蒋介石获悉共产国际将在莫斯科召开大会的情报是准确的。
但是，更为严重的是，中国共产党第六次代表大会也将在莫斯科召开，且所有来自全国出席党的六大的代表先后到达上海，离沪的时间定在了四月底与五月初，一律由上海乘船北上，经大连、哈尔滨出国。因此，蒋介石约见陈立夫，以及陈立夫回到上海所采取的一切措施，对即将离沪赴俄出席党的六大的代表，尤其是周恩来等党中央的主要负责人构成了极大的威胁。
说到中国共产党第六次代表大会的召开，前后经历了近一年的酝酿和准备。远在八七会议的时候，中央临时政治局已经作出规定，“为了总结大革命失败的经验和教训，弄清大革命失败后的政治形势和革命性质，确定党在新时期的政治路线和策略方针，迎击敌人的残酷进攻，领导革命胜利前进”，在六个月内准备召开党的六大。是年十一月，中央临时政治局在上海召开了扩大会议，又通过了《关于第六次全党代表大会之决议》，决定六大“于一九二八年三月初至三月半之间召集”，“大会会期和地点，由中央常委决定”。到了一九二八年初，“关于在什么时候和什么地方召开六大的问题，因环境关系，中央还未作出决定。至三月底，共产国际来电，让六大代表去莫斯科开会，这样，开会地点就最后确定下来了”。四月二日，中央常委开会，传达了这项指示。
但是，这时周恩来还远在香港，处理广州起义的善后问题。当他于四月中旬回到上海之后，方知共产国际“要求瞿秋白、罗亦农、任弼时、周恩来、黄平立即去莫斯科；并要求陈独秀、彭述之、张国焘、蔡和森参加六大”。接着，中央政治局作出决定：瞿秋白、周恩来出国负责筹备召开党的六大，留下李维汉、任弼时、邓小平等负责中央留守工作，领导国内的斗争。这样一来，周恩来必须全身心地投入到准备党的六大上来。也就是在这期间，罗亦农同志不幸被捕、遇难，营救陈乔年的计划失败，使他不得不分心去组织营救被捕同志和处决叛徒。另外，他回到上海以后，又看到了共产国际《关于中国问题的议决案》，又必须参加学习讨论，真是忙极了！由于这个《关于中国问题的议决案》事关中国革命的大局，有必要作一简介：
一九二八年二月二十五日，共产国际执行委员会召开第九次扩大会议，由于大会涉及中国革命问题，指令中共向忠发、李振瀛出席会议。在这次会议上，通过了苏联及中国共产党代表团和斯大林、布哈林等所提出的《关于中国问题的议决案》。实事求是地说，无论是从当时看还是事后追论，这一《议决案》正确分析了中国革命的形势，阐明了中国革命的性质，指出了当时中国共产党的工作中心和党本身的任务，它的内容基本上是正确的，对纠正“左”倾盲动主义起了重要作用。该议决案明确指出：目前中国革命正处在资产阶级民主革命时期，认为现阶段中国革命已转变为社会主义革命的看法是不正确的。当年，共产国际驻中国代表罗明纳兹关于中国革命是“不间断的革命”的说法是错误的。同时，还指出中国革命运动的第一个浪潮已经过去，目前全国还未出现革命运动新**。对广州起义给予高度的评价，并对国际代表诺伊曼在广州起义时的具体指导提出了批评。
对此，周恩来是赞成的。据史记载，四月二十八日，周恩来在中共中央政治局讨论《议决案》的会议上作了发言。对此，《周恩来传》一书作了这样的评述：
