光绪二十四年八月初六日（1898年9月21日）政变发生后，慈禧密令步军统领衙门紧急搜捕维新派领袖康有为。在派人搜查南海会馆之前，“步军统领疑张樵野素与（康）往还，或有匿藏情事”，便派官弁先到东华门外锡拉胡同张氏府宅四处搜求。[1]致使京城盛传张荫桓被查抄，其实这是讹传。张氏正式被革职审讯是在初九日（24日）。是日清廷颁谕云：“张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第，均着先行革职，交步军统领衙门，拿解刑部审讯。”[2]不过，在此之前，张荫桓已受到了步军统领（俗称“九门提督”）的监视。事后他回忆说：

初八日辰刻，提督崇礼遣翼尉率缇骑至我宅，邀我赴提督衙门接旨。我知有变，因尚未用饭，令其稍待，饭毕濒行，翼尉忽谓我曰：请赴内与夫人决。吾始悟获罪，将赴西市，负气行，竟不入内。抵提督署，各官均未至，坐数时，天已暝，仍无确耗，遂令人取行李住一宿。次日（初九日）有旨拿交刑部审讯。[3]

张荫桓何以在革职审讯的谕旨发布之前，被传至提督署受到监视呢？这当与初八日清晨慈禧得到袁世凯告密后采取的紧急措施有直接的关系。

在近些年对戊戌变法史的考证和研究中，由于学者们广泛利用了清宫档案，从而澄清了一些长期以来以讹传讹的旧说法。其中对“慈禧八月初六训政并非袁世凯告密直接引发”的论证尤具代表性。[4]实际情况表明，慈禧获悉袁氏告密消息是初八日清晨，而不是初六日训政之前；袁氏告密的直接后果并不是导致慈禧宣布训政，而是引发了慈禧对涉嫌“围园”“逆谋”的新党人物（包括张荫桓）的大肆搜捕。鉴于康有为事先得知消息逃离北京，慈禧在密令搜捕张荫桓等人时，采取了严密封锁消息，先秘密捕人，然后再追查内情的策略。张荫桓于初八日早晨被以接旨为名诳至提督署，受到监视，正是这一策略的具体实施。另外，据当时的一位目击者说，军机四卿中杨锐、刘光第、谭嗣同也是初八日清晨被秘密逮捕的。[5]可见，清廷在初九日正式宣布将张荫桓等人革职审讯之前，已经将他们控制起来了。无疑，这是慈禧为防止意外采取的临时计策。

初十日（25日），张荫桓被解往刑部。在狱中受到了狱吏贪婪的敲诈。“坐监一日，费（银）一万一千有奇。”[6]对此，胡思敬《戊戌履霜录》亦云：“荫桓下狱，初至，锢一黑室，席地以藁，饮食溲便皆在其中，旋贿狱座万金，乃迁置爽垲，礼之如上客。”[7]当时的报纸亦曾将张荫桓被勒索情形披露于世：“（张氏）入狱之时，如迅雷不及掩耳。狱费未经议妥，提牢司狱禁送铺盖，置之土牢之内。初十禁绝亲友人等往来，十一日议定狱费，闻有一万余金之巨，乃为其裱糊房屋三间，并准家人服侍，亲友往来，安置行李。”[8]张荫桓被勒索狱费一事，从一个侧面反映出清季吏治的腐败。