面对日益深重的统治危机，咸丰帝在即位之初有心整饬吏治，但又感到漫无头绪。而捐纳、保举使官僚队伍急剧膨胀，百弊滋生，官场因循玩泄之风依旧，以致数年后相继牵扯出顺天乡试舞弊案、官商勾结侵吞巨款的户部宝钞案等大案。咸丰帝严惩涉案官员，包括处死一品大员柏葰，起到一定震慑作用，但仅是治标之举，效果有限。

曾国藩、胡林翼、左宗棠别树一帜，致力于用新人、树新风。不过，这种努力主要局限于湘军与两湖地区，虽有辐射作用，但远不足以改变全国的官场生态。曾国藩以虚衔在外省统兵征战，不时受到官场潜规则掣肘。咸丰九年（1859年）十月，他在私函中就此叹曰：“所最难者，近日调兵拨饷、察吏选将，皆以应酬人情之道行之，不问事势之缓急、谕旨之宽严。苟无人情，百求罔应；即举劾赏罚，无人情则虽大贤莫荐，有人情则虽巨憝亦释。故贼焰虽已渐衰，而人心殊未厌乱。”[5]

另一方面，随着时过境迁，湘军与两湖官员也逐渐发生蜕变。咸丰九年二月，曾国藩便对湘军现状表示担忧：“然屡胜之余、极盛之后，恐亦如古人所称‘再实之木，其根必伤’。比来湘人应募者少，即营官、帮办亦多倦游，不知尚能支撑几年否？”[6]同年四月又叹曰：“楚勇、湘勇皆同强弩之末，各弁名成利就，其锐于赴敌之心远不如昔。”[7]次年八月则表示：“窃见兵兴十载，而军政、吏治二者，积习未改，甚或日趋日下，何以挽回劫运？是以痛心疾首，深自刻责。”[8]同治年间，某些封疆大吏颇遭诟病。民间有一对联“人肉吃完惟有虎豹犬羊之廓 地皮刮尽但余涧溪沼沚之毛”，分别隐指署理广东巡抚郭嵩焘、湖南巡抚毛鸿宾，嘲讽其横征暴敛，不体恤民情。