大西军六路劲旅花了大约两月时间，才将四川大体平定。大小战场二百余处，杀死生民数十万人。经此雷霆万钧般的严厉镇压后，四川腹地州县，果然平静下来，只是显得地旷人稀了许多。昔日的世家巨族，繁盛村邑，大都凋零颓败，遭乱各村落中青壮男丁大都死耗，活着的青壮妇女也不多见，只剩下老弱妇孺与伤残半死之人。每夜磷火萤萤，鬼声啾啾，四川乡间全是一片凄厉景色。却有一宗好处，便是读书识字之人已都或逃或死了，王应熊与其他任何人发布的号召绅民反抗大西政权的檄文再已无法到达广大乡村。各地因而回到了日出而作，日落而息的人类原始生活状态之中。
四川境内一时清静不少，张献忠的心情也随之大好。
给张献忠的好心情锦上添花的，还有两位住在大慈寺里的洋教士。由于受到张献忠的礼遇，利类思与安文思大有回报知遇之恩的**，他们不仅为张献忠制订出了通天历作为献给大西国的一份重礼，又制造了一个精美绝伦，约有一人高的浑天仪，被张献忠称为天球，爱如珍宝。他命人抬到承天殿上，安置在自己的御榻左侧，每日上朝供众官瞻仰。
通过利类思的介绍，张献忠明白了浑天仪的作用，增加了不少天文方面的知识，而且还得陇望蜀，请两位洋教士再接再厉，给自己造出地球，以期与天球组成一对，一同安放在御榻之旁，取交相辉映之效果。又封利类思为“天学国师”、安文思为“地学国师”。每逢月朗星辉之夜，便派太监将两位国师请到宫中，饮酒谈论天文气象与西洋精巧之技。此时的大西百官中，最受张献忠尊崇的，首推两位洋教士。二人趁机向张献忠提出建立教堂，发展基督徒等事。
张献忠多次向洋教士索取天文书和算学书，表明他对西方科学技术的强烈关注。对两位教士带领几十名工匠用红铜制造的天球、地球和日晷赞不绝口，倍加推崇。
对此，利类思和安文思在《圣教入川记》中有如下回忆：
按二球之大，须二人围之。天球有各星宿及其部位，七政星官环列其上，配以中国天文家所演各畜类；又分二十八宿，以合中国天文家之天图。而地球分五大部州，国名、省名、城名及名山大川历历可数；经线、纬线、南北两极与黄道、赤道、南北温道无不具备。至于日晷，列有黄道午线及十二星官与各度数，日月轨道如何而明，岁时因何而定，了如指掌。以上各器部位尺寸，大小合宜，实为当时特出之物。完成后，见者莫不称奇，张献忠尤为称羡，视若异宝。饬令将天、地球仪排列宫中大殿上，以壮观瞻。又令厚赏司铎……张献忠深赞二司铎之才能，尤加敬重。不独厚爱司铎，即司铎之佣人，亦均赏赐。
然而，张献忠喜欢西洋人造的器物，却不赞成洋教士在中国传播天主教。他对利类思和安文思说：“朕深知贵国的宗教异常神圣，然天主真神只当被你等欧洲人信仰之，我等生在中国，长在中国，自有我等信仰之神。你们的天主，想必也乐意在欧洲享受信徒的敬礼，因欧洲有多数人敬仰他之故也。天主不愿在中国受敬礼，也不应当令中国人对他尊之敬之，因此地人心锢闭，只信奉自家老祖宗遗下的宗教神灵。所以嘛，朕建议你们将那些宣传天主教的教义教律妥当保存好，耐心等候朕将全国平定后，再送二位司铎衣锦还乡。到时候还得麻烦你们，多遣天文学士，多寄算学诸书来我中国，助朕开启中华智力。”
一位出身于封建社会底层，长期征杀于战场上的农民造反军领袖，竟然具有这样独到的见识，实在是令人称奇。张献忠尊重传教士们的科技知识，但对于他们不远万里来到中国的隐情却洞若观火，谓其“借传教为名，暗行其私意，侦探中国底蕴，报知外国。”从后来公布的西方传教士超越宗教活动范围，私自搜集和记录中国政治、军事、经济、地理、风俗、民情等大量情报来看，张献忠的“智识宏深，决断过人”，诚非虚言。
此时，由王自贤担任总编纂的《大西宝典》已经完稿。张献忠十分关心这部凝聚着他半生心血的大部头著作，经常到大慈寺来视察编书情况，对一班文化人做重要指示，或是到两位洋教士的住处，看看他们制造各种精致仪器的情形。每次来，他总要把两位洋教士和王应龙招来，大家聚在一起说说话儿。
一天，他对利类思和安文思说：“眼下朕虽然尚未能一统天下，却已有多名雪山活佛，不远千里前来朝贺。边陲地方的蛮夷土司向朕归降拜印者，也多达百余。连你们两个西洋人，不也万里迢迢前来为朕助兴么？不过你们虽然来了，朕却没有什么好东西让你们宣传到西洋去。朕想你们西洋枪炮虽精，却没有文学，中华乃文明之邦，文章好是天下有名的。朕虽是个武人，自小却也给塾师磕过头，学习过文章，能诗能赋，一般进士翰林，都很敬服朕的。因此朕才有资格做得他们的皇帝。你二人可将这厚厚的《大西宝典》译成西洋文字寄回国去，让他们也知道我中华民族的优秀之点。若能为大西国招来朝贡，朕这里定有厚赏。”
二人早已从王自贤处得知《大西宝典》的编纂情形，此时见张献忠亲手将尚未刊印的稿本相托，赶紧双手接过应承下来。
