内藤湖南之所以对湘学著作感兴趣而且想要进行彻底研究，如前所述，是因为湘学所具有的“朴学”特性。而“朴学”也正是内藤湖南本人早就提倡的学风。

从内藤湖南的家学渊源来看，如前所述，可以将其放在日本传统汉学的折衷学派的系谱中，这种“折衷学”被解释为“不偏于朱子、阳明或古文辞学，对汉唐注疏、宋明诸家之学加以折衷取舍，闻先哲之遗训而匡先学之未及者”。[22]内藤湖南本人自觉将朴学作为一种学术理想且将其视为关系国家学术品位的重大问题，始于京都帝国大学创建之初。1901年他在《大阪朝日新闻》上发表《京都大学与朴学之士》，[23]将学者等同于“朴学之徒”，强调“所谓学者皆为朴学之徒”，以与政治家或行政官吏相区分。他首先以自己所崇尚的清朝学术为例，指出“清朝二百余年，朴学之士辈出，为历代所罕见。自昆山的顾宁人、余姚的黄梨洲，以前朝遗民自居不仕而高尚其事，至太原的阎百诗、吴县的惠定宇、懋源的江慎修、休宁的戴东原、江都的汪中以及近时番禺的陈兰甫，研经家法之守、小学训诂之学，极其空前之盛者，实为此等朴学之徒之力也。若夫至西洋诸国，近世学术之进运，须各专家之钻研，终究为世上之野心家所不能兼备。故所谓学者即朴学之徒也。”他认为在新时代，培养朴学之士是京都大学的天职。他希望京都大学的教授“保持朴学钻研之风，摆脱考证烦琐之弊，自文明之批评、社会之改造起见，如果能够发扬古来关西学者所特有的宁固勿杂、宁峻勿泛的学风，那么世人所期待的新思想，或将出自此间，亦未可知。”甚至将“京都大学学风的倾向”提高到“关系我邦学者品味的问题”的高度。

校勘学是“朴学”中一门最为基础性的学问，内藤湖南对此十分重视。他说：“日本的校勘学一般认为德川时代之后就不盛行了，自此为豪杰流行的世界，非大丈夫所为，实际上决非如此。清朝有何焯、钱曾、卢文昭、黄丕烈、秦恩复、顾广圻等以校勘而成专家。如钱大昕等大家，也是将其一生精力过半用于校勘而获得成功。日本也有三井鼎、吉田汉官、狩谷棭斋、市野迷庵、松崎谦堂等的学风，成为现代大学等汉学的渊源，其功不可没。欧洲的学问也是如此。梵文以下的语言研究，多半以上是校勘学之力。”从方法论上，他充分肯定日本国学者的贡献，也是从“朴学”校勘的意义出发。他认为“我邦国学，自贺茂真渊以来仅百余年，其研究方法，几乎与欧洲近世科学的方法同样发达，其重要原因之一不能不说归之于真渊开创古语研究，而宣长以下可谓尽力于校勘。其中百年来的国学发展，多得力于宣长伟大的智慧。”此外，他强调富永仲基的“破天荒”的思想的形成，实际上也是得益于校勘之力，是因为富永仲基“校订过了一切经，其结果才有《出定后语》这一空前的著作。”[24]

对为学与为官、学术与政治的关系，虽然内藤湖南一直对“清朝的朴学者，以学术为生命，不屑为官者甚多”的现象表示钦羡，以为学者“在民间而为实事求是之学问，没有浮华之想，极为质朴地研究经史”，“在民间讲学传道以维持道统，以此而为万世开太平”是一种“高尚的理想”，[25]同时，他也绝对不是不关心世界大势的纯书斋式的学者，尤其是对现实的中国问题一直非常关注。服部宇之吉受聘为“北京大学教头”一事，他发表评论，希望他“以永住清国的觉悟去赴任”，因为“北京大学教头之职，为几乎掌握整个清国教育之中枢者，所培养的学生为他日所用，其感化所及无限，其潜力之大，非为掌握一部分财政所可比。”因此一定要“坚忍耐久”，“有埋骨清国的觉悟，以此完成此大任。这样日本人的待遇与势力，一扫步其他外国人后尘之患，便指日可待。这是我对承担支那人心感化重任的服部氏的最大希望所在。希望其他应聘者也是如此。听说清国还希望招聘外交顾问，在外交问题上指导最为此苦恼的清国当局，可以说不仅是日本学者的天职，而且作为学者而委此重任于一身，也是非常荣誉的。”[26]其经世致用的**，溢于言表。

到1924年，内藤湖南在《新支那论》中，明确区分“朴学”中“高级的学问”和“低级的学问”，所谓“高级的学问，就是在方法上具有哲学的规范，以严密的考证而促进学术的伟大进步，由此而阐明模糊不清的古代文化的内容。”而低级的朴学，是指服从某种权威规范，而“单纯以琐屑的考证为能事”。[27]

内藤湖南也是以上述朴学倾向和经世意识，来评价“湘中学者”的。