这场战争空前惨烈，造成巨大创伤，尤其是双方激烈争夺的地区。譬如，曾国藩同治三年（1864年）夏描述说，“皖南地介江浙，昔为群盗所必争，今亦败贼所图窜。宁、池、太、广各属，白骨如麻，或百里不见炊烟，竟日不逢过客，人类相食，群犬争之”；慨叹“开辟以来，殆无此惨劫”[13]。

再如，兵燹之后，向称繁华富庶的苏南人口锐减，土地荒芜，一片废墟。毛祥麟于同治三年十月从上海赴江宁，沿途所见触目惊心。据他描述，从上海至昆山，炊烟缕缕，时起颓垣破屋中。自昆山至苏州，转荒落；金门、阊门外瓦砾盈途，城中亦鲜完善。至无锡、常州、丹阳一线，蔓草荒烟，所在一律，“两岸见难孩数千，同声乞食”；“余若奔牛、吕城、新丰诸镇，向称繁庶，今则一望平芜，杳无人迹。偶见一二乡人，类皆骨立声嘶，奄奄垂毙。问之，则云一村数百人，今十不存一矣，而又日不得食、夜不成眠，行将尽死耳”。江宁城濠两岸铅丸累累，沙中白骨纵横；“城中房屋惟西南尚称完善，然亦十去四五，东北则一览无余矣”；“皇城旧址**尤深，行四五里不见一人，亦无一屋”。[14]

常熟人柯悟迟于同年三月自苏州赴上海，沿途所见更为萧瑟。据载，苏州六门城外竟无片瓦留存，城中西半城亦是白地，东半城所剩十之五六分，千百年名迹尽为湮没，笙管楼台俱为灰烬。出娄门到昆山，桥梁皆断，屋无半椽，田尽草茜，枯骸满目。进昆山城，荒索之象愈形触目。柯氏还说，农田已荒芜多年，缺农具缺人手，“今虽安逸，恐廿年间不能尽熟矣”。[15]

照柯氏推测，当地农业生产需要20年光景才能勉强恢复到战前状态。因人烟稀少，出现大片无主荒田，苏南各地纷纷招客民垦荒。单就人口而论，不少地方历经20年仍未达到战前规模。据方志记载，嘉定兵燹后“二十年休养，未足复生聚之旧”，人口十减其五；昆山“人民流亡者十有八九，虽休养生息二十年，尚不及从前十分之六”。[16]苏浙太湖流域是清廷倚重的“财赋之区”，其经济复苏缓慢，全国财政情况可想而知。

战争带来的巨大危害还包括通货膨胀。因财政入不敷出，咸丰朝为支撑战局、解燃眉之急，采取了非常举措。一是滥发钱币。通过强制发行大钱以及根本无法兑现的宝钞、银票，清政府大肆收兑民间银钱，同时用搭放大钱、钞票的方式支付兵饷、河工、官薪等，巧取豪夺竭蹶搜刮，导致百物腾贵、币制混乱、银价飙升，极大扰乱了社会经济生活，致使百姓生计愈加困顿。二是开征厘金。厘金是一种新税，包括坐厘（对坐商征收的交易税）、行厘（对行商征收的通过税）两种，创设于扬州仙女庙镇，迅速推广到全国，同样导致商贾裹足、物价腾贵，民间叫苦不迭。