1534年西班牙贵族依纳爵·罗耀拉（Ignaciode Loyola，1491—1556）集结弗兰西斯科·沙勿略等六名同道相约发起组成耶稣会，并于1540年得到罗马教皇的正式批准，1541年罗耀拉当选为第一任耶稣会总会长。该修会的主要目的之一是向全世界传播天主教，以扩展教皇的影响。因而自它诞生之日起，便遵照耶稣“你们往普天下去，传福音给万民听”[1]的指引，开始了向美洲和亚洲广大地区的传教活动。1542年沙勿略便到达印度的果阿，并在那里建立了修道院。之后又辗转新加坡、马六甲，于1549年到达日本，揭开了耶稣会在日本传教的序幕。1552年沙勿略又来到中国广东台山县南面的上川岛，终因没能进入中国大陆，而在遗憾中死去。在沙勿略去世同一年出生的利玛窦，于1582年终于进入中国内地，开始了耶稣会在中国的活动。

西方殖民势力于16世纪开始了海外扩张活动，对殖民地进行政治干预、经济掠夺和文化渗透。殖民主义者一方面使用炮舰政策，进行**裸的武装侵略，另一方面又利用宗教进行欺骗宣传，实行文化侵略。耶稣会传教士东来，是在欧洲殖民国家大力向海外扩张的背景下发生的，派遣他们的国家和罗马教廷，都把他们当作建立和扩大自己势力范围的工具。这就很容易使人们把耶稣会士东来与殖民侵略联系在一起，尤其是耶稣会在欧洲的历史上也曾留下不大光彩的名声。人们曾指控耶稣会士组织或企图杀害教皇克莱门特八世、克莱门特十三世、法兰西国王亨利四世、葡萄牙国王乔治一世、英国女王伊丽莎白一世、奥地利皇帝利奥波德一世、瑞典国王古斯塔夫-阿道夫和美国总统亚伯拉罕·林肯等[2]。又由于耶稣会属于旧教修会，人们又自然将它与罗马教廷对科学家的迫害联系在一起。由此，传统的耶稣会观认为：耶稣会是反对宗教改革的先锋，是为反对近代思想与近代科学服务的。人们评价耶稣会的习惯用语是“梵蒂冈的黑衣卫队”“新教的死敌”“进步科学和文化的反对者”，总之是“恶名昭著”。

人们经常把耶稣会纳入对抗新教改革的天主教的伞下加以批判，其实人们对天主教会的历史判定是不公平的，至少是不全面的。对此，中外学者都有论述。他们的研究认为：15世纪中叶起，罗马教廷开始支持文学艺术活动，不少教皇自身就是人文学者。罗马教廷大量延揽人文主义者，搜求翻译古籍，对有成就的学者或授予要职，或赠以重金，或引以为友。教廷与人文主义相结合，在宗教上比较宽和，对此应加以肯定。罗马曾出现过一系列人文主义教皇或称“文艺复兴教皇”“教廷的文艺复兴”。从15世纪中叶，除佛罗伦萨之外，罗马也崛起而成为意大利艺术生活的中心。教皇曾对米开朗基罗委屈求全，利奥打算给拉斐尔一顶红衣主教的帽子，另一位教廷官员则想把侄女嫁给拉斐尔。由于教廷有大量的人文主义者，发展了对古代典籍的专心致志的研究，有学问的人便背离了基督教的正统思想，而教廷对这些新思想及异教因素则加以宽容。[3]“文艺复兴加强了教廷的艺术魅力，即使教廷的宗教威信下降，宗教改革则是对这种倾向的反抗。假定不是宗教改革，或许教廷的开明政策还会继续下去。改革家们反对教皇不是因为他们是世界的宗教领袖，而是因为他们不是这样的领袖。”[4]

再来看新教的表现。与上述罗马教皇的宽容相反，我们倒是可以举出新教迫害科学的事例。正如有学者所说：“政教合一的日内瓦加尔文派对科学的迫害尤甚。”[5]维萨留斯的《人体结构》一书，被称为是与哥白尼《天体运行论》并驾齐驱的科学史上的双璧。如果说《天体运行论》动摇了托勒密理论的一统天下，那么《人体结构》则是对盖伦医学的挑战。和哥白尼学说一样，《人体结构》观点的传播和发展，也经过了艰难困苦的历程。另一位医学家塞尔维特，根据维萨留斯的解剖学理论，提出了非常接近于后来哈维所发现的血液循环的假说。塞尔维特把自己的研究成果发表在《基督教复原》一书中，并从神学的角度进行了论述。他曾将文稿寄给宗教改革领袖加尔文，并希望得到支持。然而，加尔文的回答是，立即拒绝与塞尔维特发生任何关系。及至该书问世，加尔文立即谴责该书违背三位一体说，下令逮捕塞尔维特，并于1553年对塞尔维特判处火刑，加尔文亲自将他活活烤了两个钟头。不仅如此，塞尔维特的著作被全部焚烧，只有三本侥幸免遭大劫，得以流传后世。假如加尔文对“异端”稍加宽容，塞尔维特能够继续研究，那么血液循环的理论可能会提前半个世纪问世。[6]可见，对“证明科学正当性乃是所有新教教派的特征”的传统观点，似乎应该予以某种程度的修正。否则，它会屏蔽研究者的视野和思路，成为该领域研究的桎梏。而下述耶稣会对于普及新知识的贡献，即是对这种传统定说的又一例反证。

诚然，人们可以罗列出耶稣会在欧洲的许多劣迹，然而，它还有另外的一面。耶稣会在欧洲大力兴办教育、尊重知识、重视学术研究的事实，就连对耶稣会深恶痛绝的人们也并不否认。“为了与其他大学抗衡，耶稣会创办的院校也被迫发展世俗教育，满足文艺复兴所唤醒的人们对知识的渴望。我们知道，他们这样做还是有成效的。”[7]耶稣会所办的学校在1680年达到128所。[8]当时，欧洲的一些出色学府，几乎都有耶稣会士充任教授。针对当时人们对科学知识的重视，罗耀拉极力主张，在大学里应该重视哲学、数学，尤其是作为文艺复兴摇篮的意大利教授们所关心的科学，必须给耶稣会士们充分的时间学习并掌握这些知识。欧洲的许多名人学者，如莫里哀、笛卡儿、孟德斯鸠、伽利略等人都曾毕业于耶稣会创办的学校。可见，耶稣会在欧洲教育史上，留下过辉煌的业绩。也正因如此，罗耀拉自己虽然算不上是学者，却被称为“学问之父”。来日本和中国的著名耶稣会传教士、西方科学的主要传播者斯比诺拉（Spinola Carlo，1564—1622）和利玛窦以及耶稣会远东巡察使范礼安（Valignani Alexandre，1538—1606）都曾是当时罗马学院[9]著名教授克拉维斯（Christophus Clavius）[10]的门生，而克拉维斯是国际现行公历——格雷历的主要修订者。我们可以从利玛窦在罗马学院学习时的教学计划中窥见耶稣会重视科学之一斑。第一学年：算术；第二学年：《几何原本》前四卷（四个月）、实用算术（一个半月）、地球仪（两个半月）、地理学（两个月），其余时间学习《几何原本》第五和第六卷；第三学年：古观测仪（两个月）、行星理论（四个月）、透视法（三个月），其余时间学习钟表和与宗教有关的计算等问题。[11]

耶稣会士后来在远东实行适应传教策略，正是得益于他们尊重知识、注重教育的传统，这也是耶稣会区别于天主教其他修会的最显著的特征。