教育理念改革的局限性体现在对天皇的处理不彻底上，其主要表现为：

一是仍然保留了天皇的特殊地位。日本政府投降后的首要任务是保存“国体”，文部省1945年8月16日下达的遵奉《终战诏书》的训令、9月15日公布的《建设新日本教育方针》中，均首先强调“贯彻维护国体之一念”、“今后之教育要愈加努力维护国体”。[59]结果，1946年《日本国宪法》规定：“天皇是日本国的象征，是日本国民统合的象征”，这表明天皇仍具有“至高无上”的权威与地位。

二是未追究天皇的战争责任，尤其是未指出天皇在“皇国主义”教育中所负有的欺骗民众的战争责任。1946年6月2日，远东委员会批准了美国提出的保留天皇制的方案，1946年1月至1948年11月“东京审判”的战犯名单中未列入天皇。也正因如此，战前教育的最重要特征——“皇国主义”，并没有出现在教育改革的政策与文件中，而是被“极端国家主义”“超国家主义”等概念所取代，这实际上是掩盖了战前日本统治者利用天皇在教育上的特殊地位欺骗国民的实质。

三是对《教育敕语》的处理暧昧。战败以后，日本政府一直试图保留《教育敕语》。时任文部大臣田中耕太郎在第90次帝国议会（1946.6.27）上称“要将《教育敕语》作为今后伦理教育的根本原理”[60]，时任文部大臣高桥诚一郎在第92次帝国议会贵族院教育基本法案特别委员会（1947.3.20）上也强调：“《教育敕语》是表明统治者意志的文件，具有约束国民的效力。在《日本国宪法》生效时，《教育敕语》中与之相抵触的部分失去效力，不抵触部分则与之并存。即《教育敕语》丧失了政治上或曰法律上的效力，但将作为像孔孟之道或摩西戒律一样的东西而存在”[61]。在日本政府的竭力维护下，《教育敕语》在《教育基本法》（1947年3月31日）颁布实施后仍存在了1年零3个月之久（1948年6月19日参众两院宣布“废除”），在迫于压力不得不废除《教育敕语》时，日本政府也是用了“排除”“确认失效”等暧昧表述。

四是“天皇”与国民节日。1948年的《国民节日法》中规定“天皇生日”为国民节日之一（昭和天皇生日为4月29日），“天皇生日”便是战前四大节日的“天长节”。此外，11月3日是明治天皇的生日，明治天皇在世时为“天长节”，1926年明治天皇去世后，从翌年开始称“明治节”；战后《日本国宪法》的公布日是1946年11月3日，1948年的《国民节日法》中规定11月3日为“文化日”，即要求国民以“文化”这一“外衣”，纪念明治天皇及其时代。可见，天皇的实际统治权被取消，但其客观影响仍存在于日本国民的日常生活中。

上述局限性、不彻底性，虽在该时期的民主化改革中居于次要地位，但它为日本当政者日后重新强调“为国家”的教育目的保留了根源、埋下了伏笔。