为寻觅近代以来日本诸多思想形成的基因，众多学者将目光聚焦在被看作是近代日本原乡的江户时代。

韩东育《日本近世新法家研究》（中华书局2003年）提出了“近世新法家”的新概念，并通过盘点荻生徂徕、太宰春台等思想家的思想轨迹，强调了近世思想“脱儒入法”的动向，并对日本泰斗级学者丸山真男著述中严重背离事实的附会和谬误提出了尖锐的质疑，成为学术前沿成果。韩著令日本学者刮目相看，权威学者黑住真盛赞：“我确信，这是一部极其重要的著作。”[19]王青《日本近世思想概论》（世界知识出版社2006年）对儒家思想、町人思想、农民思想、兰学与洋学、神道与国学、佛教等诸多思想领域的发展脉络做了简明扼要的梳理，是中国学者撰写的首部日本近世思想史的概论性著作，该书意味着中国学者开始尝试日本近世思想史研究的系统化。陈景彦、王玉强《江户时代日本对中国儒学的吸收与改造》（社会科学文献出版社2014年）详细论述、分析了江户时代日本的朱子学、古学、阳明学、折衷学派、独立学派和国学派等六大学派对中国儒学的不同态度以及所取得的学术成就。书中还探讨了日本如何运用中国伦理思想为自身服务等问题，且多有独到见解，可供文化反思之用。

有关江户时代个体思想家的研究成果颇丰，且多有建树，显示了重要的学术价值和中国学人的特色，可惜篇幅所限也只能存目了。林罗山可谓江户儒学之祖，研究著作有赵刚《林罗山与日本的儒学》（世界知识出版社2006年）、龚颖《“似而非”的日本朱子学：林罗山思想研究》（学苑出版社2008年）。沟通中日两国思想的“学问大使”朱舜水可谓众目所归，研究朱舜水的成果颇丰，诸如：李甦平《朱之瑜评传》（南京大学出版社2002年）、覃启勋《朱舜水东瀛授业研究》（人民出版社2005年）、林和生等《朱舜水与德川光圀》（陕西教育出版社2012年），相关论文集有《朱舜水与日本文化》（人民出版社2003年）。关于近世思想研究论文集已出版两部：郭连友主编《近世中日思想交流论集》（世界知识出版社2003年）和成中英主编、韩东育执行主编《本体的解构与重建——对日本思想史的新诠释》（上海社会科学出版社2005年，所收日本近世思想家个人专论占全书半数）。