《大西宝典》共分五卷，第一卷“圣谕”，其中有“御制万言策”，评论历代帝王。他最为推崇的圣人是项羽。其中还有不少诗歌，其中两首《甲申感怀》，让两名洋人颇感兴趣。
一为：
高山有青松， 黄花开谷中。 一顿冰雹砸， 荣枯便不同。
一为：
巴蜀有王气， 北京是死灰 笑他红尘客， 不识岭上梅。
两位洋人虽然对中国文化说不上精深，但内容如此直露的顺口溜，还是让他们一眼就能看出，张献忠无非是站在旁边幸灾乐祸，在拿已经被清军和吴三桂打得落花流水、满地找牙的李自成开涮。
除了诗歌还有圣谕，如“天有万物养人，人无一物报天。鬼神明明，自思自量。”
利类思到底比安文思早来中国几年，中国文化的底子比安文思要稍厚实一些，他对安说：“这是张献忠在模仿明朝开国皇帝朱元璋，打算用他一个人的思想，来统一大西国臣民的言行。”随后，他去书架上找出一部厚厚的，名叫《御制大诰》的书对安文思说，“你看看这本书，这对我们翻译张献忠的《大西宝典》会有很大好处。在如何统治人民方面，古今中外历朝历代的皇帝，思维全都是大同小异，一以贯之的。”
安文思在《御制大诰》里，清楚地看到了近三百年前的那位大明开国皇帝，所做的一些很有意思又十分别致的事情：
朱元璋刚登上皇位，就从帝国各地调集专家学者到南京，在他的亲自指导下，开始了一项庞大的系统工程，为他统治的这个庞大帝国里每一个阶层的人，制定必须严格遵守的行为准则。它包括每一个臣民的衣食住行，生老病死、喜怒哀乐。
朱元璋的目的十分清楚，用记载着大明朝开国皇帝语录与诗文的《御制大诰》《大诰续编》，以及专门教育皇子皇孙的《皇明祖训》等，将他的思想编织成一张无形却又无所不在的大网，紧紧地罩住中国这片土地上的所有臣民，决不允许他们乱说乱动，胡思乱想。
朱元璋命令全中国每一个村镇，都必须推选出一位德高望重、身体健康、声音洪亮的老人，手里“叮叮当当”地摇动一个铜铃，每天清晨时分，行走在宽宽窄窄的古老街道上，拖着长长的、怪异的声调，如同歌咏般地朗诵皇帝语录“六谕”：“孝顺父母，尊敬长上，和睦乡里，教训子孙，各安生理，毋作非为”。
朱元璋刚当上皇帝不久，就下令全国每座城市都必须设专人，每天五更时在城门的谯楼上吹起号角，高声唱诵：“为君难，为臣又难，难也难；创业难，守成更难，难也难；保家难，保身又难，难也难！”
1386年（洪武十九年）朱元璋还在南京举办过背诵《御制大诰》的全国性专题比赛活动，只要谁能把语录背得好，谁就能够得到皇帝的赏赐和提拔。参加那次声势浩大的背诵朱皇帝语录比赛的选手，竟然有19万名之多！
朱元璋280余年前制定的用以管理臣民的《御制大诰》与张献忠交给两位洋教士翻译的《大西宝典》如出一辙。在关于如何更加严密的管理和统治老百姓的问题上，看上去武大三粗的张献忠，倒是走在了他的乡党李自成前面。
由王自贤任总编纂的《大西宝典》随后颁行全“国”，在大西政权控制的所有州县，无论官民都掀起了学习《大西宝典》的狂热**。城市乡村街道两边的墙上，用各种字体和各色颜料，写上了从“宝典”上摘下的大西皇帝语录。有的语录还镌刻上碑石立在通衢渡口，或众人聚集的地方。只要还有口气儿的男女老幼都必须严格按照张献忠的谆谆教导，每日三省吾身。说话做事，一旦违背语录所指示的精神，便会遭到严厉惩罚。
陈皇后的肚子大了，这对已人到中年的张献忠来说不啻是一桩天大的喜事！
张献忠年富力强，身强体壮，精血充足，做大西国皇帝不到一年，汪兆龄从全国各地给他精心挑选了300名妃嫔秀女。御榻之上的张献忠如同猛虎，夜夜辛勤耕耘，可天不佑他，未能给他结下一枚能够传宗接代的果子。
陈皇后当然清楚肚里的胎儿对她以及她的家族意味着什么。为了确保胎儿无恙，她请自己的亲哥哥陈士楷代自己到峨眉山几大著名佛寺逐一去为她磕头烧香，求神佛保佑。
这事让王自贤知道了，立即去找张献忠，要与陈国舅一起前去峨眉山朝佛。张献忠知道王自贤自玉郡主离世后便已潜心信佛，尤喜研读佛经；对游览名山大川更是趋之若鹜，不好拒绝于他。只望他朝佛完后早些归来。
王自贤到了早已向往的峨眉山，清心寡欲。时而万年寺、时而金顶、时而报国寺。所住寺院手不释卷，潜心读经或与名僧长谈，将所有人间俗事抛之脑后，甚而产生了出世的念头。只因他虑及张献忠对自己情致殷殷实难割舍，这才作罢。
陈国舅则替妹子到各家寺院烧香磕头，求菩萨保佑给大西皇帝产下一个能传宗接代的龙子。苦于山中清寒，十余日后，他便和王自贤分手径直回老家井研衣锦还乡，光宗耀祖去了。
三个月后，陈士楷再度前来邀王自贤下山，一同返回成都。
二人下山后，先过峨眉，继至夹江。王自贤发现沿途市镇乡村都已呈现出憔悴凋敝之像，远不及上山时繁荣热闹。
夹江知县王宏道认王自贤为同宗，迎送甚谨。王自贤问及民间疾苦并表示：“如有可陈之事但说无妨，兄当向大西皇帝代奏。”
