龚自珍的学术思想，主要体现在他利用了“今文经学”这个旧的形式，使之与“经世致用”相结合，成为他关心国计民生，批评时政、改革社会的武器。

龚自珍并非清代今文经学兴起的首倡者，他之前已有庄存与、孔广森、刘逢禄几代学人。庄存与生活在封建危势渐露的清中期，再度提倡汉代应变的公羊思想，企图以此调整旧的社会秩序，但他主要还是一个经学大师，与现实政治尚保持一定距离。刘逢禄虽然强调何休的“微言大义”，使公羊学逐步和实际相结合，由此可能引申出改制变革的新意，但他们都未脱出汉代以来今古文经学传统斗争的窠臼。龚自珍自幼吮吸的是清代占统治地位的乾嘉汉学浓郁空气，但面临腐朽颓败的社会现实，他对社会的认识也开始发生了变化，从而对今文经学的《春秋公羊传》产生了浓厚的兴趣。封建末世的社会危机感和挽救这种危机的责任感，使他毅然离弃和抨击脱离现实的考据汉学和宋明理学，“言生平恶《周礼》”，指斥“著书只为稻粱谋”，“至竟虫鱼了一生”的迂腐学风。他认为，道和学、治，本是一体。得天下者为王，佐王者为宰、卿大夫，交租税者为民，民之有识者为士。王、宰、卿大夫与民“相与以有成者，谓之治，谓之道”，“是道也，是学也，是治也，则一而已矣”。这种把经学和现实政治紧密结合的认识，在清代今文经学中是一个新的发展。同时，龚自珍对汉代以来旧的今文经学也进行了改造和批判。

龚自珍十分强调人的作用，他批判董仲舒“受命之君，天意之所予也”的公羊学天人感应论，指出“天地，人所造，众人自造，非圣人所造”，而人也是“自造”，“非圣造，非天地造”。极力主张破除对自然现象的迷信和神秘观念，反对用今文经学对人间灾异作穿凿附会解释：“最恶京房之《易》，刘向之《洪范》，以为班氏《五行志》不作可也。”建议根据钦天监中历来彗星运行的记录档案，研究其规律，撰成一书，“可以摧烧汉朝天士之谬说矣”。他打破了由来已久的今古文经学森严门户的拘束，吸收了“六经皆史”观点，认为《易》、《书》、《春秋》等，都是“卜筮”、“记言”、“记功”之史，从而将今文学家眼中涂有神秘色彩的诸经，还原为社会历史的记载。龚自珍虽然以服膺今文经学相标榜，但实际上他与汉代董仲舒诸人已相去甚远，既不主张寻章摘句、考据训诂的汉学，也不主张以谶纬迷信附会臆说的公羊学，而是用今文经学的微言大义去阐发经世致用思想。在这个宗旨下，他又提出了朴素的辩证思想。

龚自珍认为，“自古及今，法无不改，势无不积，事例无不变迁，风气无不移易”。制度和朝代一样，都是新旧更替，不断变革的，已经陈旧过时了的制度、政令如果不自行改革，就必然被新势力强制改革所代。他引申了公羊三世说的“据乱世——升平世——太平世”，把社会历史解释为“治世——乱世——衰世”三阶段。从经世致用思想出发，他明确指出，当时的社会是“起视其世，乱亦竟不远矣”，必须对种种丑恶黑暗的现象和制度予以揭露和改革。但是，究竟怎样改革，他却找不出明确的答案。尽管龚自珍是那个时代、那个营垒的佼佼者，但他毕竟要维护封建阶级的根本利益，这种立场的限制，就使他的辩证思想仍然跳不出封闭的循环的圈子。他说：“万物之数括于三，初异中，中异终，终不异初。”只承认现象的变异而否认质的变化，因此事物最终还要回复到原始的状态。这种认识反映在政治态度上，即是一方面对腐败现象嫉恶如仇，一方面又主张“风气之变必以渐也”。在抨击腐恶、开通风气斗争中表现为勇敢的猛士，在传统儒学和封建根本伦常面前却表现得迷惘和怯懦。这样，笃信今文经学的龚自珍，晚年又“犹好西方（佛教）之书”，校雠佛经，撰《龙藏考证》等。这种矛盾交织的现象，说明他在经世致用、开辟新路的挫折中，“忽然搁笔无言说，重礼天台七卷经”，只好向域外去寻求一些精神安慰和解脱了。