德川家康夺得霸权后，立即杀了石田和小西，流放宇喜多，没收或削减西军毛利、上杉等的领地，[31]大封东军将领，掌握了全国实权。

庆长八年（1603），家康效法源氏及足利氏，迫使皇室封他为右大臣和征夷大将军，在江户开设幕府。此时丰臣秀赖成了实际只领有摄津、河内及和泉等三国（今兵库、大阪的一部分地区）收入65万石的一个诸侯。但他在法律上仍是秀吉的继承者，丰臣氏一族君臣的潜力还很大。大阪更是当时日本最富庶、重要的都市，丰臣旧部战败后集中在这里，准备再起。家康为统一全国，积极经营10年。

庆长十九年（1614）冬，炮制了“方广寺钟铭事件”[32]，发动两次向大阪进攻的战役。第二年（元和元年）5月占领大阪，迫使秀赖母子自杀，消灭了丰臣氏一族。

在此之前，家康在掌政后两年的庆长十年（1605），便让位给儿子德川秀忠，自己隐居于旧根据地骏府（今静冈市），遥制江户幕府，决定大计。大阪战役后第二年（1616）家康死。[33]幕府经第二、三两代将军统治，确立了德川时代政治经济的基本体制。