康熙帝有一个不平凡的童年，对他的一生影响深远。他于顺治十一年三月十八日（1654年5月4日）出生在北京皇宫景仁宫，是清朝第一位出生在北京皇宫的皇帝。当时，他的父亲顺治帝十七岁，母亲佟妃十五岁。他是顺治帝的第三个儿子，取汉名玄烨。玄烨生来就贵为皇子，他的童年生活可以说是锦衣玉食，让普通百姓羡慕不已。但是，他所遭受的磨难也是普通百姓想象不到的。
玄烨的童年很少享受到家庭的亲情和温暖，没有在父母膝下享受过一天欢乐。直到晚年他还说：“父母膝下，未得一日承欢，此朕六十年抱歉之处。”清朝内廷制度，皇子、皇女出生之后，母亲不能抚养，要交给乳母、保姆养育。玄烨出生之后，不仅没有一个和父母同居一室的家，而且连母亲也不在身边。他是独居一处，由乳母、保姆等哺育、照顾，由宫女、太监等服侍、陪伴。二到七岁的六年间，他的皇父顺治帝上演了与董鄂氏的爱情悲喜剧，皇父根本无心也无暇顾及他，他没有享受到父亲的关爱与教育。八岁时，他痛失皇父。玄烨给皇父守灵、默哀、祭拜、哭号，幼小的心灵受到巨大的打击和创伤。到他十岁时，生母佟氏又病死了，玄烨昼夜守灵，水浆不入，哭声不停。一个才十岁的孩子，两年之间，父母双亡，形影相吊，实在可怜，这是人生幼年的最大不幸。
玄烨童年时期父母早亡，他特别得到祖母孝庄太皇太后的抚育和教诲。祖母教育他做人的规矩，凡饮食、行动、言语，都有规矩和尺度。即使平时独处，也不能违反规矩。行、动、坐、卧，不可回顾斜视。如果有做不到的，就会受到批评。祖母的爱怜抚育稍微弥补了玄烨缺失的母爱和父爱。康熙帝后来回忆说：“朕自幼龄学步能言时，即奉圣祖母慈训??赖是以克有成。”他还回忆说：“朕自八岁父亲宾天，十岁母亲崩逝，朕那时年龄还小，对他们的音容已经记忆不真，没有机会给他们尽孝，至今都感到遗憾。幸亏有圣祖母太皇太后鞠养教诲，才能成人。”
世代主要居住在东北山林的满洲人和西北草原的蒙古人，来到中原后容易感染痘症，痘症最严重的是出天花。当时这种病没有特效药，传染厉害，死亡率高，所以宫廷里谈“痘”色变。玄烨在两三岁时搬到皇宫外去避痘，这个避痘，不是避免自己出痘，而是如果出痘了，避免传染皇宫里的人。玄烨在宫外住了两三年，到四五岁的时候果然出天花了，发烧，疼痛，烦躁，恐惧，没有特效药，全靠他自身的抵抗力和乳母、保姆、宫女、太监的精心照料，才九死一生，躲过一死。这场病灾使玄烨脸上留下痘痕，就是麻子。玄烨出宫避痘，祖母太皇太后心疼他，经常派苏麻喇姑去照料。苏麻喇姑原是孝庄的陪嫁女，经历天命、天聪、崇德、顺治、康熙五朝，为人祥和厚道，宫廷阅历丰富。小玄烨不仅从她那里学到不少知识，而且受到潜移默化的影响。后来，玄烨的皇父顺治帝患天花不治去世，考量皇位继承人时，曾经出过天花而终生免疫就成为一项重要条件，出过天花的玄烨因祸得福，荣登大位。
玄烨的身上有满洲、蒙古和汉人的三种血缘。
玄烨曾祖父是清太祖努尔哈赤，祖父是清太宗皇太极，父亲是清世祖福临，这是他的满洲血统。玄烨的祖母孝庄太皇太后是蒙古族，为成吉思汗后裔，所以他有四分之一的蒙古血统。玄烨的母亲佟氏为汉人，所以他有汉族血统。
康熙帝继承三种血缘，使他从小受到三种文化的熏陶，养成了三种品格——勇武与奋进，继承了满洲人的性格；高远与大度，受到了蒙古人的熏陶；仁爱与韬略，来自汉族儒学的营养。
避痘结束后，玄烨回到宫里，五岁开始读书写字，除了学习满洲语文、蒙古语文之外，还学习汉语文。汉语文中的“三百千千”（《三字经》《百家姓》《千字文》《千家诗》），儒家经典“四书”（《大学》《中庸》《论语》《孟子》）等，在他的幼小心灵里种下了种子，给了他深刻的原生性影响。玄烨从小意志坚强，耐性过人。他学习汉族传统文化“四书”，按照传统的学习方法，先念，就是朗读；后背，就是背诵。他给自己立下规定：每一段、每一篇，都要朗诵一百二十遍，然后背诵一百二十遍，直到滚瓜烂熟，融会于心。
磨难使玄烨自律。他说：“从小读书，就知道酒色之可戒，小人之宜防，所以到老都平安无恙。”玄烨从小就决心“三戒”——戒酒、戒色、戒小人。他终生不酗酒，不荒**，不亲昵小人。
一天，顺治帝问皇二子福全、皇三子玄烨、皇五子常宁，长大之后有什么志向。皇五子常宁因刚三岁，不能回答。皇二子福全回答说：“愿做贤王。”皇三子玄烨从容答道：“等长大了效法皇父，勤勉尽力。”皇父听了，称赞他有远大的志向，对他另眼相看。
从玄烨的童年来看，一个人小时候吃点苦，受点罪，经过坎坷，受过磨难，可能对他以后个人的成长、事业的成功，会产生巨大的积极影响。吃苦与磨难可以锤炼人的意志，帮人增长见识、增强勇气，培养良好品格。所以，小孩子吃点苦头，受点磨难，应是好事，不是坏事。
《孟子·告子下》说：“生于忧患而死于安乐也。”忧患既使人痛苦，忧患也激人奋进。玄烨虽然童年物质生活优裕，但也遭受了人间之大不幸。玄烨在“不幸”面前没有怯馁、退缩、消沉、颓废，而是变“不幸”为“有幸”，勤奋学习，磨炼意志，培养了自信、自立、自奋、自强的精神，汲取了前进中的宝贵动力。