没想这一腔话，却引出王县令满肚皮苦水，他说：“目前便有一件弊政。近奉诏勒派士子入京乡试，不赴者与邻里同诛，家产抄没，妻女充院，子弟为奴。这是何等苛刑？目前本县的缙绅之家都已穷困不堪，世乱年荒，米珠薪桂。入京乡试一次需银至少十两，告贷不易而道途险恶，行路尤难。不去，则刑酷如此。本县应赴试者五十余人皆来泣诉请免，皇命在上，末职如何敢免？只有代为劝募旅费，不足，连末职的俸银都贴了出去。然后百般劝慰，恳求生员们上路。自来科举的目的，便是为朝廷甄选人才，与去年因新朝人才不敷任用，强征乡绅情形不同，岂有牛不喝水强按头的道理？”
王自贤说：“如你所言情况属实，自然是大失人心的弊端，我一定代为转奏。”
王宏道又说：“末职手里，还有一件难办的苦差事，也请新都王代奏乞免。”
“无妨，你都一并说来。”
“前明洪熙年间，蜀王朝拜峨眉山，路过夹江县城，知县以新鲜荔枝进献。蜀王觉得味美可口，遂定为例贡沿袭至今。其实夹江根本不产荔枝，知县献给蜀王的荔枝是朋友从有名的荔枝出产地合江带来送他的，恰巧遇上蜀王到此，便拿来待客。被蜀王亲口定为例贡后有苦难言，只得每年派人去合江采购荔枝，然后以夹江名义送往成都。”
世间竟有这等稀奇事，听得王自贤和陈国舅哭笑不得。
王宏道继续说：“每年秋初荔枝熟了，乘露水连枝摘下，派脚快差役昼夜兼程，三天之内务必赶到成都，迟则腐烂变质。而眼下处处兵荒马乱，道途受阻，送荔枝到成都甚为艰难危险。如今蜀王虽是没有了，例贡却照常。只不过送进了西王宫，此差原本就该合江办理，若还不能免，也请改归合江供差。”
王自贤颔首，答应代奏。
李自成再也没有机会像张献忠那样考虑制订他的治国役民语录了。此时的李自成已经走到历史舞台的边缘地带，跌落到了人生的最后关头。
自3月19日大顺军入城，到4月30日李自成仓皇撤离北京，其间不过40余天，由其出演主角的这场历史悲剧却越演越烈。
5月2日上午，故明遗官早已出迎朝阳门外五里，等待吴三桂护送明太子朱慈烺回归京师。这是因为在此之前京城已经传得沸沸扬扬，说吴三桂在山海关一片石大胜李自成，夺回了被李自成胁迫随军出征山海关的崇祯太子朱慈烺。兴高采烈的北京士民争先恐后出城大排皇帝法驾，准备迎接太子入城为君，重复大明江山。
直到中午临近，才看见远处尘土飞扬，一彪人马由远及近。刚刚经历了一场切肤之痛，从地狱中活过来的官员们顿时跪候路左，眼泪汪汪地准备向明太子伏地磕头，高呼“万岁”，谁知迎来的既不是吴三桂、更不是明太子，而是后脑勺上吊着一根长长“猪尾巴”的清军统帅多尔衮。
众官大惊之余，立即转换过脸色，调整毕心态，照样恭恭敬敬一丝不苟地叩头，恭请多尔衮下马，改乘原本是为大明太子准备的御辇进入北京城。一路奏着欢快的喜乐，由长安门进了紫禁城。
多尔衮也不太和这帮大明遗官讲什么客气了，直接进入遍地瓦砾的紫禁城，来到尚未被大火焚毁的武英殿升座。故明官员、宦官及宫人叩拜者，有资格来的全来了，没资格的也都想着法子挤进来给大中国新的统治者磕头问安，人数之多竟达七八千名。
明清易代，势不可挡。清军轻而易举地夺取了农民军的胜利果实，究其变故的原因，首先应归于吴三桂林之引狼入室。
吴三桂为什么要冒着汉奸的罪名，请求清军入关呢？
李自成在西安便已称王，如能有明太祖朱元璋或是汉高祖刘邦那样的雄才大略，再加上一点好运气，当个堂堂正正的开国皇帝，再让儿孙们保住江山，那么以后几百年的中国历史，想必不会是现在这样的写法。
虽然刘汉王朝，朱明王朝都逃脱不了“兴勃亡忽”的历史轮替周期律，但毕竟也还是几百年的江山一统。
相比之下，李自成完全拥有了开元建国，一统天下的各种条件。清王朝官修《明史》称赞他“不好酒色，脱粟粗粝，与其下共甘苦”，个人的生活作风至少比史书上记载“日御数女”的张献忠强着一头，说明他的个人品质，也完全符合礼贤下士、收拾民心、励精图治和取威定霸的帝王要求。特别是他由一名边地驿卒投奔农民军，经过近20年生死搏斗成长为农民军统帅，指挥百万大军横扫中原，攻陷北京倾覆明室，其英雄气概和龙虎之威，与刘邦、朱元璋相比，有过之而无不及。
然而，李自成却被一个小小的叛将吴三桂和匆匆忙忙从辽东赶来抢劫的部落酋长多尔衮打得一败涂地。山海关大败，北京城保不住，连西安也不能守，最后演出了一曲历史的悲剧，他自己就出演了这出大悲剧中的头号主角，而且正如郭沫若在《甲申三百年祭》里所言：“个人的悲剧扩大而成为民族的悲剧”。
