杨度入党之后，遂交给周恩来一份战略情报，是关于蒋介石开完第二次编遣会议后的全国态势。大意谓：“阎锡山在蒋冯冲突中，既媚蒋压冯，又拉冯抗蒋。媚蒋压冯，是想借蒋之实力把西北军挤出豫、陕，他好称霸中国北方；拉冯抗蒋，是因为他知道蒋介石不能容纳异己，只有联冯，才能有力量抗蒋。”时下，蒋介石为了打垮冯玉祥的西北军，遂采用分而治之的办法，晋封阎锡山为陆海空副总司令；阎锡山为了答谢蒋介石，自然也是为了实现媚蒋压冯的战略，把前来修好的冯玉祥软禁在五台山。蒋介石在打败桂系、逼迫西北军退守潼关，且主帅冯玉祥被阎锡山软禁在五台山之后，遂把第二次编遣会议的矛头又指向了阎锡山以及所有敢于对抗中央的地方实力派。这时，阎锡山以投石问路之策，进一步侦察蒋介石对自己的态度，遂向蒋呈请辞去省主席之职。孰料蒋氏当即发布命令，准阎辞呈，并调商震为山西省主席，徐永昌为河北省主席。结果，蒋阎联手压冯的阶段业已结束，代之而起的是，在中国北方必将出现冯阎携手反蒋的局面。换言之，一场更为浩大的新军阀混战就要在中原大地打响了！
对于中国政局的发展态势，周恩来认为：“蒋桂、蒋冯战争后，表面上蒋系的南京政府得了胜利，资产阶级的政治影响加大了些，但实际上一切引起战争的矛盾并未解决，且日益加深地向前发展，因此反蒋的军阀混战又由酝酿至于爆发。”同时，周恩来还坚定地认为，“目前反蒋的军阀战争就是上次蒋桂冯混战的继续，这次混战爆发后，也当然要发展下去，除工农兵暴动的力量而外，绝没有第二种方法可以解决引起军阀混战的各种矛盾。这是我们应该坚决认定的。”
另外，周恩来还认为：“党在军阀混战中，应该采取失败主义的策略，发动广大群众，反对军阀混战。这一工作须与群众日常斗争相联系。这是走向以工农兵暴动的力量消灭军阀战争的正确道路。”说到全国各地的红军，如何正确对待军阀混战的局势，周恩来清醒地指出，“在军阀混战中，我们不可过分去估量，专空想一些大的斗争到来而忽略许多切实的群众日常斗争工作。尤其在红军中更要注意到敌人的‘会剿’。”
周恩来在处理彭湃、杨殷等四位烈士的前后，就是本着上述思想指导全党、全军的工作的。
在这期间，陈毅遵照李立三的要求，深居简出，赶写材料。待到九月一日，他已经写完了李立三代表中央要求的五个书面材料：《关于朱德、毛泽东军的历史及其状况的报告》、《关于朱、毛红军的党务概况报告》、《关于朱、毛争论问题的报告》、《关于赣南、闽西、粤东江农运及党的发展情况的报告》和《前委对中央提出的意见——对全国军事运动的意见及四军本身问题》。应当说及的是，“陈毅的口头报告和书面报告，总的精神和内容完全一致。他襟怀坦白，比较公正地、如实地反映了红四军各方面的详情，对红四军的战略战术、组织编制、政治工作、政策策略、斗争艺术都作了准确的叙述，因而中央在一九三○年初把《关于朱德、毛泽东军的历史及其状况的报告》发表在中央出版的《中央军事通讯》创刊号上，并指出：‘这是很值得我们宝贵的一个报告’，很多宝贵的经验‘都是在中国别开生面的’”。
据史记载，陈毅向中央交出上述五份报告之后，“从八月底起，李立三、周恩来便一次次地到陈毅的客房来聚会，他们都阅读了陈毅所写的报告，然后来和陈毅一块讨论。他们在陈毅房中一谈几个小时，陈孟熙就在外面摆弄围棋担任望风，有时与陈修和对弈，空气更为闲逸。他俩和李、周都认识，或是法国勤工同学，或是黄埔师生，所以相见十分自然”。
