进入21世纪，在新老交替中新一代中坚学者跨入研究成熟期，在承继师辈研究不断扩展和深化的基础上，开辟了诸多新的研究领域，中国的日本文化研究成果呈井喷之势，就研究成果而言也进入了规模化的著书阶段。这种态势除此前蓄势积累之功而外，还要归功于研究人员的迅速扩充以及通过与日本学界的学术交流增强了研究者的研究素质，更有海外归来学人带来了新的研究思路和课题，并与国内原有学者不断探讨、碰撞，在扩展问题意识的过程中，研究触角也随之迅速扩展。与日本研究中的政治经济等其他领域相比，日本文化研究进步显著，这也反映了学界关注研究领域均衡化的趋势。新世纪的研究进一步具体化、细密化和体系化，彰显出中国学者的研究视角和特色，中国的日本文化研究渐趋成熟。这集中表现在诸多日本研究丛书的出版。

王晓平主编《人文日本新书》（宁夏人民出版社2004—2008年）20单册，规模大、系统性强，涉及领域广泛，分别“就一个日本人文题目说清楚来龙去脉”，而且丛书各单册执笔者多是国内资深学者，诸如王金林《日本人的原始信仰》、王晓平《远传的衣钵：日本传衍的敦煌佛教文学》、高文汉《日本近代汉文学》、卢盛江《空海与文镜秘府论》、高宁《越界与误读：中日文化间性研究》、王向远《源头活水：日本当代历史小说与中国历史文化》等（限于篇幅恕不一一罗列），可谓厚积薄发。总之，“它们都是第一流的学者新写问世的最新研究成果，并以面向一般读者好读易懂为主旨”。（川本皓嗣开篇贺词）丛书集中展示了中国日本文化研究的又一阶段性成果，而且由专家向社会普及日本文化的思路也是一次创新。

杨栋梁主编《日本现代化历程研究丛书》（世界知识出版社2010年）十卷本，是以南开大学日本研究院为主体的南开学者们完成的集体研究成果，可从中窥见对日本文化的格外关注。其中五卷为文化专题：赵德宇等《日本近现代文化史》、刘岳兵《日本近现代思想史》、臧佩红《日本近现代教育史》、王健宜等《日本近现代文学史》、彭修银《日本近现代绘画史》，李卓《日本近现代社会史》也探讨了家族国家等社会深层文化问题。这套丛书也都是作者们积多年研究之功的成果，或可视为国内有关日本现代化与日本文化关系问题的阶段性、标志性研究成果。有评论称该丛书：“分量甸沉，敦厚笃实，在学术界引起很大影响，日本亦有多位学者向笔者问及此书，关注甚殊。让全国的日本史研究者有了更多的欣喜和更高的期待。”[18]

《儒学与东亚文明研究丛书》（华东师范大学出版社2008年）直接涉及日本儒学等题材的有：张宝三和徐兴庆合编《德川时代日本儒学史论集》，张昆将《德川日本忠孝概念形成与发展》和《日本德川时代古学派之王道政治论》，陈玮芬《近代日本汉学的关键词研究：儒学及其相关概念的嬗变》，张宝三、杨儒宾编《日本汉学研究初探》和《日本汉学研究初探：思想文化篇》等。这些专著反映出中国日本儒学研究的深耕细作和更加专业细密化的研究方向。