《大日本帝国宪法》颁布以后，接下来的问题是在宪法体制下，应该以法律方式、还是继续以敕令方式来规定具体的教育问题。对此，日本政府内部以1890年修改《小学校令》为契机，经历了一个争论的过程。

文部省主张采取法律形式的理由是：“一、若以法律形式制定，则日后之改废须经帝国议会两院决议，如此依据郑重之顺序，可免除朝令夕改之忧；二、相对于其他法律，学校令中有需要设变例的条款，故必须依据法律；三、对教员等权益的确保，也依据法律为妥；四、即使欧美的法治国家，也均依据《学校法》等形式，应以此为例参酌决定为妥。”文部省1890年3月24日向内阁提交《小学校令》草案时所附的理由称：“此时若随时宜，以法律制定小学校令，详细规定小学校的教旨教科、儿童的就学、小学的建立维持及教员的任用等相关要件，明确市町村的负担义务，则可达帝国臣民不可或缺的普通教育之目的，此乃颁布该法律之缘由。”也就是说，文部省希望根据该法律，明确市町村的负担义务，将初等教育的费用更加明确地规定由地方财政负担。基于这一原因，文部省于1890年3月24日将《小学校令》的草案作为法律方案向内阁提出。

当时负责审议该法律草案的内阁法治局则反对采取法律形式：“将历来的敕令改为法律而公布之，乃关系到整个国法及将来政策之大事，兹认为有必要从法律上政略上考究其是非得失”。进而，法制局从法理上和政略上阐述了不应采取法律形式的理由：

第一，“在法理上，将本案作为法律之理由甚微”。针对文部省“小学校令规定臣民负有使其子弟就学的义务，故不得不依照法律”的主张，法制局指出：让臣民负担新义务未必要依照法律，因为“帝国宪法第二章特别列举了必须用法律规定的臣民权利与义务（如上所述，不包括教育权利与义务——笔者注），这就暗示着，从法理上讲，不是不可以用命令规定除此之外的其他义务；另外从表面来看，第九条规定（指明治宪法第九条——笔者注）天皇为了增进臣民的幸福有发布必要之命令的权利，而小学教育素来以提高臣民之心意、增进其幸福为目的，故为此事而以命令方式新规定义务，无论从内含还是表面都不为法理所禁止”。

第二，“从政略上，本案也不可以用法律”。法制局指出：“若今日急于付之法律，则他日需修改时则必须经议会同意，议会不同意则无可奈何。盖小学教育与国民性质关系之大自不待言，故普通教育之目的，在于提高每个人之心意，同时发扬国民之精神，以秉性之高尚谋国家之强盛，此乃由教育政策之巧拙而知……一国由单个人组成，故单个臣民心性或智能之丰富、德义之丰厚、革新精神之锐利、守旧主义之顽固，与一国治道大有关系。而本案第十条规定，制定教则大纲之权归文部大臣，以求他日政策实施之自由”，但这“尚非应满足之设计”，因教育事务一旦以法律形式委任给地方自治机构，“不依据法律则难以解释，而遇议会中之新法律不支持时，文部大臣在教育主义中之全权将归于画饼”。更何况从整体而言，“今日帝国议会新开之时，虽国务大臣对天皇负责，但实际上一遇需经议会同意之事，则也必须对议会负责。而今日在无十分必要之情况下，扩大这一责任的范围也不能谓之为得策”。

在法制局与文部省存在意见分歧的情况下，1890年8月，内阁决议通过的《小学校法》被送交枢密院审议，而枢密院内则坚决主张采用敕令形式。上述曾经听过德国宪法顾问讲座的海江田信义（时任枢密顾问官）主张由皇室直接掌管教育：“若如今日政务张弛、当务大臣更迭而至变换极大，则不能熏陶国民、养成爱护国家之精神”，“而今教育之政不与其他百般施政混同，进而一改文部组织，定其为国家最上之施政，将其与其他行政部之官员分离，而归皇室直接管辖。”

在这一背景下，枢密院强烈反对采取法律形式而坚持采用敕令形式，并直言不讳地称：“教育之事，一旦其方针发生错误，则不无动摇国家基础之忧患。故有关规定必须以敕令定之，以开不容议会置喙之途”。结果，枢密院于同年10月1日的审议中，最终否定了法律形式，而将原《小学校令》草案中与府县、郡、市、町村制有关的教育事项，于10月3日分别以法律《地方学事通则》和《市町村立小学教师退休金及遗族扶助费法》加以规定，10月6日则以敕令方式公布了《小学校令》。

直到二战结束，日本重要的教育问题均以天皇的敕令公布，形成了近代教育行政的“敕令主义”。“敕令主义”的教育行政导致了三方面的必然结果：

第一，由政府行政部门独揽教育大权。有关教育的敕令均由文部省起草，经内阁会议、枢密院审查批准，最后以天皇名义公布，而无需经过议会讨论，这样便造成了政府行政权力在教育决策上的独断。

第二，剥夺了民众的教育决策参与权。近代化国家的一个重要特征是政治上的议会民主制，民众可以通过其选举出的代表，通过议会的方式讨论并参与决策国家的重大问题。然而，由于近代日本教育的重大问题均不经过议会讨论，因此国民也就无权参与教育问题的讨论与决策。

第三，为天皇崇拜提供了法理依据，具有一定欺骗性。明治执政者确立“敕令主义”的解释依据是《大日本帝国宪法》第九条规定的“天皇为了增进臣民的幸福有发布必要之命令的权利”，声称天皇发布敕令、发展教育是对国民的恩赐，这样不但掩盖其实行“敕令主义”教育行政的实质，而且将其作为诱导国民“自发”崇拜天皇的法理依据，具有一定的欺骗性。

以上是“敕令主义”教育行政的实质之所在，也是战前日本民众非但未能阻止战争、反而自发地参与对外侵略战争的根源之所在，这也恰恰正是日本执政者们的真实意图之所在。