国际议决案中的确有几点是值得注意的。关于中国革命性质问题：国际是重在防止过早的倾向。中共中央过去的确存在着现在中国是否已是无产阶级革命的看法。对无间断革命的解释，是认为转变会很快实现。关于土地革命问题，周恩来说：“因为农民占了一个重要的因素，所以与俄国的不同。现在的问题是乡村的领导问题，由此发生一个不平衡的发展问题。”他批评那种只重视城市工作而忽视领导农村土地革命走向深入的观点说：“过去城市的工作的确不好，但在中国形式下很适宜的配合是很困难的。要这样，必须引到乡村（对城市）的等待，这是不好的。”他认为，现在需要加紧农村工作和城市工作的配合，但各地自发的斗争还是要领导，这种工作是没有法子停止的。不过，对当前中国革命的形势应该如何正确估计的问题，周恩来那时还没有完全解决。他有一个顾虑，总担心说革命潮流低落会使党内滋长一种灰心、沮丧的情绪，对革命的推进产生消极影响。他在会上这样说：“中央的意见是革命潮仍是高涨的，但不是一个最**。我以为现在还是这样解释。”
会后——四月三十日，中央发了一个通告，即《中央通告第四十四号——关于共产国际执委会二月会议中国问题议决案的问题》。在该通告中明确表示：“中国共产党中央政治局，讨论共产国际执委二月会议的中国问题议决案之后，接受这一议决案之一般方针，并且认为在最短期间，于本党第六次代表大会之前，必须切实执行这议决案必要的具体步骤。”事后追论，这个通告基本上是正确的，对结束瞿秋白盲动主义错误是起了决定性的作用。周恩来作为与会者，也起到了应起的作用。
同时，这个通告是有缺点的。事后李维汉同志评论说：“最大的缺点，就是对十一月扩大会议决议及其实践中的盲动主义没有自我批评。有的同志说，这个通告是‘羞羞答答的接受’共产国际的二月会议，事实确是这样。”“至于推行盲动主义和惩办主义的主要责任，都在以罗明纳兹为首的共产国际代表。但共产国际执委第九次扩大会议关于中国问题的议决案，只是在中国革命性质问题上，指出了国际代表关于中国革命是所谓‘不断革命’的错误主张。而中共中央关于接受共产国际二月决议的通告，则一概未提及国际代表的事，这可能是出于对共产国际的尊重。”笔者推想，周恩来也是完全同意这一原则的。
周恩来与瞿秋白等就要离沪赴俄筹备、出席党的六大了，行前需要向留守中央的李维汉、任弼时、邓小平等同志移交工作，并共同研究了在六大开会期间国内工作的部署。有关整顿和发展党的组织，加强党的秘密工作，是由周恩来分工负责的，自应由他移交和部署。对此，李维汉同志事后作了如下评述：
在严重白色恐怖下，党的组织在几个月内遭到了几次重大的破坏。尤其是两湖省、市、县委干部的损失非常大。中央政治局常委、组织局主任罗亦农被叛徒何家兴、贺稚华夫妇出卖，于一九二八年四月在上海被捕牺牲。这对我们震动很大。当时秋白、恩来还在上海。我们考虑，党组织遭到破坏的原因固然是由于反动统治阶级的猛烈进攻，但我们党的不适应于秘密工作的环境，以及叛徒的告密，乃是党组织遭到破坏的关键。同时，我们又考虑到有些党组织在白色恐怖下往往失去了领导斗争的力量，甚至不能与广大的群众联系，因此对白色恐怖下党的组织问题必须严重注意，必须坚决采用适当的组织形式保护党的组织和干部。巩固下层组织的基础——党的支部，以便使各地党的组织既不致遭到破坏，又能积极领导当时的斗争。
但是如何具体解决这些问题呢？据史记载，周恩来“根据当时的实际情况，提出了一个新的重要的要求——机关群众化和负责干部职业化”。正当他计划把党的秘密工作的要求付诸实施之际，他于五月一日获悉党的优秀女儿向警予同志在武汉牺牲了。他饱含着悲痛的泪水，阅看了向警予就义经过的报告，略谓：
