泡沫经济崩溃后，日本经济陷入长期低迷和通货紧缩。为了消除通货紧缩，经济学家们提出了不少理论假说和治理处方，包括日本银行金融政策失误论、资产平衡表萧条论、结构通缩论、人口减少通缩论、IT引起的成本削减论、进口通缩论、通货再膨胀论等。但是这些假说始终不能回答：为什么发达国家中唯独日本陷入了长期通货紧缩？时至今日，日本政府依然没有找到一条有效医治通货紧缩的良方。

前日本银行总裁白川方明认为，通货紧缩体现为一般物价水平下降，其背景在于宏观经济整体的需求失衡，即需求不足。具体而言，在企业和金融机构被迫调整资产负债表以应对危机过程中，日本经济整体对全球化和人口快速老龄化等环境变化的反应迟缓，构成日本通货紧缩的基础原因。[1]为消除通货紧缩，日本银行虽然不断推行量化宽松政策，并导致了零利率政策的长期化和流动性陷阱，却始终未能从根本上克服通货紧缩问题。福井俊彦认为：现在日本经济面临的通货紧缩是日本固有的结构问题和全球化经济结构变化复杂结合而产生的结果。绝不是单纯的货币现象。[2]榊原英资认为，对于这种基于全球化和技术革新背景而产生的结构性通缩，财政、金融政策是无效的。[3]斋藤诚认为，通货紧缩源于资源价格上升和国际竞争力低下而引起的资本向海外的流出，因此，金融政策难以克服。[4]

吉川洋认为：通货紧缩是一种金融现象，对实体经济带来负面影响，但是通货紧缩不是不景气的原因，而是实体经济不景气的结果。因此，要消除通货紧缩，就必须首先摆脱不景气。日本长期通货紧缩的原因在于缺乏创新，而导致创新缺乏的元凶在于企业从正规雇佣向非正规雇佣转变以及由此引起的名义工资的降低。工资降低导致消费需求不足，最终引发通货紧缩，要消除通货紧缩，必须首先提高工资水平。[5]吉川洋虽然清楚认识到通货紧缩的实质，但却未能找到真正造成通货紧缩的原因。对于管理者来说，企业之所以降低工资和更多雇用临时工，往往不是喜好，而是被迫；不是故意，而是无奈。从企业经营角度看，吉川所谓雇佣问题导致创新不足的观点也十分幼稚。对于吉川所强调的需求和创新，企业家不是不知道，而是不可为，不是不想做，而是做不到，这或许是曾经作为工业化时代骄子的日本人和日本企业的信息化宿命。

针对通货紧缩问题，克鲁格曼、浜田宏一、岩田规久男等经济学家主张实行“通货再膨胀”政策。岩田认为：日本通货紧缩的根本原因在于日本银行的金融政策，日本银行应该制造通货膨胀预期。一旦通货膨胀预期增大，必然引起股价上升，日元贬值，从而增加投资，扩大输出，进而拉动社会总需求，最终才能使日本经济摆脱通货紧缩，增加税收，实现财政再建。[6]然而，“通货再通胀”理论立足于日本国内经济系统循环，忽视了全球化、产业创新等重要影响因素，它从货币经济运行的简单逻辑出发，将经济人理性理解为企业理性和社会理性，将短期政策目标理解为企业和社会的长期投资目标，而过分高估了通货再膨胀政策的现实弹性。通货再膨胀理论指导下的安倍经济学，历经三年运作，虽然直接刺激了股价和汇率，但至今依然争论颇大，而且日本经济仍然未能摆脱通货紧缩的阴影。