在战后日本的民主化教育改革过程中，上述三方改革主体的关系在1946年3月美国教育使节团赴日前后有所不同。美国教育使节团赴日之前，GHQ直接向日本政府发布教育改革指令；日本文部省则根据GHQ的改革指令，制定具体的改革计划，经GHQ审查批准后付诸实施；日本教育专家团体尚未直接参与到改革中。美国教育使节团离日之后，GHQ不再向日本政府直接发号施令，而是改为在幕后操纵改革。由日本教育专家组成的教育刷新委员直接参与到改革中，根据美国教育使节团确立的改革方针以及占领当局的指示，审议、提出具体的改革建议与方案。文部省则只负责实施教育刷新委员会提出的改革建议。另外，为了协调三者的关系，1946年9月9日成立了“高级联络委员会”。该委员会由文部大臣、文部次官、CIE局长、教育科长、教育刷新委员会委员长及副委员长6人组成。文部省向教育刷新委员会咨询的案件均须通过该委员会，教育刷新委员会的提案亦均要提交该委员会。也就是说，GHQ可以通过“高级联络委员会”向文部省施加压力，以确保其如实地执行教育刷新委员会提出的民主化改革方案。

占领时期三方改革主体的关系具有三个特点：第一，以美国为首的GHQ掌握着日本教育改革的主导权。只是GHQ在1946年3月前后，行使主导权的方式不同，之前是直接指令，此后改为间接“指导”。第二，日本文部省在改革过程中的权力有所削减。1945年战败之初，文部省曾积极提出各项改革建议与措施，参与了针对军国主义教育的改革，但是其政策保守，一味试图维护天皇在教育领域中的地位，妨碍了教育的进一步民主化改革。因此，1946年2月之后，文部省的教育改革建议权被日本教育专家团体所取代。第三，日本教育专家团体兼具被动性与主动性。日本教育专家委员会及教育刷新委员会是在GHQ的要求和支持下成立并开展工作，因此必然有受控于GHQ的一面。但是，由于两委员会的成员大部分积极主张对日本教育进行民主化改革，因此其建议基本上是自主提出的。先后担任过日本教育专家委员会委员长、教育刷新委员会副委员长及委员长的南原繁指出：“我们不仅与使节团合作，而且利用它来实现我们的意见。”[6]日本教育专家大田尧评价三者的关系时指出：“尽管CIE最关心的是（教育）改革能否沿着（美国教育使节团）报告书的基本路线推进，但CIE经常对文部省实行的是尊重各专家审议会的内部指导，这反而作为一种保障各审议会自主性、独立性的力量而发挥了作用。”[7]