周恩来作为中央政治局分管军事的常委是非常了解和关注红四军的。诚如前文所述，他曾代表中央给红四军前委写信，多次主持中央会议讨论红四军的问题。据最近新发现的史料，在陈毅到达上海之前，“中共红四军七大决议和毛泽东、刘安恭的信件，通过中共福建省委的秘密交通送到中共中央。八月十三日，中共中央召开政治局会议进行讨论，认为这个决议案‘有些是正确的，有些是不正确的’；刘安恭的信将毛泽东、朱德分成两派，许多是不符合事实的，在故意造成派别。会议决定：由周恩来起草一封致红四军前委的信，要他们努力与敌人斗争，军委可暂不设立，军事指挥由军长、党代表管理，调刘安恭回中央”。
周恩来于百忙之中，花了近一个星期的时间终于写完了致红四军前委的信。“八月二十一日，中共中央发出由周恩来起草的给红四军前委的指示信，强调‘红军不仅是战斗的组织，而且更具有宣传和政治的作用’；指出红军‘必须采取比较集权制’，党的书记多负责任‘绝对不是家长制’，事事‘要拿到支部中去讨论去解决——这是极端民主化的主张’；并且批评红四军七大侧重于解决内部纠纷是不正确的，前委同志号召‘大家努力来争论’和‘刘安恭同志企图引起红军党内的派别斗争’是错误的。”由此，我们可以知道，这时的周恩来不仅清楚发生在红四军内部的这场争论的实质，而且从这封信中还可以知道，周恩来在这场争论中是赞同并支持毛泽东的意见的。
周恩来在处理完彭湃、杨殷等四位烈士的善后工作以后，他集中时间研读了陈毅写的五份报告。接着，他又与李立三一道来陈毅的下榻处认真听取陈毅的意见。据史记载，周恩来对红四军第七次代表大会和前委扩大会在处置红四军领导内部分歧问题时的缺点提出了四点批评：
第一，红军是生长于敌人肉搏中的，他的精神主要的应是对付敌人。前委没有引导群众对外斗争，自己不提办法，而将问题交下级讨论，客观上有放任内部斗争、关门闹纠纷的精神。第二，没有从政治上指出正确路线，使同志们得到一个领导来判别谁是谁非，只是在组织上来回答一些个人问题。第三，这次扩大会议、代表大会的办法，是削弱了前委的权力，客观上助长了极端民主化的发展。第四，对朱、毛问题没有顾及他们在政治上责任的重要，公开摆到群众中，没有指导地任意批评，而一般同志的批评大半又是一些唯心的推测，这样不但不能解决纠纷，而且只有使纠纷加重。并且指出：朱、毛两人仍留前委工作，毛泽东应仍任前委书记，并须使红四军全体同志了解并接受。
周恩来在看了陈毅写的五份报告，并与李立三和陈毅进行多次谈话之后，深感发展壮大红军是中国革命取得胜利的重要途径，在迅速解决红四军所存在问题的同时，很有必要把红四军的经验和教训推向全国，借以指导各地红军的发展。为此，他请陈毅把他们三人多次研究的问题先写个草稿，最后报请中央批准，以中央指示信的形式发给红四军前委。
对此，陈毅同志是没有思想准备的。就常理而言，他向中央如实报告完红四军的情况之后，接下来就是听取中央的批评和指示。像以中共中央的名义发给红四军的指示信，自然应是中央常委兼军委书记周恩来亲自动笔草拟。然而就在他到上海这不多的时日里，亲身感到周恩来实在是太忙了！且不说出卖彭湃、杨殷等五位同志的叛徒白鑫夫妇至今还逍遥法外，就说“托陈取消派”吧，也利用党的困难加快了分裂党的步伐；也就是在彭湃、杨殷等四位同志殉难的第三天，刘少奇等同志在东北被捕了，在急需他这位中央特委负责人组织营救的同时，还需要他这位组织部长及时恢复满洲省委……有感于此，陈毅不便推辞。
