日本政府与市民社会合作实施对外教育援助活动主要包括两个方面：一是与非政府组织（NGO）合作，二是招募普通国民作为志愿者参加对外教育援助。

首先，日本政府与非政府组织（NGO）进行了广泛合作。日本政府向NGO提供资金支持，主要设有“日本NGO连携无偿资金协力”项目，该项目从2002年度开始（6亿日元、约60件），仅2012年度便对137个国家、1个地区、45个团体提供了总额约35亿日元（92件）的资金援助，其中“教育育人”项目约占31%。[102]日本政府还与NGO建立了各种定期对话机制，主要包括“NGO——外务省定期协议会”（1996年设立，NGO与外务省对话）、“NGO——在外ODA协议会”（2002年设立，利用ODA的NGO之间对话）、“NGO-JICA协议会”（NGO与国际协力机构对话）、“NGO-JICA日本办公桌”（在海外20个国家设立，支援NGO在当地的活动）等。[103]日本政府对于NGO参与对外援助给予了高度评价：“NGO在发展中国家及地区的教育、保健医疗、农业及农村开发、难民及国内难民支援、地雷处理技术指导等各个领域，正在实施高质量的开发援助活动。”[104]

日本国内有关对外教育援助的NGO也建立起了各种联盟。其中，“日本教科文组织协会联盟”（NGO）设立于1948年，目前成员包括日本全国约270个教科文组织协会，其最主要活动之一便是推行“世界寺子屋运动——发展中国家的教育援助”，在东南亚各国（阿富汗、印度、尼泊尔从2002年开始，柬埔寨从2006年开始，老挝从2008年开始）的村一级行政单位中建立并推广“寺子屋”[105]，实施识字教育、初等教育、技术训练等教育援助。[106]此外，“教育援助NGO联盟（JNNE）”设立于2002年，旨在交换信息、调查研究、提高能力、政策建议、宣传活动等方面加强对外教育援助NGO之间的联络。[107]

其次，日本政府还鼓励国民个人参与对外教育援助活动。早在1965年，日本政府便建立了“青年海外协力队”，招募20—39岁的男女，作为志愿者派往发展中国家参与各种开发援助活动，截止到2015年12月31日，日本累计向88个国家派遣了40987名青年援助队员。1990年，日本政府又增设“中老年海外志愿者”，招募40—69岁的男女参与对发展中国家的开发援助，截止到2015年12月31日，共向73个国家派遣了5834名中老年志愿者。[108]在日本对外派遣的援助队员中，教育援助的参加者占了大多数，例如2017年秋新招募的对外援助志愿者（1341人）中，有关教育援助的志愿者（443人）约占33%。[109]

可见，日本国内已经形成了一整套官民联合、有机协作的实施体制，从而为有效实施对外教育援助提供了制度保障。