五月一日，国民党反动派决定在这个全世界工人阶级的节日里，杀害武汉工人和中国妇女的领袖向警予。凌晨，向警予梳洗完毕，身“着绿油色旗袍，头扎羊角小辫，站在窗口，轻轻地对一个同伴说：‘五一，记得吧！’同伴点点头。于是，她默默地望着天空”。突然，牢门打开了。一个暴徒手中拿着纸条，大叫：“易夏氏！”向警予昂然迎上去，同时回过头来，向牢房难友望了一下，表示告别，随后走向刑场。向警予视死如归，沿途向广大群众进行演讲。她说：“我是中国共产党党员向警予，为解放工农劳动大众，革命奋斗，流血牺牲！无产阶级团结起来，打倒帝国主义！打倒蒋介石！中国独立解放万岁！苏维埃中国万岁！中国共产党万岁！”敌人对此极端恐惧，“宪兵们凶殴她，想使她不再说话，但她仍然滔滔地讲下去，因此他们在她嘴里塞着石头，又用皮带缚住她的双颊，街上许多人看了都哭泣起来”。
向警予被押赴余记里空坪刑场，英勇牺牲。
对于向警予的牺牲，周恩来是无比悲痛的。多年之后，在庆祝延安女子大学成立大会上，他还说道：向警予是我党的第一个女中央委员，第一任妇女部长，英勇牺牲了，我们不要忘记她。最后，他还“号召大家学习我国历史上花木兰、秦良玉、蔡文姬等女英雄，学习宋庆龄、何香凝、向警予”。
也就是在向警予就义的当天，党中央作出决定：在上海秘密召开大会，追悼党的优秀女儿向警予。同时，鉴于向警予等同志被捕牺牲，中央委托周恩来为中共中央起草《湖北工作方针决议案》。他在草拟这一重要文件的时候，把他对党的秘密工作的重要要求——机关群众化和负责干部职业化的原则具体化了。对此，权威著作《周恩来传》作了如下记述：
湖北省的党组织和工农群众力量，上年冬天以后在残酷的白色恐怖下已遭受严重摧残。这年三月，湖北省委和武昌市委机关又被完全破坏。周恩来针对这些情况写道：“失败的教训要求我们在消极方面马上要很勇敢的承认并改正过去一切错误，积极方面要很明确的找出今后工作的出路，不许我们丝毫掩饰，更不能稍事犹豫。”“无论如何艰难困苦，在最近的将来，我们都要在武汉三镇把新的基础建立起来。”怎样“把新的基础建立起来”呢？他要求湖北的党组织严格按照秘密工作的需要，坚决“改变以前的方式，很迅速的重新建设党的各种机关，并以绝对秘密为原则”。他明确地提出：“机关的群众化，负责同志的职业化亦是很重要的问题。”要求各地党组织适应新的情况，“改变方式领导群众继续作政治经济斗争”。
这在白区党的组织工作中是一个重要的转变。
这时的周恩来虽然看到了农村暴动的重要性，但他依然认为中国革命应走巴黎公社、苏联十月革命的道路——也就是由城市而农村的革命道路。他在这种理论的指导下，必然会得出这样的结论：在很长的一个历史时期，中国革命的核心机关——中共中央必然设在有产业工人的上海这样的大城市。所以，很有必要为党的秘密工作制定行之有效的法规，这就是在他离沪赴俄后不久——五月十八日，中央发出的《中央通告第四十七号——关于在白色恐怖下党组织的整顿、发展和秘密工作》。该通告提出了八项原则，对党的各级秘密工作都作了详细的规定。由于这时周恩来已经离沪赴俄，他肯定没有参加这一通告的起草。但是，这些用无数烈士鲜血换来的秘密工作的原则，作为中央秘密工作的主要负责人周恩来，行前肯定贡献了自己的经验和教训。就这个意义上说，该通告凝聚了周恩来的全部心血。
周恩来自四月中旬从香港返回上海之后，在短短的半个月的时间里，从营救罗亦农、陈乔年，到领导处决叛徒何家兴、贺稚华夫妇；从讨论共产国际执委会二月会议《关于中国问题的议决案》，到制定《中央通告第四十四号——关于共产国际执委会二月会议中国问题议决案的问题》等等，足以看出周恩来超乎常人的智慧和工作效率。由此可知，周恩来以三十而立之年成为中共中央核心成员，且又得到绝大多数同志的拥护是必然的。