一个人竟然能够把偌大一个汉民族，全给带到沟里去了！李自成悲剧的原因何在？自清初以来说者纷纭，唯明清著名诗人、历任翰林院编修、东宫讲读官吴梅村（笔者注：前明成都县令、大西国户部尚书吴继善的亲弟弟）在长诗《圆圆曲》中所谓吴三桂“冲冠一怒为红颜”一说最为流行。诗人以诗述史，叙述吴三桂的爱妾、著名苏州妓女陈圆圆在北京被李自成的大将刘宗敏霸占，吴三桂大怒，降清引兵入关，攻陷北京夺回圆圆。此说不仅轰动清初文坛，而且引发后人作了几百年的考证索隐。《圆圆曲》对陈圆圆与吴三桂两人从相遇到定情、离别又重逢的传奇经历，进行了艺术性的描绘，将“红颜流落”的历程与吴三桂林投降清朝，背明而亡国，以及明清鼎革的历史事件紧密结合，娓娓道来，曲折深远。
但是，倘若将大顺政权在北京的骤兴骤灭和满清政权入主中原的责任都记在吴三桂身上，也未免过分抬举了这位“视君父曾不若一爱妾，北面敌国以取藩封”的边镇枭雄。实际上，李自成进入北京以后，所采取的种种举措，充分体现了大顺政权的胸无大志和诸多失误。而这，才是问题的关键所在。
早在西安发布的《登极诏书》中，李自成便对崇祯皇帝的失败表示了很大的同情，说大明王朝“君非甚暗，孤立而炀蔽恒多；臣尽行私，比党而公忠绝少。”与崇祯皇帝自己所谓“君非亡国之君，而臣皆亡国之臣”的说法不谋而合。
当大顺军在李自成的率领下攻进北京城之时，崇祯皇帝又留下《血书遗诏》怒气冲天云：“可将文臣尽行杀死。”
文臣个个自幼诵读圣贤之书。他们本着《大学》中“三纲领，八条目”的人格修养要求，走着修身治国的道路，以此自命为救世之主；所谓“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”的理想使他们脱离实际，从来得志者少、失意者多；所谓“存天理，灭人欲”，发挥良知、良德和自我慎独的追求，使他们放弃为稻粱谋而成为空谈心性的无用之才投入官场，混迹于儒家末流之中，一反儒学自我反省与追求完善的道德要求，或极尽虚伪和掩饰，或披着儒学道统的外衣，参与阴谋污浊的政界恶斗；人性扭曲政治败坏，营私攀缘利益苟合，最后与专制君王们一道编织出一个又一个充满悲剧色彩的网结。
这种恶劣的现实使农民军领袖们很容易厌弃那帮丑恶多端的旧官吏。当李自成攻入北京进入紫禁城之初，明朝前来朝贺的京官便高达数千名，而那些等着新朝明主眷顾的地主官吏更是不计其数。当然，新政权的运转离不开他们，社会秩序的维护也少不了他们，所以对他们的招抚利用，直接关系到新生政权的生死存亡。
可是，李自成又是怎样对待这批明朝官员的呢？
据相关资料记载，仅1639年（崇祯十一年）3月23日，于午门外听用的明朝旧官便达四千余人。但是，被大顺政权录用的仅有161人。其中明原翰林院、詹事府官员49人、科道官员27人、六部官员65人、其他衙门官员20人，多达近四千官员的饭碗被打破。一些未被录用的明朝官吏向宋献策要工作做，宋破口大骂：“不杀你们这些家伙已经算是便宜的了，还能养着你们？”前宰辅、大学士魏藻德等直接求见李自成，李竟疾言厉色地责问他们，为何不去为崇祯皇帝殉节？一些文人为求得新朝录用不顾脸面，纷纷作《陈情书》《自荐书》，声称，“得一仁人收拾天下人心，胜精兵十万可知也”。表示愿效“殷人从周，为大顺效犬马之劳”。
现实是，新生的大顺政权急需人才，那些期待明主眷顾的文人，为了使自己在实施变节行为时多少心安理得一些，也竭力为自己投顺新朝制造出种种理论依据。可是李自成却被左右一片“文臣个个可杀”的言论蒙蔽了双眼，将他们一概排斥在外，这应当是大顺政权在北京犯下的最大的致命错误。这一点，他倒是与在《血书遗诏》里留下“可将文臣尽行杀死”旨意的崇祯皇帝不谋而合。
不过，令后人无不称奇的是，三个月后打下成都，坐上大西国皇帝宝座的张献忠，提出的却是“要文官不要武将”的政治主张。他甚至明确指示文武大臣，凡是有真才实学的读书人只要不跳出来和大西政权作对，一律由政府花钱养着。
当然，让李自成最终与天下文人为敌的，还有他对明朝官吏大肆进行的“追赃助饷”这一血腥活动。由刘宗敏主持的“追赃助饷”所搜刮的银两高达7000万两之巨，比明朝政府在富庶的万历初年旧饷额银496万两，超出14倍以上；比明政府承平之时太仓年收入400万两白银，多出17倍以上。崇祯皇帝弄得天怒人怨的“加征三饷”，总数才不过2000万两，结果导致人亡政息；李自成仅在北京一城之内，就追出白银7000万两，其追夺程度之酷烈，其豪敛后果之严重就可想而知了。
面对这种严重的局面，刘宗敏竟声称：“军者所恃以攻取，少失意，则不为我用；若民，则我已制其肘腋，设有动疑，闭门分剿，为烦金鼓，一时可尽。且军兴日费金，若不强取，安能办给？”正是在这样的错误逻辑和理论导向之下，大顺军士兵也借“追赃助饷”的机会掳掠民财，“其囊中多者五六百金，少者亦二三百金”。
与李自成截然相反，多尔衮则成功地把清军打造成了一支“师出有名，秋毫无犯”的仁义之师。刚进北京，他便向前明官员、耆老、军民发出为崇祯皇帝服丧的告谕，宣称：
