《日本国志》光绪十三年（1887）完稿后，虽于光绪十六年（1890年）交羊城富文斋刊刻，初刻本及改刻本扉页亦皆署有“光绪十六年羊城富文斋刊版”字样，但实际上该年并未刊行。光绪十六年十二月二十日（公历1891年1月19日），黄遵宪自伦敦使署致函日本友人宫岛诚一郎，言及《日本国志》虽已完稿，然“所恨东西奔走，无暇付梓”，即为明证。
光绪二十年（1894）春，黄遵宪任新加坡总领事期间，曾将《日本国志》稿本邮至巴黎使馆，请时任出使英法意比四国大臣的薛福成作序。薛序作于该年旧历三月，初刻本即有收录，可知《日本国志》的出版应在此之后。
那么，《日本国志》的正式出版究竟在何时呢？笔者认为，初刻本应刊行于光绪二十一年冬，即1895年底至1896年初。因华东师范大学图书馆所藏有黄遵宪亲笔题签的《日本国志》初刻本，签曰：
此为初刻未校之本，而吾友索观者甚众。伯严考功（按：陈三立）谓《无邪堂答问》与此均近世奇作；爽秋观察（按：袁昶）言自有《职方外纪》以来弟一书；善余大兄（按：陈庆年）更推为国朝大著作，足与梅定九《历算全书》、顾宛溪《方舆纪要》鼎足而三，面乞函催，需之甚殷，辄先赠一部，并求为删校，再行刊定。遵宪于八年精力聚于此书，美恶不能自知，但能免诸君子阿好之讥，则幸甚矣。乙未腊月八日遵宪自识。
笔者推测，此本《日本国志》乃黄遵宪刻好不久即赠给好友陈庆年（1863—1929）的初刻未校本，乙未腊月八日为公历1896年1月22日。该书卷一末尾题曰：“光绪乙未十二月廿九日乙未除夕夜”（1896年2月12日）、卷二末尾题曰：“光绪廿一年十二月除夕校未完，廿二年正月丙申朔补成之，灯下记”，盖为陈庆年接黄遵宪赠书，校后所留下的题记。由此可见，《日本国志》的初版时间应为光绪21年冬，即1895年底至 1896年初之间。
《日本国志》初版发行，正值甲午战败，中国陷入空前的民族危机之际。此后为适应国人了解日本、变法维新的迫切需要，《日本国志》曾多次翻刻。据调查统计，迄今为止，《日本国志》的主要版本有以下八种：[131]
（一）羊城富文斋初刻本（1895底至1896初）。刊头署“光绪十六年羊城富文斋刊版”，卷首有李鸿章《禀批》，张之洞《咨文》，薛福成《序》，每页12行，每行24字，共10册。
（二）羊城富文斋改刻本（1897年）。刊头亦署“光绪十六年羊城富文斋刊版”，然卷首撤去李鸿章《禀批》，张之洞《咨文》，卷末补入梁启超撰于光绪二十二年（1896年）十一月的《后序》。因黄遵宪在光绪二十三年（1897年）三月初一日（4月2日）、廿一日（4月22日）、四月十一日（5月21日）三次致函汪康年，言及《日本国志》改写十数页寄往广东梁诗五，催其速印一事。七月廿七日（9月4日）致函汪康年则言，近得梁诗五函，所补《日本国志》已寄到报馆，请汪代为抽换装订后发售。故知此改刻本约刊行于1897年夏秋之间。[132]
由于初稿完成后十年来黄遵宪的思想发生了变化，因此改刻本中黄遵宪作了较大的改订。改动十数页，增补了数千字，其目的是为适应维新运动新的形势需要。另有近百处进行了文字上的润色。[133]
（三）
浙江书局重刊本（1898年）。版本、形式、内容同初刻本，刊头署“光绪二十四年浙江书局重刊”，共10册。
（四）上海图书集成印书局本（1898年）。据羊城富文斋改刻本以铅字翻印，刊头署“光绪二十四年上海图书集成印书局印”，分别有10册本、8册本、6册本、4册本。
（五）汇文书局本（1898年）。内容、形式同羊城富文斋改刻本，刊头署“光绪二十四年汇文书局秋刊印”，木刻版，共12册。
（六）上海书局石印本（1901年）。内容同羊城富文斋改刻本，刊头署“光绪辛丑秋月上海书局石印”，三十二开纸铅字刊印，分4册本和5册本。
（七）丽泽学会石印本（9902年）。内容据羊城富文斋改刻本，扉页题“光绪壬寅夏日丽泽学会校印”，以四十八开纸印，即为《五洲列国志汇》本。
（八）台湾文海出版社影印本（1974年）。此版本据上海图书集成印书局本影印，分上、下两册，大三十二开纸印出。收入沈云龙主编《近代中国史料丛刊续编》第10辑第96种。
此外，各地图书馆还藏有不少抄本，如上海图书馆的袁昶抄本，华东师范大学图书馆的盛宣怀抄本等。
虽然如上所述，《日本国志》版本繁多，然而经黄遵宪亲自改订者，唯有上述羊城富文斋改刻本一种，其余或据初刻本，或据改刻本。
本书影印即以羊城富文斋改刻本为底本，为节省篇幅，将原书四页缩小为一页，版心及格式仍保持不变。原改刻本中黄遵宪所撤去的李鸿章《禀批》与张之洞《咨文》，现作为附录补入书后。另外，为方便读者阅览利用，本书最后还编有人名索引。
由于笔者水平有限，加之时间紧迫，谬误之处在所难免，敬请方家批评指正。
（本文为影印本《日本国志》撰写的“前言”，上海古籍出版社，2001年版，第1—26页，该书为王宝平主编：《晚清东游日记汇编》之一。以《黄遵宪〈日本国志〉述论》（上）为题刊载于南开大学日本研究中心编：《日本研究论集》第六期，天津人民出版社，2001年12月，第222—239页；以《黄遵宪〈日本国志〉述论》（下）为题刊载于南开大学日本研究中心编：《日本研究论集》第七期，天津人民出版社，2002年5月，第213—231页。）