五月三日刚过，周恩来正欲准备动身赴俄之际，突然传来日本军队在济南制造“五三惨案”的消息。他立即通过各种渠道，很快了解了“五三惨案”的真实情况，略谓：
蒋介石于五月二日随部队进驻济南市后，一面声明负责保护外侨生命财产，一面请求业已进驻济南的日军撤除警戒。翌日上午，蒋氏属下的一名士兵因患病需送一所基督教医院医治，遭日军阻止通行，双方因语言不通，发生争执。日兵突然开枪，当时打死中国士兵及夫役各一人，余皆逃入医院。日兵又将医院包围，用机枪扫射。以此为契机，日军在济南大街小巷展开了疯狂的屠杀，顷刻之间，“市内血肉横飞，尸体满街。蒋介石闻讯，立即下令城外的军队于下午五时以前离开济南，并将此事通知日军第六师团长福田产助，一面请其约束部下”。接着，日军又在市内展开了大规模的屠杀，中国官兵百姓死伤无数。外交部长黄郛被扣长达十八个小时。日军将“战地政务委员会外交处主任兼山东交涉员蔡公时及署内全体职员捆绑起来，用刺刀逼迫他们跪下。蔡用日语抗议，日军竟将蔡的耳鼻割去，继又将蔡的舌头、眼睛挖去，然后用机枪射击，蔡公时、张麟书等十七人惨遭杀害”。
周恩来得出了结论：“五三惨案”是日军恣意屠杀我国军民所犯下的野蛮罪行。
对于猝起的“五三惨案”，中共中央是非常重视的。五月八日，中央发布了《中国共产党反对日兵占据山东告全国军民书》。周恩来是否参加讨论了这一《告全国军民书》，史无记载。但是，他不仅会赞成文告的内容，而且还会关注事态的发展。对此，邓颖超曾作过记述：
“由于济南‘五三惨案’……的发生，我们特别重视事态的发展，因此在上船那天，将上海的各种报纸买了一份，准备在船上翻阅。”
由于出席六大的代表人数较多，必须分批化装乘船北去。加之我方通过不同的渠道获悉，陈立夫已调来精兵强将，每人手持中共要人的照片，严密把守着各个出海的码头，妄图一举多抓获几位像周恩来这样级别的中共要人。因此，如何把六大代表安全送上北去的轮船，不仅成了中央保卫机关陈赓等人的一块心病，而且他们还为周恩来登船北去捏着一把汗，因为国民党中认识他的人实在是太多了！为此，顾顺章与陈赓等同志不止一次地叮嘱周恩来：
“你可要精心化装，骗过那些守候在码头上的狗眼睛啊！”
说起化装，周恩来是行家里手，早在南开中学读书演文明戏的时候，他就男扮女装，连同窗好友都未认出来。时下，他与邓颖超相偕登船北去，只能扮作夫妻同行。另外，考虑到由上海登船北去的旅客特点，决定化装成一位古玩商人。清晨，周恩来在邓颖超及其母亲杨振德的帮助下，很快化装完毕。他走到穿衣镜前一看，似有所思地笑了。邓颖超站在一旁不解地问：
“你笑些什么？”
“我笑人生在不长的旅途中，要扮演多少种角色哟！”
“这是无可奈何的事嘛，”杨振德也感叹地说，“在这种虎狼当道的社会中，人不能老是一副面孔生活啊！”
恰在这时，室外传来信号似的敲门声，邓颖超快步走到门前，引顾顺章走进屋来。顾抬头一看化装成古玩商人的周恩来，备感惊愕地愣了片时，转身望着邓颖超问道：
“他是你们家的客人？”
邓颖超闻声笑了，伸手指着化装成古玩商人的周恩来，非常认真地说道：
“这明明是你们自家的人嘛，怎么都认不出来了？”
顾顺章用心地观察了半天，方认出这位古玩商人的真面貌。对此，周恩来十分满意地说：
“能骗过顾顺章同志的眼睛，说明我的化装成功了！”