虽说陈毅是一位坦诚、乐观的共产党人，但他对接受代中央起草致红四军指示信的重任并非是没有一点顾虑的。首先，他是引发红四军这场争论的一方，自身应负不小的责任；其次，这封指示信是代表中央的，像他这样一位当事人能否做到置身事外，写出有水平的指示信，他内心深处不能不打个问号。可是转念再一想，他认真研读了周恩来于八月二十一日代表中央写给红四军前委的信，知道中央对红四军这场争论的基本态度；这些天来，他又认真听取了周恩来对红四军前委的四点批评意见，知道了中央在听取了他的报告后解决红四军问题的基本立场。在此前提之下，他认为自己只要一心为党，正确理解周恩来和李立三代表中央对红四军这场争论的指示精神，就能写出比较实事求是的文件来。所以，他乐观地对周恩来说道：
“我可以先打个草稿，好在最后的审定权还操在你这位军委书记的手里。”
“不对，最后审定权是中央的。”周恩来立即解释道。
“好，好！是中央的。”陈毅从这句话中感到了周恩来的党性原则和为人的品格，颇有感触地说道，“如果不这样批评我，那就不是我们的恩来了！”
周恩来当然清楚陈毅这句话的本意，但他不想就此作解释，遂有意把话题一转，问道：
“自从南昌起义失败分手之后，整整两年没有见面了，你的最大体会是什么呢？”
陈毅作为中国红军的主要创始人之一，这两年来不仅有着胜利的欢欣，也有着失败的痛苦，更为重要的是，还有着在探索中国革命道路中的沉思。如果周恩来的问话是在他刚刚到达上海的时候。他对毛泽东这两年多以来，在探索中国革命道路中所做出的特殊贡献，还不一定能升华为理论；但是，在他和周恩来等中央领导同志交谈之后，用他自己多年以后的话说：“到上海党中央两个月。等于上了两个月的训练班。”他对自己跟随毛泽东同志转战近两年的经历有了新的认识。他在讲了自己最为深刻的感受之后，又喟叹不已地说道：
“毛泽东曾经说过这样一句话：枪杆子里边出政权。对此，我们党内也曾有过不同的意见。但是，这两年来血与火的征战和厮杀，使我完全赞同了这句话。设问一下，中国老百姓为什么这样苦呢？是因为统治阶级的手里拿着枪杆子；彭湃、杨殷等同志为什么被敌人杀害呢？也是因为蒋介石手里的枪比我们多。如果这一切都翻过来，地主还敢欺侮农民吗？蒋介石还敢杀害我们的彭湃、杨殷等同志吗？”
周恩来从这番谈话中，深深感到陈毅已经没有了那种坐而论道式的书生议论，他变得能现实地面对中国革命问题了。另外，他了解陈毅的性格，只要他已打开感兴趣的话匣子，就非要把想说的话说完，故他没有插话，只是微微地点了点头，继续听陈毅发表意见。
“我跟着毛泽东和朱德当了两年红色山大王，同时也回想了中国几千年农民起义的往事，以及孙中山先生革命尚未成功的原因，我同意毛泽东的意见：中国革命的重心在农村。”
对此，周恩来虽然也有同感，可这种认识与党的六大路线相抵触。因此，他沉吟片时，解释道：
“可时下党的工作重心却在城市。”
“这是谁也否认不了的事实。”陈毅在讲了他个人的认识之后，又补充道，“为什么党内大多数同志都认同这一事实呢？我是赞成毛泽东的意见的：这是因为党的很多同志不了解中国的农村，所以为探索中国革命道路付出了沉重的代价。”
陈毅的这番话的确触动了周恩来。因为他自西渡归来，就一直想搬用巴黎公社的革命经验，想走苏联十月革命的道路，以解救苦难的中国，并进而实现社会主义与共产主义。此刻，通过陈毅之口，述说了毛泽东两年来追求的革命道路，对他无疑是个不小的震动。他一时尚说不出谁是谁非，只是有感而发地说道：
“就我个人而言，就有上海工人三次武装起义、南昌军事暴动失败的教训。总之，广州暴动，以及无数次大中城市起义的失败，我都应负有一定的责任！”
陈毅为周恩来勇于承担责任的磊落胸怀所感动。这时，他不想在城市暴动等方面说短论长，遂继续阐述自己的意见：
“毛泽东和我们多次说过这样的话：农民手中有粮，心中不慌；我们共产党人呢？只有手中有枪，心中才不慌！”
