邸亦奏非康党，始生全”[9]。特别是荣禄，深知张荫桓有外交才具，乃总理衙门中之“柱石”。入京召对时，屡为张荫桓乞恩，“谓张某不无微劳”，力请从宽发落。[10]这些权贵的规劝显然起了一些作用。但从根本上说，张荫桓得以暂免一死，是因为英、日等国公使的营救。

张荫桓被转押刑部后，北京城内盛传他将很快被处死，这件事引起了英国公使窦纳乐的关注。他决定营救张荫桓，事后在给英国外交大臣的信中说：

25日（八月初十日——引者）传说张荫桓于当天晚上或次日早晨被处死，我以为应该向清廷要求慎重考虑对张荫桓的惩罚。25日下午很晚才得到消息，因此，我立即行动，暗自揣度西太后在这问题上必定商量李鸿章，于是我写了一封信给李，指出西方各国认为这种突然处刑带有恐怖色彩，同时匆忙地秘密处决像张荫桓这样一位在西方各国很闻名的高级官吏，将引起很坏的结果，我请李尽他的权力所及，阻止这种匆忙行动。[11]

窦纳乐对此特别热心，是因为张荫桓曾于1897年代表清政府赴伦敦参加了英国维多利亚女王即位60周年典礼，并被英国政府授予“圣迈克尔与圣乔治十字勋章”及爵士封号。更主要的原因是张荫桓在甲午以后的外交活动中有明显的亲英倾向，与窦纳乐的私交也很深。窦纳乐在致信李鸿章的同时，又派书记官持函给日本驻华代理公使林权助，建议日本同时出面干预此事。林权助与正在北京访问的日本前首相伊藤博文商议后，也决定尽力营救张荫桓这位亲日的外交官。可见，英、日两国都是从自己在华的长远利益出发，挽救和保护张荫桓的。林权助在25日接到窦纳乐的信后，于深夜到李鸿章住处，请李阻止处死张荫桓的举动。[12]

英、日公使联合提出了干涉，慈禧不得不有所考虑。八月十一日（9月26日）在谕令对“军机四卿”等人严审的同时，又发布上谕：

张荫桓虽屡经被人参奏，声名甚劣，惟尚非康有为之党，著刑部暂行看管，听候谕旨。[13]

这道明旨将张荫桓与“康党”剔开，无疑是向英、日暗示已接受了他们的劝告，说明将从轻发落张荫桓，不至于将其处死。此外，张荫桓曾于1886—1889年任驻美公使，故美国对张之被捕也十分关心。在这道上谕发布的前三天（9月23日），美国驻华公使康格已将此事报告美国国务院，华盛顿方面凡与张荫桓熟识的政府官员和社会名流，纷纷希望政府能出面营救像张荫桓这样一位清廷中少有的开明官员。可是，直到十多天后（10月8日），美国总统才电告康格，令其以非官方的身份使张减罪，但此时张已被发配新疆，正在西行途中。所以美国的努力不曾发生作用。[14]

八月十三日（9月28日）“戊戌六君子”被杀。第二天，朝廷公布了他们“谋围颐和园，劫制皇太后，陷害朕躬”的罪状，同时，也宣布了对张荫桓的处分：

已革户部左侍郎张荫桓，居心巧诈，行踪诡秘，趋炎附势，反覆无常，著发往新疆，交该巡抚严加管束，沿途经过地方著各该督抚等选派妥员押解，毋稍疏虞。[15]

八月十五日，张荫桓由刑部被解赴兵部，下午四点钟出京。据张自称“同朝祖饯慰候者，数百十人，实属应接不暇”[16]。其实这是他的渲染之辞，据当时报章说，“祖饯之人，只有各国驻京洋员，其平日寅僚，则已踪迹杳然”[17]，似更符合实情。曾在中国海关服务的美国人马士在其《中华帝国对外关系史》一书中写道：

各国公使为一位曾经出使外洋的中国大臣提出最强硬的抗议，才暂时保全了他的性命；他被遣戍新疆，只有知道中国司法程序的人，才会体会到这样一种判决，对一个家产被查抄，朋友不敢相助，而且被迫甚至为生活必需品都付出无尽无休勒索备至的要求的人，是如何的可怕。[18]

这段充满同情的描述，简明地道出了张荫桓被捕下狱后所发生的一切。