“我看还是慎行为好。”接着顾顺章又指出，陈立夫命人把周恩来的照片放大，发给密探，不仅在码头上一一盘查，而且还在每班客轮上严加查对。最后，他望着凝思不语的周恩来说道，“据最新的情报，陈立夫还向密探下达了这样的命令：宁可错捕三千，绝不使一人漏网！同时，他还向属下许诺，抓住周恩来者，赏光洋五万！”
顾顺章的话音一落，赶来送行的陈赓又闯进屋来，他打量了一下化装成古玩商人的周恩来，气愤地说道：
“据杨登瀛报告，何家兴的老婆贺稚华没有被打死，她声言为了报仇，可以协助敌人抓到恩来同志。”
“怎么办？”顾顺章有些焦急地问道。
“那就更应当快些离去。”周恩来镇定地笑了笑，“为了安全起见，你们都不要送行。”
“为什么？”顾顺章与陈赓异口同声地问道。
“像我这样一个普通的古玩商人，”周恩来边说边指着邓颖超补充道，“再带着一位穿着如此平常的夫人，坐一等舱就够显眼的了，如果再有人送行，岂不更容易引起敌人的注意？”
就这样，化装成古玩商人的周恩来偕邓颖超通过了敌人的检查，登上北去大连的客轮。诚如邓颖超所回忆的那样：“组织上安排我们坐头等舱，这同我们当时的衣着和条件是不合适的。在船上的两天很少更换衣服，也很少同其他旅客交谈。每餐都到餐厅去吃饭。当时有两个人在就餐时总是注意我们。听他的口音是天津人，身份是大商人。事后，我们回想可能是当年在天津‘五四’运动时认识我们的。”简言之，周恩来偕邓颖超安全地从上海到达了青岛，他们利用船到青岛有短暂停留的时间，又随乘客上岸，“进入市区吃了午饭，然后又买了青岛市的各种报纸带回船上”。出乎他们所料的是，接着在旅途中却发生了一段意外的遭遇。由于周恩来沉着机智的应付，方化险为夷。对此，邓颖超作了如下的记述：
当轮船停靠在大连码头，我们正准备上岸时，驻大连日本水上警察厅上来几个人，对我们进行盘问。首先问恩来同志是做什么的？他回答是做古玩生意的（实际上我们携带的箱子里一件古玩也没有）。又问你们做生意的为什么买那么多报纸，我们说，在船上没事可以看看。他们又问到哪里去？回答，去吉林。问到东北干什么？答去看看舅舅。他们当即让恩来同志跟他们去水上警察厅。在那里，他们又详细询问恩来同志出生年月日、学历、职业等。当问到你舅舅姓什么？叫什么？回答他姓周，叫曼青。问他是干什么的？答：在省政府财政厅任科员。他们问你舅舅姓周，你为什么姓王？恩来同志说：在中国舅舅和叔叔是有区别的，姓氏是不一样的，不像外国人舅舅、叔叔都UNCLE，因此，我舅舅姓周，我姓王。对方又说：我看你不是姓王而是姓周，你不是做古董生意的，你是当兵的。恩来伸出手去说：你看我像当兵的吗？他们仔细端详不像当兵的手，然后开抽屉看卡片，对恩来讲，你就是周恩来。恩来又反问他们，你们有什么根据说我是周恩来呢？我姓王，叫王某某。他们的一系列盘问，恩来同志泰然沉着的一一作了回答。他们为什么怀疑是周恩来，可能与在黄埔军校任职有关，有卡片。
让恩来同志跟他们去时并没有涉及到我，可我总觉得他一个人去不好，当时我表示一同去。恩来大怒说：“你不要去，你去干什么？”这时他告诉警察厅负责人，让他们帮我找旅馆，把我送到旅馆先住下。于是我与恩来同志分手了。我住进旅馆，等候恩来同志回来。他是凶是吉很难预测。当时，我的心情是着急，忧虑不安，如坐针毡，不是度日如年而是分秒如年了，不知如何是好。但我表面上还是沉着、镇定，装着若无其事的样子。大约两小时后，恩来同志来到我的住处，进来之后，没有说什么话，安然无事的样子。然后他低声对我说，我们去接头的证件在哪里？要我立即烧毁。我马上找出来到卫生间撕碎投入马桶里。后来，我们还是有说有笑地去楼下餐厅用餐。