对此，周恩来是完全赞同的。所以，他加重语气说道：
“这话说得有道理。你在起草指示信的时候，要把这一内容写进去。”
接着，陈毅遵命起草中央指示信。值得大书一笔的是，陈毅高风亮节，完全站在党的立场上秉笔直书，坦承毛泽东比自己高明，也就等于批评了自己的错误。他草拟完毕之后，经周恩来审阅、修订，这便是史家所称的“九月来信”——九月二十八日的《中共中央给红军第四军前委的指示信》。由于该信极具历史价值，现摘录权威著作《周恩来传》有关评述如下：
这封信一开始分析了当时的政治形势，指出导致军阀混战的各种矛盾是无法克服的，因此军阀混战必将继续发展。红军存在于这种形势下和土地革命向前发展的过程中，加上中国地势辽阔的条件，必将能坚持和发展。并由此作出一个对中国革命运动有重大意义的论断：“先有农村红军，后有城市政权，这是中国革命的特征，这是中国经济基础的产物。如有人怀疑红军的存在，他就是不懂得中国革命的实际，就是一种取消观念。”对红军和根据地的这种认识，比起六大时，显然已前进了一大步。
指示信对红军的任务作了明确的规定：“目前红军的基本任务主要的有以下几项：一、发动群众斗争，实行土地革命，建立苏维埃政权；二、实行游击战争，武装农民，并扩大本身组织；三、扩大游击区域及政治影响于全国。红军不能实现上面三个任务，则与普通军队无异。”它指出：“红军一切行动务要避免单纯的军事行动，要与群众斗争取得密切联系。”“有了广大群众在红军的周围，红军的一切困难及本身发展便将较顺利地得到解决。”
指示信提出了在红军中“纠正一切不正确的倾向”的任务。它指出：红军的来源只有收纳广大的破产农民，他们中自然会有“极浓厚的非无产阶级意识表现”。“这些观念不肃清，于红军前途有极大危险。前委应坚决以斗争的态度来肃清之。”
指示信还强调了加强党对红军领导的问题。它写道：“党的一切权力集中于前委指导机关，这是正确的，绝不能动摇。不能机械地引用‘家长制’这个名词来削弱指导机关的权力，来作极端民主化的掩护。”……
就在陈毅起草这封信的过程中，周恩来真是忙极了！查《周恩来年谱》可知：九月十日，出席中共中央政治局会议。鉴于彭、杨事件的教训，“建议改变目前中央政治局的工作方式，每周开一次会，变更开会时间，专门讨论政治问题，开会时政治局委员不必全到，常委五人也要有一人保留在外。会议并讨论了陈独秀的问题，决定中央派人与共产国际远东局代表一起同他谈话，指出他一再违犯党的纪律的错误”。九月十四日，为纪念彭湃等烈士，撰写《彭杨颜邢四同志被敌人捕杀经过》一文。九月十九日，出席中共中央政治局常委会议，“讨论了湘、鄂、赣、豫四省的组织问题，决定要加强党对红军的领导。二十五日和二十六日，中共中央连续发出致湖南省委、江西省委和赣东北特委的指示信，宣布恢复湖北省委，改组江西省委常委。并决定在贺龙游击战争区域及其附近设立湘赣边特委；彭德怀红军归赣委指导；方志敏部队受赣东北特委指导；鄂东北与豫南的红军统一指挥机关，属鄂豫边特委指导”。也就是在这期间，他还亲自部署中央特委时时在侦寻叛徒白鑫夫妇的踪影。
经周恩来亲自审定、并经中央批准的“九月来信”于九月二十八日发出了。为了欢送陈毅返回红四军，周恩来特选择了一家法式咖啡店，算是对老战友陈毅的饯行。自然，参加人还有时任中央常委兼宣传部长的李立三。