流寇李自成，原系故明百姓，纠集丑类，逼陷京师，弑主暴尸，括取诸王、公主、驸马、官民财货，酷刑肆虐，诚天人共愤，法不容诛者。我虽敌国，深用悯伤，今令官民人等，为崇祯帝服丧三日，以展舆情。即着礼部，备礼具葬。
告谕一下，前明遗民一片欢腾，出现了“谕下，官民大悦，皆颂我朝仁义，声施万代云。”深感清军此举“振古铄金”，凡为大明臣子，无不长跪北向，顶礼加额。”
在重大民族悲剧中被糅入了一抹喜剧色彩的是，5月6日，南京福王政权与北京大清政权，这两个如同水火的敌对国家，竟然同时为崇祯皇帝朱由检举行国葬。多尔衮为明思宗在帝王庙中设立牌位，让明朝遗臣哭灵三天，并赠谥号为“端”，庙号为“怀宗”，即怀宗端皇帝；同时定追随明思宗殉节的周皇后为烈皇后，也安奉神主于帝王庙；将思宗皇帝和周皇后、田贵妃共葬于一处陵园，明思宗居中，周皇后居左，田贵妃居右，名为思陵。
8月28日，多尔衮又于明十三陵设司香官及陵户，以保护明陵，并给以香火地亩，“禁止樵牧”。
多尔衮又让大学士冯铨作《祭故明太祖及诸帝文》，祭文曰：
兹有流寇李自成颠覆明室，明祚已终。予驱逐逆寇，定鼎燕都。唯明乘一代之运，以有天下，历数转移如四时递禅，非独有明为然，乃天地之定数也。至于宗庙之主，迁置别所，自古以来厥有成例，第念曾为一代天下主，罔宜轻亵。兹以移置之故，遣官祀告，迁于别所。（《清世祖实录》卷十一）
这意思是说，以前李自成亡了你大明王朝，大清为了给尔等报仇雪恨才定鼎燕京，如此兴亡交替如同四时更换一样，不是你大明独有的，自古以来这样的例子很多。这段话明显否定了大明的存在，而一直竭力鼓吹的所谓“匡护明室”，也就成了一句口惠而实不至的空话。
多尔衮还有一个大得人心之举，那就是最大限度地招抚故明遗臣，委以官职，既施抚慰又补充官员紧缺之需。
入关之前，大学士范文程即上书多尔衮，建议清军“申严纪律，安抚百姓。每得一地官仍其职，民复其业录其贤能，恤其密迩绥辑逖听者”。
清军入关后，即听取了范文程的主张，每占一地，必授任官职，且多有提升。如吴三桂降清后，即晋爵平西王，并赐玉带、蟒袍、貂裘、宝马等物。
且多次谕令故明降官举荐人才，甫进京城，多尔衮打出“为明复仇”的旗号，大张旗鼓地为崇祯帝发丧，并把前明大臣陈名夏、冯铨等人招致幕下效力，大肆笼络汉族士人，表示要把被农民军侵夺的土地“归还原主”。
清军入关不久，便成功笼络了大批故明遗臣，充任各级官吏为大清服务。这一举措既解决了官员缺乏的问题，又抚慰笼络了人心，可谓一举多得。而且，作为胜利者的多尔衮并未依靠武力对汉官汉人一味高压。他也知道妥协，懂得随机应变，这就实在难得。
不久，由于多尔衮宣布北京士民要在为崇祯帝戴孝三日后剃发引起极大反感，在京汉官纷纷上疏竭力反对。深知自己立足未稳，多尔衮于是暂时收敛怒气，一个多月后下令“姑依明式速制本品冠服”，让各级汉官尽快办公视事，为清朝新政权服务。
但是，多尔衮暂时的收敛，为日后“留发不留头”埋下了伏笔。剃发这种民族歧视之举，后来更掀起血雨腥风。
京畿民心既定，接下来便是迁都了。
六岁的顺治帝一行8月25日始由沈阳出发，9月19日抵京。顺治进入紫禁城后，休息十余天，于10月1日正式颁诏登极。
至此，北京这座古都又正式迎来了一个新的朝代，成为中国历史上最后一个封建王朝——大清帝国的都城。
1644年（大西大顺元年）5月8日，当张献忠带着60万大西军，跋涉于长江三峡中时，多罗武英郡王阿济格等清军骁将与吴三桂的关宁铁骑，已于河北望都（笔者注：时名庆都）大破李自成的大顺军。接着继续追至河北正定（笔者注：时名真定），再次大败大顺军。至六月中旬，自大同以西、黄河以北尽皆被清军拿下。燕京以南，顺德以北俱已来归。燕京迤北，居庸关内外各城皆降。至此，京畿地区全为清军控制。
大顺的灭亡只是早晚的事情。用“兴也勃焉，亡也忽焉”来形容李自成，再恰当不过。
随着军事上连遭败绩，大顺政权处境日益恶化，特别是在这一关键时期，大顺军领导集团内部又出现了裂痕。大顺政权败回关中同时，河南等地的情况也在变化，睢归参将丁启光、归德知府桑开第合力谋反，诱捕大顺商丘、鹿邑、考城、柘城、夏邑诸县县令，押往南京弘光朝廷报功，并盛言河南全境皆反。在这紧要关头，制将军李岩主动请战，愿带兵两万前往河南扫平叛乱。但他的请求不但没有得到李自成的赞同，反而招致李自成疑心，怀疑他想趁机携兵叛逃回籍，与自己分道扬镳另立门户。牛金星素与李岩不合，乘机大进谗言，怂恿李自成杀了李岩，使大顺将士多怀不平，宋献策、刘宗敏等大骂牛金星。从此文武不合，将相解体，不仅大大影响了内部团结，也严重削弱了大顺军的战斗力。
