第三次历史教科书事件发生于2001年，却发端于1996年的教科书检定。文部省1996年6月公布的检定结果显示，7家出版社的中学历史教科书中均有从军“慰安妇”的记述。于是，日本政界保守势力便对中学历史教科书发起了攻击，自民党内成立了“光明的日本·国会议员联盟”[99]、“日本前途与历史问题年轻议员思考会”，强烈要求文部省删除中学历史教科书中有关“从军慰安妇”的记述。于是，自民党内设立了“教科书问题小委员会”（1998年2月4日），以处理历史教科书中的“从军慰安妇”记述问题。各地方议会也与中央保守政治势力相呼应，从1996年12月至1999年6月，冈山县议会、鹿儿岛县吹上町议会、茨城县议会、甲府市议会、香川县议会、大阪府议会、宫崎县议会等均采纳了要求删除“从军慰安妇”记述的建议。

与此同时，日本的右翼文人也对中学历史教科书中“从军慰安妇”的记述提出非难。1996年8月，以藤冈信胜等为首的自由主义史观研究会“要求从中学教科书中删除“从军慰安妇”的记述”，并于同年12月成立了“新历史教科书编纂会”，一边面见文部大臣，要求从中学历史教科书中删除“从军慰安妇”的记述，一边自行编写历史教科书。

在政界及文人保守势力的作用之下，文部科学省2001年公布的教科书检定结果显示，通过检定的8家出版社的中学历史教科书中，只有3家提及“慰安妇”的表述，而且没有一家再用“从军”一词，对南京大屠杀等对外侵略的历史事实等也记述暧昧。与此同时，文部科学省还批准了由“新历史教科书编纂会”编写、扶桑社出版的《新版历史教科书》。该书非但没有正确记述战前日本对外侵略的历史，反而重蹈战前历史教科书的覆辙，将神话故事历史写进教科书，而且还提倡“战争没有错误与正确之分”等错误的历史观，为日本的对外侵略战争历史辩解。日本政府批准上述教科书后，遭到国内进步力量的反对，也受到来自中国、韩国等亚洲邻国的强烈抗议。但是，日本政府并没有因此而改变检定结果，反而于2005年4月5日再次宣布批准该书。中国、韩国等周边国家对此提出强烈抗议，甚至引发了相当规模的反日游行示威。日本的历史教科书问题可谓愈演愈烈。

从上述三次事件的经过来看，日本政界、财界及学界保守势力联合在历史教科书问题上发难，主要目的是为了通过历史教育来培养日本国民的“爱国心”与“自豪感”。那么，为什么如此重视“爱国心”与“自豪感”呢？众议院议员三塚博在1980年10月15日的众议院文教委员会直言不讳地称：“为了使日本成为美丽的、适宜居住的国家，首先重要的是日本人热爱日本国家，为了日本而认真工作。破坏政治是因为国民只考虑自身利益造成的”[100]。也就是说，只有日本的历史和现状全部是好的，国民才会热爱日本，只有全体日本国民“爱国”了，才会为了国家、为了企业努力工作，才不会反对政府的任何政策。这正是日本历史教科书问题的根源之所在。