这家法式咖啡店的包间不算宽大，但灯光柔和且还有点儿暗淡，再加上法国著名的印象派音乐大师德彪西的前奏曲《月光》低回不息，更有一番法国特有的情调。周恩来和陈毅、李立三都是赴法勤工俭学的留学生，对法国有着一种特殊的情感，只要一听到印象派大师们的音乐，或看到印象派大师们的绘画，他们就像条件反射似的想起了当年在法国学习的情景。但是，今天的周恩来可能是为陈毅送行的缘故吧，他却感慨地说：
“转眼就快十年了！那时，我们三人为寻求救国之路，先后到法国勤工俭学。就在这短短的十年当中，我国发生了天翻地覆的变化，历史也把我们三人变成了弄潮儿。如果再过十年，甚至是二十年……”
“我们绝不会再躲在法国人开的咖啡店中品咖啡！”李立三抢先下了结论。
陈毅本来有着诗人的幻想，如果这次聚会是在“三一八”惨案之前，或者是在东征讨蒋的武汉，他都会随着周恩来的话题浮想联翩。然而今天的他却没有了这种雅兴，他听后轻轻地叹了口气，说：
“也可能是存在决定意识吧！两年以来，我这个红色山大王想的全是如何壮大红军，扩大苏区根据地。”
“这也是中央给红四军前委指示信的主要内容。”周恩来在讲述了有关的情况之后，又加重语气地说道，“我是十分看重信中的这段话的：先有农村红军，后有城市政权，这是中国革命的特征，这是中国经济基础的产物。”
“请放心，我会如实向同志们传达的。”陈毅说道。
“我再重复一遍我曾说过的话：朱德和毛泽东同志仍留前委工作，毛泽东应仍任前委书记，红军全体同志必须了解并接受。”周恩来十分郑重地说道。
“我一定会按中央的指示办的，”陈毅也变得严肃起来，“回去之后，我陈毅带头负荆请罪，请毛泽东复出，由他来指挥红四军。”
“对此，我绝不怀疑。”周恩来又接着说，“请转告毛泽东同志，新的蒋冯之战就要打响，要利用这一有利的时机壮大红军力量，发展革命的根据地。”
“我会如实传达的。”陈毅侧首看了看李立三，“立三同志，你还有什么指示吗？”
“我同意恩来的意见，没有什么要说的了。”李立三边说边取出几本书，“我和润之既是同乡，又是有着十多年交往的战友，他给我来信要书看，我就给他买了几本古体诗词。”
陈毅对诗词歌赋有着特殊的爱好，在战斗频仍的空隙时间里，唯一抒发个人情感的手段就是填词或写诗。也或许当了两年山大王的缘故，打仗的次数比看的书都多，所以他一听说古体诗词，本能地伸手夺了过来，高兴地说道：
“先给我当精神食粮吧！哈哈……”
周恩来于十月一日送走陈毅之后，遂集中精力起草《中央关于反对党内机会主义与托洛茨基主义反对派的决议》。该“决议对托洛茨基反对派的理论作了系统的分析，指出党内以陈独秀为代表的机会主义与托洛茨基反对派对于中国革命的根本问题陷入取消主义的观点，完全背离了六大与中央关于目前革命的根本策略，同时违反党的组织原则，进行分裂党的小组织活动”。明确指出，这是“党所不能宽恕的破坏党的行为”。该决议警告陈独秀等必须立即服从中央的决议，停止一切反党的宣传与活动。号召“全党同志一致起来，拥护中央的决议，肃清党内取消主义的思想与一切反党的小组织”。
接着，陈赓接到了柯麟的报告：“白鑫打来电话，请柯麟到法租界白宫饭店看病。看病时在场的还有白鑫的老婆、保镖，以及他的保护人范争波。看完病，打过针，白鑫和范争波留住柯麟闲话。他们说要柯麟搞医院，白鑫还将五百块银元放在柯的药箱里面。”陈赓判断：“白鑫还会找柯麟看病，要他继续探明叛徒的动向。”
不出陈赓所料，两个星期以后，白鑫从范争波的公馆里打来电话：请柯麟去看病。柯麟借看病之机，把范争波家的地形地物摸得一清二楚，并向陈赓作了汇报：“范争波的公馆在和合坊第四弄四十三号，范争波、范争洛弟兄住在二楼，白鑫住在三楼。”为此，陈赓请柯麟在白鑫所住的弄堂的最后一家租了间房子，陈赓在靠近白鑫住处的二十七号三楼租下一间房子，这样一来，他们把白鑫严密地监视起来。