同年12月15日到次年的1月4日，决定李自成政权命运的一场重大战役在潼关打响。
潼关位于关中平原东部，雄踞秦、晋、豫三省要冲之地，地势非常险要，南有秦岭，东南有禁谷，谷南又有12连城；北有渭、洛二川会黄河抱关而下，西近华岳。周围山连山，峰连峰，谷深崖绝，山高路狭，成“关门扼九州岛，飞鸟不能逾”之势。
元人在《山坡羊 潼关怀古》中写道：
峰峦如聚， 波涛如怒， 山河表里潼关路， 望西都，意踌蹰。 伤心秦汉经行处， 宫阙万间都做了土。 兴，百姓苦， 亡，百姓苦。
张先生说的是华山的山峰好像从四面八方聚集而来，黄河的波涛汹涌澎湃好像在发怒，潼关外有黄河，内有华山，山河雄伟，地势险要。我遥望古都长安一带，内心浮想联翩。令人伤心的是经过秦汉宫殿的故地，当年那无数间宫殿早已经都变成了泥土。世世代代以来，无论哪朝哪代，王朝兴旺，百姓受苦；王朝灭亡，百姓终归还是一个苦字当头。
而眼刻下，马上要在潼关饱受其苦的，当是大顺皇帝李自成。
12月15日，新封和硕豫亲王、定国大将军多铎部前锋兵抵三秦门户潼关城下，在城外20里安营扎寨。
李自成在十月份得知清廷和硕英亲王阿济格，率大军进攻陕北的消息后，担心陕北不保，因此亲率大将刘宗敏、刘芳亮等精锐部队数万北上，增援驻守榆林、绥德地区的李过和高一功部，准备在陕北与阿济格大军决一雌雄。当兵至洛川时，忽闻报南下征讨南明的多铎大军，突然改道西进，并已攻占怀庆地区，转向潼关扑来，大骇不已，急令部队停止前进，就地待命。
进入十月，李自成又得知多铎部已过黄河，深感事态危急，大顺军已经处在清军的两面夹击之中。好在此时阿济格部为征集良马，逗留于蒙古大草原，北方暂无危险。于是李自成急率所部，日夜兼程，驰援潼关，差不多与多铎部同时到达。多尔衮接到多铎部进攻潼关的消息后，希望清军能尽快攻破潼关，进入陕西，与西路清军左右夹击，一举歼灭李自成部，以除后患，于是又派固山额真职山、马喇希等率所部由山西蒲州，火速增援潼关，并紧急调派威力巨大的新式武器红夷大炮以助攻城之用。
12月29日，潼关战役打响，刘宗敏请令出战，担任大顺军前敌总指挥，但不多时便大败而回。第二天，即是农历新年，这个新年，虽然双方不约而同，均息兵止战，却都是在剑拔弩张的紧张对峙中度过的。
正月初四日，多铎急不可耐下令出兵攻城，李自成撤了首战遭挫的刘宗敏，改任刘芳亮为前敌总指挥，与清军奋战半日后，刘芳亮同样被杀得大败而归。接下来的日子里李自成亲自出城迎战，也都是无功而返。打到9日，清军中红夷大炮运到，多铎闻报大喜，命速推至关前架炮猛轰。这洋玩意儿果然厉害无比，立时将潼关城墙打出无数个大洞。李自成只好指挥所部“凿重壕，立坚壁”，拼命阻击清兵攻城。
这时，北路清军阿济格已由山西保德州渡过黄河，进入陕北，飞兵南下。占领米脂后，将李自成家乡李继迁寨的居民不分男女老幼全部屠戮一空，紧接着便向西安飞快扑来。
11日，多铎指挥清军发起了总攻，以红夷大炮轰城，打开缺口，使马、步相继向潼关城池发起冲击，李自成急派500精骑从侧面横冲清兵阵地，以期乱其阵营后再出城掩杀，结果被贝勒尼勘、怀庆王耿仲明、贝子尚善等击败。李自成又派兵袭击清军后路，企图对清军前后夹击，结果又被蒙古固山额真恩格图率军击退。李自成在两路大清铁骑夹攻的形势下，看到潼关陷落已成定局，留下巫山伯马世耀死守潼关，自己则带着主力向西安退去。
12日，以马世耀为首7000名守城官兵献城投降，清军占领潼关。
当晚，马世耀即派使者送密信给李自成，表示愿为内应，杀死多铎，收复潼关，却被伏路清兵截获。次日，多铎假称打猎，在潼关城西南十里的金盆坡口埋伏军队，旋又声言举行宴会，把马世耀所部军队的马匹器械全部解除。然后一声号令，伏兵四起，7000名大顺军将士被就地斩尽杀绝，无一人逃脱。
此时的李自成面临着极为严峻的形势，他深知在多铎、阿济格两路重兵压境的情况下，陕西无论如何也是保不住的，如果向西撤退，势必被清军切断同河南、湖北大顺军的联系，且僻处荒凉的西北一隅，没有多大前途；南面呢？是张献忠控制下的四川。由于1644年秋冬间，大顺军同大西军在绵阳、广元一带拼杀得你死我活，李自成入据四川的想法也不太现实。因此向河南、湖广转移，去夺取弘光朝廷控制下的南方，凭借江南地区雄厚的人力物力继续进行斗争，便成了李自成唯一的出路。
放弃西安时李自成令权将军、泽侯田见秀殿后，让他“坚壁清野”，把带不走的粮食等库存物资和官府衙门、官员府宅全部烧毁。田见秀却以“秦人饥，留此米活百姓”为由，对李自成的指示阳奉阴违，只把东门城楼和南城月楼点燃，便赶来报告李自成，说已经遵命办理。李自成远望西安城烟雾腾腾，烈焰冲天，信以为实，紧跟着入城的清军因此在西安得到了大量补给，士饱马腾，很快就追杀上来。大顺军在转移过程中得不到休整时间，连遭追歼，被杀得落花流水，尸横遍野，与田见秀的“忠厚善良”、“宋襄公之仁”，有着紧密关系。