邓颖超在焦急等待周恩来回来的期间，她很自然地会多次自问：“日本人为什么要怀疑我们呢？”多年之后，她的结论是这样的：“船过青岛时，有短暂的停留，允许乘客上岸活动。我和恩来同志上岸进入市区吃了午饭，然后又买了青岛市的各种报纸带回船上。这样一来，可能引起日方侦探的注意。”
周恩来回到旅馆之后，扼要地向邓颖超追述了智斗日本水上警察的经过之后，又特意说道：为了减少日本水上警察的怀疑，他还叫警察厅厅长代买去吉林的火车票。邓颖超听后深为周恩来的机智和沉着所折服。
当天下午，日本水上警察厅厅长派人送来了火车票，周恩来偕邓颖超登上火车离开大连，前往长春，然后再转往吉林县（今吉林市），去看望他的伯父。就在这列北去长春的火车上又遇到了敌人的跟踪。对此，邓颖超回忆道：
上车发现同我们坐对面的乘客是日本人，用中国话同我们攀谈。我们同他聊天。当时，已识破他是跟踪我们的。我们在长春站下车时他拿出名片给恩来。日本人有交换名片的风俗（我后来才知道的）。恩来应立即回片。一般人名片都放在西装小口袋里，实际我们没有名片，恩来装着换的样子，“噢！我的名片没有装在口袋里，还在箱子里呢！很对不起。”（做要取的手势）对方说不必，不必了。终于对付过去了。到长春后，似乎没有什么人跟踪我们了。住进旅馆，恩来同志立即换上长袍马褂，把胡子刮掉，又乘火车去吉林，抵达后没敢直接到伯父家去，先住旅馆，然后写了一封信，请旅馆的人送到伯父家，正好三弟一看就认出是恩来的笔迹，不久就来接我们回家了。为什么未直接去哈尔滨而绕道吉林呢？我们怕日本警察厅去查问伯父有叫王某的外甥没有，如果发生这种情况，就会惊扰了伯父。我们仍然没有脱离侵华日本军人和奉系军阀控制的地区，随时可能被捕。另一方面，当时的形势，蒋介石占领南京以后，继续经山东夺取东北，咄咄逼近，使在华北、东北一带的奉军和日军认为共产党失败了，主要对付国民党，对我们有所放松，这对我们来说是有利的，但也不能麻痹。所以，我们在伯父家停留两天，我和恩来商定，他先走，到哈尔滨二弟家住，再隔一天，由他三弟陪我赶到哈尔滨会合。这是我第一次当了周家的媳妇啊！
诚如邓颖超所追忆的那样：“我们从上海出发到达哈尔滨，一路上的险境，由于恩来同志的机智、镇定、沉着、泰然无事地对付敌人的盘问，终于脱险了。”但是，由于他们在大连悄悄销毁了在哈尔滨接头的全部证件，无法同有关的人取得联系。这样一来，他们就无法从满洲里出境，踏上苏联的国土。自然，赴莫斯科出席党的六大也就难以实现了。怎么办？周恩来清楚地知道：出席党的六大的代表在上海是分批出发的，在他和邓颖超之后还有几批，其中就有和他们稔熟的李立三同志。因此，周恩来决定由邓颖超到火车站等候李立三。事后，邓颖超回忆道：“一连数日都没有接到，真是有点着急，但还是继续去车站，最后还是等到了。经过同他的联系，再同哈尔滨外国朋友联系上了。这样，我们才离开哈尔滨去莫斯科参加党的第六次代表大会。”
周恩来偕邓颖超踏上苏联的国土，禁不住松了一口气。接着，他的思路很快又转移到党的六大上来了。作为指定筹备召开六大的负责人，他不能不想到达莫斯科后如何筹备六大的召开；作为中共中央委员会的常委，他又不能不考虑六大上所要解决的问题——南昌起义、广州暴动、以秋白同志为代表的盲动错误等等，总之需要解决的重大问题实在是太多了！但是，当他想到共产国际，尤其是斯大林将对党的六大召开以及所解决的问题的态度，他感到又有些茫然。但是，他心中始终存有这样的信念：无论在党的六大上出现什么争论，六大后的中国革命将会出现新的**。