如前所述，江户幕府初期的禁教政策并没有将日本绝对闭锁于岛国之中，荷兰商馆这个窗口始终是开放的。幕府定期收取商馆人员提供的海外情报，编成《荷兰风说书》以作为了解海外形势的资料，这说明幕府并非要彻底自隔于世界。但总体看，在江户前期，这些情报并没有引起幕府相应的重视。日本人中，除少数通辞受到一些影响外，西洋知识几乎不为日本民间所知。

自1716年八代将军德川吉宗执政以后，开始重视荷兰事物和科学技术。德川吉宗对西洋的学术技艺、制度、物产、风俗等都具有浓厚的兴趣。他屡派幕府官员向荷兰商馆询问关于天文、地理、医学、武器、饮食、植物等各种知识，甚至为改良日本马种而进口西洋种马，并订购各种西洋物品和书籍。更于1720年下令放宽汉译西书进口的限制，并大力奖励经世学问，扶植兰学。1740年，他亲派幕臣青木昆阳和侍医野吕元丈学习荷兰语，并聘用荷兰天文学家。日本学者多认为这些措施与吉宗本人的癖好有关，但是，联系当时日本社会的状况，不能不说他具有强烈的实用主义意图。随着町人经济实力的增长，商品经济渗入农村，致使部分农民破产，纷纷逃散，人口增长停滞，农民、市民暴动频发。同时，高利贷资本也动摇着武士阶层的经济地位，封建社会矛盾趋向尖锐化。为此，幕府试图以殖产兴业政策摆脱困境，稳定农村生活，以保证年贡收入。为发展生产，自然科学技术尤其是与生产有直接关系的实学，自然就显得重要了。至田沼时代（1767—1786）实行了比吉宗更为明智的经济政策，扩大了与荷兰、中国的贸易，同时也放宽了与荷兰人接触的限制。在江户，幕府官医与荷兰人交谈时，民间医生也可以参加。正如当时荷兰商馆长所说：“日本人开始知道，允许外国人入境于政治并无害处，反而可以由此学到日本人所不知道的技术和学问。”[70]

然而，到松平定信任老中的宽政改革时期（1787—1793），随着兰学中议政意识的萌发，松平定信开始实行“异学之禁”，重新树立朱子学的官学地位，并开始采取垄断兰学的政策。1792年，幕府以“处士横议”为由，禁止林子平所著《海国兵谈》和《三国通览图说》[71]的出版，并判处林子平“蛰居”。与此同时，幕府还限制日本人与来江户参觐幕府的荷兰人的对话。一般认为松平定信的上述政策是对兰学的镇压，笔者以为这种论断似乎是过于简单化了。其实，松平定信并非要彻底禁止兰学，而是要将兰学限制在为幕府所用的范围之内。松平定信曾经明确地表露过这种意向：

余自宽政四、五（1792、1793）年集红毛（荷兰）之书。蛮国精于理，尤以天文、地理、兵器及内外科治疗获益不少。然此或成好奇之媒介，坏事之根源。本应禁止，然犹不能止，况且有益。遂与长崎奉行商议，购买舶来之蛮书。然其书不宜落浅薄者之手，而应奉于幕府书库……不至散落世间，有用时即可得。[72]

为挽救幕府气运，需要引进西方科学技术，但又担心有志之士以兰学知识批评幕政，因而采取藏兰书于幕府的垄断政策就成为两全之举了。由此可见松平定信用心之良苦。基于这种态度，幕府为防止“处士横议”而实行上述垄断策略的同时，又使兰学家归附于幕府，逐渐实现了兰学的“官学化”。实际上松平定信对林子平的处分也绝不是对西方文化的抵制，而是因为林子平提倡的强化海防的主张触犯了松平定信“君子应有忧国之心，但不可出忧国之语”的原则和幕府严禁“处士横议幕政”的规制，况且也没有史料证明松平定信对兰学采取其他具体的镇压措施。恰恰相反，他选择的是引进洋书以补强幕府统治的策略。由此看来，松平定信的“异学之禁”并不等于“独尊儒术”。松平定信虽于1793年辞去老中职务，但他对兰学的态度却被其后任继承下来。他们对兰学中的自然科学部门采取了扶植政策，兰学家们也欣然合作，从而出现了研究西洋实用科学的氛围。

但是，在上述官民合作的同时，兰学家中又出现了触犯幕府禁令的犯规行为，导致兰学史上又一轮较大的灾难。1828年西保尔德回国时，从其行李中发现了高桥景保和土生玄硕的赠物，即前述的日本地图和葵纹服，在当时这都是禁止携带出国的禁物。在幕府看来，兰学家们为得到西洋知识竟敢违背大禁，实属无视幕府权威的叛逆行为。为此，幕府将西保尔德软禁于出岛，严加审讯后驱逐出境，并永远禁止其再来日本；土生玄硕被判以“改易”（取消武士身份，收回俸禄）并终身禁锢；高桥景保被捕后死于狱中；此案还牵连鸣泷塾塾生及长崎的通辞等50余人。此即有名的“西保尔德事件”。1838年又有渡边华山、高野长英分别撰写了《慎机论》和《梦物语》，幕府认为它们是“赞美异国，诽谤我国之邪书”，并因此拘捕了渡边华山、高野长英等多名蛮社成员。其时，小关三英因曾翻译《耶稣传》，自知难逃大狱而于被捕前自杀。[73] 1840年，幕府以“处士妄评政治、动摇民心”等罪名，判渡边华山蛰居原籍，高野长英终身监禁。不久渡边华山自杀，高野长英虽曾一度脱狱毁容，但终在与幕府捕吏的搏斗中悲壮身亡。

两次大狱，对兰学无疑是沉重的打击。此后，幕府更加紧了对兰学的控制，施行了一系列诸如翻译兰书须经町奉行认可等统制兰学的规定，禁止兰书流布市井，使兰学中人文科学部分的发展暂时跌入低谷。兰学遂萎缩成为幕府“取长补短”的“御用之学”。然而，这只是兰学运动的暂短蛰伏期，并不是最终的结局。前述幕府扶植兰学的政策在客观上已造就了一个具有相当规模的兰学群体，要想彻底剪灭兰学的社会影响已经不可能了。及至幕末风云期的到来，在兰学积累的基础上学习西方的幕末洋学风潮崛起，为变革日本社会发挥了积极作用。