而在李自成仓惶退出北京返回西安的途中，由于大顺军连遭败绩，使他变得来偏狭多疑。他手下的头号大将刘宗敏、军师宋献策因自成杀了李岩兄弟，心中不服，虽未与自成分道扬镳，却明显对李失去了过往的尊重，对自成命令时常阳奉阴违甚至不予理睬。如此一来便时常造成军令不一，指挥不灵。大顺军在湖北钟祥、安陆、武昌、富池口、桑家口、江西九江等地与清军接战八次，八战皆北，与他们不遵李自成号令，自行其是形同散沙不无关系。
李自成虽然亲率主力13万，由商州退入襄阳，又把原先部署在襄阳、钟祥、安陆、荆州四府驻防的七万兵马调集到襄阳，直接由他指挥——此举实际上也反映出他对主持军事工作的刘宗敏与军师宋献策的不信任——合计20万众，“声言水陆并进，直取南京。”
可是李自成却遇上了两个难以解决的重大问题：粮饷不足，与人心涣散。
襄阳虽是大城，却因久遭兵灾，人烟空疏，无粮可征。附近城池，几成废墟，只剩下郧阳尚有人户生气。无奈身处大山深处的高斗枢、徐启元，仍纠合军民，为崇祯皇帝死守着大明城池。他们与外界音讯断绝，全不知山外早已天翻地覆，改朝换代，坚信李自成还是流寇，崇祯皇帝还稳坐在北京紫禁城里，主掌大明国柄，所以守志异常坚决。李自成苦苦攻打了三个月，也横竖拿它不下，全军士气，跌落到了谷底。
而此时横堵在大顺军前面的有武昌左良玉，长沙何腾蛟皆拥重兵数十万，用大明弘光年号，人心坚固不敢前去进犯。河南一面已被清军占领，数万铁骑正杀气腾腾向他扑来。万般无奈之下，李自成又使出了当年被困车厢峡的老招术，分派信使，向左良玉、何腾蛟、高斗枢、以及遵义的王应熊输诚，表示自己愿意联合南明大军为朝廷讨贼。此时李自成口中的“贼”，明白指明是清军。但在明朝一班方面大员看来，李自成破了北京，逼死先帝，便是天下第一国贼，罪恶弥天，绝不能宽赦，所以无人愿意相信他。
不过，因为李自成此时手下兵马尚众，也担心逼他狗急跳墙，不顾一切与自己死磕，所以既不出兵打他，也不拒绝驳斥，而是虚与委蛇，静观其变。
在这样的情形下，为了队伍的生存，李自成又不得不将眼睛移向了千里之外的四川。虽然他撤出西安后，被迫向河南、湖广退去，却始终惦记着天府之国丰饶的粮食物产与巨大的财富。更何况，川东北的万壑千峰之中，还有摇黄各家头领唯他马首是瞻。而且此时进军四川，还能起到让南明统兵大员们相信自己此番主动输诚实是出于真心的作用。于是调兵遣将，命贺珍、马科、黎玉田，与自己的亲侄儿李锦，妻舅高一功等领军，统合督率摇黄十三家，兵发四路，大举入川，打出的旗号均是“为明讨贼”。
而此时李自成眼中的“贼”，则已经由清军，变成了盘踞成都的大西皇帝张献忠。因此川东北一带各股效忠南明王朝的义军，皆与大顺军取得联系，允其通过自己控制的地盘，彼此互不相犯。于是李锦督率摇黄首领行十万、杨太岁等股窜入川境，经达州、渠县、广安、岳池，直抵合川地界。所到之处，将张献忠委派官吏如秋风扫落叶般逐一斩尽杀绝，却不曾与马乾、曾英之军相犯。高一功则督率遵天王袁滔、混天星等自房竹蹿入巫山大宁河一带。马科督率震天王、闯食王等出大巴山，经通江、巴中，攻陷南充、阆中二府。贺珍与马旷屡败孙可旺军，攻占略阳、宁羌、进窥广元。一时川东北百姓，闻是“为明讨贼”之师，莫不箪食壶浆，助其执杀大西官吏。川北州县，除巴中与广元外，全被大顺军夺去。
这年三月，清兵追赶李自成，到了襄阳。郧城的高斗枢、徐启元这才知道外面早已经天旋地转，改朝换代了。几乎不用考虑，他们便一致认定李自成为自己的最大仇敌，遂派人向清军迄降。清军求之不得，便利用这些久经战火考验的明军官兵，去追杀李自成，自己则停驻在襄阳休整，准备等待明军消灭了李自成，他们再接着出兵消灭明军。
李自成丢了襄阳，顺长江向武昌溃退。时据武昌的左良玉受到闯军压迫，不愿为正在闹内哄的南明政权卖命，索性将武昌丢给李自成，打着“清君侧”，声讨南明丞相马士英的旗号，自己先向南京退去。
李自成未发一矢，便于三月下旬进驻武昌城内。江夏、荆门一带呢？又被清军兵不血刃占去。这时的武昌也不似去年光景了，大街小巷空无一人，粮秣器械全被左军搜掠而尽，江上船只也是寥若晨星。
李自成20万饥军嗷嗷待哺，只得弃了武昌，分为若干小股部队，如同土匪一般分头杀向咸宁、蒲圻、通城、大冶诸州县，大肆搜刮粮食裹腹，把偌大一座武昌城，拱手让给了不战而获的清军。
清兵进占武昌、汉阳后，只留下少数部队驻守，大队人马则全力追赶李自成，中途也难得停下休息。只因李自成的侦探不明，消息迟缓，才错误地判断清兵要一天之后才能追到富池口。