接着，陈赓由杨登瀛处获悉：白鑫恳求主子批准，将于十一月十一日乘船逃往意大利。中央特委在周恩来的亲自主持下，制定了一个周密的行动计划，交由特科执行。对此，《陈赓大将》一书这样记述道：
陈赓不仅知道了白鑫动身的时间，乘坐的轮船，而且知道范争波还要派车送白鑫去码头等细节。白鑫动身以前，敌人戒备森严，除在范争波家里加紧警卫外，在和合坊两个出入口处，还有武装巡捕巡逻。临行这天，白鑫家里的人出出进进，非常紧张，又见用人买回很多水果，证明情报基本上是准确的。但是，陈赓还有点儿不放心。临动手前，他又特地打发杨登瀛前去四十三号探明：白鑫此刻是否还在范争波家里？正巧这时陈立夫的亲信张道藩要去范争波家同白鑫接头，约杨登瀛一起去。杨登瀛就随同前往，在范争波家里见到了白鑫，并且弄清了白鑫当天晚上确要离开上海。陈赓获悉这些情况之后，决定按预定计划行动。
这天下午，由顾顺章统一指挥，陈赓和红队的邵达夫等，在四十三号周围的弄堂里面埋伏下来。至夜十点多钟，只见范争波的汽车开进弄堂，他的保镖韩云秀又到霞飞路苏州汽车公司，雇来一辆号码是六七三○号的汽车。两辆汽车都停放在蒲石路和合坊后门口，不久就由保镖和用人搬运行李上车。十一时许，白鑫穿着一条藏青色西服裤子，上面罩着一件灰哔叽的衬绒袍子，脚上的黑皮鞋擦得油光锃亮，由范争波弟兄及来送行的王容川陪同，后随保镖等共七人，从四十三号后门出来，走向停放汽车的地方。他们刚刚走到东五弄口，红队队员们突然由对弄黑暗中冲出来。只听大喝一声“不许动”红队队员就对准白鑫开枪射击。因为白鑫一伙人多，第一枪没有打中，这个叛徒拔腿就跑，企图逃命。保镖韩云秀拔枪还击，枪弹尚未射出，已被红队打中……其余的人争相逃命，在乱枪中，范争波连中三枪……重伤在地；范的弟弟范争洛身中六弹……当场毙命；王容川左足中弹，倒在地上装死。……白鑫这时拼命向北狂奔，同时拔出手枪顽抗。红队跟踪紧迫，终于把这个罪大恶极的叛徒打死在七十一号门根下……
处决叛徒白鑫的枪声，不仅震动了东方冒险家的乐园上海，而且也使租界工部局大伤脑筋。就连在前线指挥部队攻打冯玉祥所部宋哲元为统帅的西北军的蒋介石听后也大吃一惊！为此，他电告陈立夫和熊式辉，要求上海租界当局限期破案。诚如史家所记，“租界当局绞尽了脑汁也未能侦破此案。国民党政府对租界深为不满，由此引起过一阵狗咬狗的争吵。”也是在白鑫被击毙后的一个星期十一月十八日，国民党当局曾在上海各家报纸发表声明，指责“租界当局竟一无所闻，事后租界当局又不缉捕凶手，岂非怪事”云云。
就在上海各界人士为处决叛徒拍手称快的时候，周恩来在对革命形势的估量和要否组织暴动的策略问题上，同李立三发生了分歧和争论。李立三错误地估量了以蒋介石为代表的新军阀混战的形势，进而从理论上又“否认革命发展的不平衡性，认为革命**与直接革命形势是一个东西，而直接革命形势就是举行总同盟罢工和武装暴动，主张目前就应采取行动，布置各地的武装暴动”。诚如前文所述，周恩来历经革命的失败，逐渐地变得清醒起来，其中对中国革命走什么道路的问题，也初步开始思索能否照搬巴黎公社和十月革命的经验。为此，他不赞成李立三的观点。他认为“新的革命**与直接革命形势是不同的，现在正走向新的**，但还不是直接革命形势。强调反对主要危险右倾的同时，必须反对‘左’倾盲动。不同意布置一些地方轻率举行不顾主客观条件的武装暴动”。事后追论，由于周恩来的反对，使得李立三的“左”倾盲动错误推迟了半年。恰在这时，陈赓前来报告：
任弼时同志于十一月十七日被捕了！……