道光八年（1828），魏源以举人捐资为内阁中书舍人，在阅读内阁史馆如“掌故之海”的典籍档案中，他积累了大量有关典章制度的资料，为以后著史理政奠定了基础。道光十一年（1831），魏源以父丧居乡3年。赏识魏源经济才干的两江总督陶澍，延请魏源入幕协助改革盐政。直至鸦片战争以后，魏源在盐务、漕运、治河等方面，提出了一系列的改革主张，并进行具体的尝试和努力。

清代盐的生产和运销，一直由官府垄断。长期以来，盐官和官准的场商、运商勾结在一起，形成了一个特权集团。官僚管理的亏损，对皇室的报效，贪官奸商的中饱，都转移到盐的生产者、消费者身上，造成盐价昂贵、产销停滞的严重积弊，致使私贩蜂起，清廷虽以严刑缉私，也缉不胜缉。魏源清楚地看到了垄断的症结，提出改行“票盐”制度的方法。由商人向官府交纳一定的盐税后，官方便发给盐票，凭盐票可以自由买盐、自由贩卖。这样减少了中间环节各级官吏的层层盘剥，“特尽革中饱蠹弊之利，以归于纳课请运之商”，所以盐价降至一半而商人仍有利可图，私贩自然不禁自灭。魏源的主张被陶澍采用后，果然收到了一定的效果，每年“倍额溢课数十万”。此后的历任两江总督陈銮、林则徐、璧昌、李星沅、陆建瀛等，遇有盐政要务，都常来与魏源商议。

水灾频仍，黄河泛滥，是清朝统治者深感头痛的问题。“无一岁不虞河患，无一岁不筹河费”，可是河患依然如故。魏源认为，河患水灾有来自自然的一面，更重要的还在于人祸，即治河官吏的侵蚀河工经费、地方豪强的垄断水利。所以，“欲兴水利，必除水弊。除弊如何？曰：除其夺水夺利之人而已”。魏源还认为，过去治理黄河的方法也不对头，“下游固守，则溃于上；上游固守，则溃于下”。这样头痛医头，脚痛医脚，无济于事。他主张因势利导，使黄河人工改道，北流入海。指出这是迟早会发生的自然趋势，而以人力预先改道为上策，如果等待黄河一旦崩决，自然改道，则后果不堪设想。魏源的这两种见解，在当时都无法实行。官吏贪污是封建官僚制度的必然产物，无法根除。而在道光咸丰衰世，即使一次小的整顿也困难重重。黄河人工改道，工程浩大，财政上捉襟见肘的清廷也无暇及此。鸦片战争以后，魏源在出任兴化知县等地方官时，又尽自己微薄的力量，在小范围进行了水利治理。兴化境内临近运河和高邮、洪泽二湖，时有涝灾。一次，高邮湖将决，他亲率民卒护堤保稻，“冒风雨伏堤上”，以致“目赤肿如桃”，终于保住了大堤，百姓遂将当年收成称为“魏公稻”。治水过程中，魏源撰写了筹河、水利、堤防等文多篇，见解虽好，然而生逢末世，终不为所用，使他的才能得不到发挥。魏源临终前二年的咸丰五年（1855），黄河果然如他所预料的那样，于铜瓦厢大决口，改道入海，给下游人民造成惨重损失。

漕运，是当时又一积弊。自明清以来，南粮北运一直通过运河，朝廷设有漕运总督等一系列官员进行管理。至晚清，由于各级官吏把持盘剥、地方豪强敲诈勒索日形严重，弄得怨声载道。魏源看到漕运之弊已是积重难返，便主张改为海运，由商人承办，不再以官府垄断。他指出，海运不经河闸，不经层层中饱和馈送，有四利、六便，对国家、人民、吏治、商人均有好处。他进一步指出，商人办海运，可以把江浙之货附于漕船，运往北方，将促进南北物资交流，使物价下降，繁荣国内的商业。道光五年（1825），魏源在巡抚陶澍幕中，还实际参与了筹划海运活动，撰有《筹漕篇》、《道光丙戌海运记》等文，并在《皇朝经世文编》书中对这一关系国计民生和吏治的重大改革予以赞扬。

道光十五年（1835），魏源为了奉养母亲，在扬州买了一所庭园，取名“絮园”，内有“古微堂”书屋，他在此写成了许多诗文，集为《古微堂集》、《古微堂诗集》。在魏源宏富的著述中，还有阐发“微言大义而辟东汉马、郑古文之凿空”的有《诗古微》、《书古微》、《公羊春秋古微》、《董子春秋古微》，探讨学术、评论政治的有《默觚》，以及《元史新编》、《禹贡说》等。

综观鸦片战争以前魏源的思想和活动，主要是抨击封建末世的黑暗现实，与龚自珍一起以今文经学的形式，倡导关心国事民瘼，主张改革社会政治风气。他继承明末清初经世致用崇尚实学的思潮，提出了一些有积极意义的主张和具体措施，但思想范畴仍未超出探掘阐发古代经书“微言大义”和“经世致用”的框架。