其实当大顺军在富池口宿营的时候，清兵水陆并进，主力已经到了富池口附近。躲在近处山头上的老百姓，对于李自成宿营的地方看得清清楚楚。他们认为李自成是倾覆了明朝，逼死了皇帝皇后的巨贼，又认为清兵是来替明朝皇帝报仇的，所以将李自成部队宿营的情况，争相向清军报告。而且将富池口一带的地理形势，以及李自成御营驻扎的地点，也全都告诉了清军。
这样，英亲王阿济格就派2000精锐骑兵直接奔袭李自成的御营，其余人马分别随后赶去，攻击大顺军的各处宿营地。
这支千精锐骑兵一直快到李自成御营附近时才被发觉。大顺将士从梦中惊醒仓促应战。幸而御营中的数百将士拼死保护皇上御帐，同清兵展开了惨烈的混战。
李自成本是和衣而卧，这时听见一片纷乱的呼叫声、脚步声、马蹄声和兵器碰击声传来，来不及询问情况，霍地从地铺上跃起，抓起宝剑冲出御帐，看见眼前正在进行混战。
一个亲将牵着战马在帐外等候，大声催促：“皇上快上马！”
李自成飞身上马，带着一帮亲随落荒逃去。
富池口一役，李自成被清军打得丢灰弃甲不算，连武将之首的汝侯刘宗敏、军师宋献策也落入清军手中，除皇后高氏逃掉外，李自成的一大群妃嫔，或投河自尽或被清兵俘去。他的两位亲叔父赵侯和襄南侯以及大批随军的将领家属，也落入阿济格之手。李自成携带的大批金银珠宝，也都成了阿济格的战利品。刘宗敏和李自成的两位叔父当时就被杀害，宋献策和名将左光先却选择了投降。
而就在这之前，左丞相牛金星认为大势已去，竟然不告而别开了小差。牛金星的儿子牛佺原任大顺政权的襄阳府尹，在大顺军节节败退的情况下，认贼作父投降了清朝，被阿济格任命为黄州知府，后来又升任湖广粮储道。牛金星从大顺军中逃出后，一直住在牛佺官衙里，享受着老太爷的清福，直至寿终正寝。
跟着李自成突出重围的只有一千多人。清兵继续穷追不舍。突围途中，人马不断死伤、逃散、被俘，最后只剩下五六百人。李自成率领他们向湖南蹿去。
这日到得通城，人饥马乏，李自成只得将队伍分成数队，各自四散抢粮。他自己则率亲兵百余骑，巡游山中各处险要，踏勘地理。
5月4日这天，夜里下过一场大雨，天亮后雨停了，李自成不顾山路泥泞，仍然带着队伍上了山。临近中午时分，队伍驰行已远，在一个村子里宿营，官兵解鞍造膳，占据民房休息。
此处地势偏僻，隐在大山深入，谷底农田广阔，房舍密集，想必定有粮食。
李自成见村民多系老弱妇孺，不见一个青壮，便问村民躲到哪里去了。
一老妇回话说：“此处蒙九宫山神灵保佑，历年未遭兵祸，百姓并未逃避。因今天是九宫山土谷神诞期，各家照例都要去做会一日，所以家中只剩下妇孺。”说时还指出东南方向，一座不很高险的山头，于林莽中露出寺庙的翘角飞檐，说那里便是。
自成见人马正在休息，于是自己只带了18名亲兵步行上山，也想去烧它一柱香，求求神灵保佑。
一行上得山去，见有数百人拥在庙里，忙着念经礼拜，烧香化纸。一旁厨下十几个人正在烹调斋饭，烧茶烫酒。见自成一群身挎腰刀的异乡人进庙烧香，也并未感到惊诧。
自成遂趁着神灵香会，跪伏神前默祷入湘成功，清军退去，帝业再成。
同来亲兵见山民并无恶意，早散到厨下寻取饮食去了，只留二人随侍在自成身边。少时，李自成又吩咐这二名亲兵去给他买籖票，只剩下他一人在神像前跪伏祷告。
就在这时，突然一个当地人称程九伯的中年农民，扛着锄头冲进庙门，惊惶大叫：“不好了，村子被贼兵占了……”猛地看见几名亲兵，顿时住口，以目示意众人，这帮人便是贼兵。
正在厨下吃食的亲兵们一见不好，立即拔刀砍杀。可区区十几个人，哪里敌得了数百名香客的进攻。众人抓起菜刀，火钩、火铲、锄头、扁担一拥上前，将亲兵们砸成了肉酱。正在买籖票的两名亲兵也未逃过劫难。
李自成一听吼喊情知不好，赶紧蹿出大殿，仗着一柄花马剑，竟然从人群中杀出一条血路冲出了庙门。陈九伯提着锄头，紧追自成不舍。在他俩身后不远处，还有一群手执刀矛、棍棒、扁担和杂色武器的香客大步追来。
而偏在这时，已经停了半天的雨，又下了起来。而且下得不小，雨点打在满山树叶庄稼上，“唏哩哗啦”直响。
李自成由山上往山脚下跑，半道上脚底一滑滚了下地，全身糊满稀泥，看上去极其狼狈。
那程九伯恰好赶到，抡起锄头便向自成头上挖来。自成情急中抡剑一挡，农民劲大力沉，竟将花马剑震飞。两人死死抓住锄头不放，在泥泞中翻滚撕打起来。
自成到底是习武之人，很快占了上风，将九伯压在身下，伸手抓起地上的宝剑便要取九伯性命。
此时追兵已到，九伯外甥手操一把铁铲冲在最前面，一铲下去，竟将自成半个脑袋铲飞，像豆腐脑一般的脑浆滚落在地。
“九伯呼救甚急，其甥金姓以铲杀自成，不知其为闯贼也”（笔名注：摘引自费密《荒书》）。
可怜自成一世英雄，竟然死在一青年农民的农具之下，而且一铲铲飞了他皇帝老倌半边脑袋，竟然还不短道他是谁，你说这末路英雄死得窝囊不窝囊？