1969年，党中央正式决定进行一次地下核试验，并任命王淦昌为此次核试验的总指挥。同以往核试验一样，当中央的重大决策下定，所有相关的制造与参加试验的数百家工厂、数十家研究单位、数万人将要投入紧张的运转。
可是人呢？人都到哪儿去了？王淦昌从北京飞抵罗布泊时，昔日人声鼎沸的战场，怎么就见不着几个人了？
“老院长您总算来了，我们的人都被拉去开批判会了，这儿已有一两个月没正经搞生产了！”有人走过来悄悄告诉王淦昌。
一两个月没工作？这还是不是核试验基地了？王淦昌心头之怒不由直冲脑门。他找到上面派来“支左”的头目、人称“恶二赵”的两个人（两人后被镇压），责问道：“中央的命令可以不执行吗？”“恶二赵”见中央有文，自知不好正面与王淦昌较量，便悄悄避到一边去。然而没有人干活怎么行呢？地下核试验可不是往地里种萝卜，缺一个方面的人马，就会使整个系统无法正常开展工作。身为地下核试验的总指挥，王淦昌心急如焚。他又一次找到“军管会”头目“恶二赵”，要他们赶快停止把大队人马整天拉出去搞运动。
“那怎么行！伟大领袖毛主席亲自发动的‘**’，本身就是一场史无前例的革命群众运动，广大群众不参加还叫什么运动，谁都别想破坏这场伟大运动的开展！”“恶二赵”气势汹汹，根本没把王淦昌这个“总指挥”放在眼里。王淦昌是个忠于职守的人，想不到碰了如此一鼻子灰！当天，他用机密电话向北京汇报了基地的情况。
“胡闹！地下核试验是毛主席、党中央作出的决定，怎么能耽误呢？一定要恢复生产和科研工作，该上班的同志都得回到第一线！这是中央的命令，必须执行！”周恩来得知后，直接向基地打来电话。
“恶二赵”无可奈何地硬着头皮开会传达，然而基地的广大干部群众和指战员恨透了这两个人，没有人理他们。这一下，“恶二赵”反倒紧张起来了。他们明白，“文革”重要，可核试验也不是件小事，每次核试验执行的都是铁的纪律和铁的命令，跟打仗没有两样，谁真要耽误了，或者在试验过程中出了什么事故，那可是天塌下来的事，谁顶得住呀？“恶二赵”只得极不情愿地张罗人开工，但已经陷入混乱的基地竟然到了想动也动不了的地步。
无奈，“恶二赵”找到了王淦昌：“王总，这可怎么好，找不到人上班呀！我们是下了很大工夫的，可还是不见效，是不是由你向中央把这里的情况汇报汇报？”王淦昌不傻，知道对方想把皮球踢到他这边来。思忖片刻，他说：“既然这样，就用我这张老脸去做做工作吧。在中央对地下核试验定下的时间内，我们一定要按时完成，否则就是对不起毛主席。你们说呢？”危难之际，王淦昌心头比谁都着急。其实基地广大干部群众、科技人员和指战员都很关心地下核试验，只是大家恨透了“恶二赵”破坏生产和整人的那一套，一些胆小的人甚至惧怕他们的疯狂行径，所以宁可少找点麻烦，让“造反”就去“造反”，让参加“批判会”就去参加“批判会”，啥生产啥试验，才不管呢！面对如此一盘散沙，王淦昌怎能不急？
“同志们，我们干的这个事业与西方世界有一大段距离，不能再耽误了呀！大家应该清楚，科学试验花的时间是很多的，我们本来就有很多事情要做，再因为运动和整天开会，生产和科研就没有了保障，这就完不成中央交给我们的任务了！”“地下核试验意义重大，它可以丰富我们过去的地面和空中试验，能掌握许多新的数据。所以大家一定要抓紧时间，全力投入工作，以最快的速度通过地下试验这一关！”王淦昌一个科研室、一个生产车间地跑，一遍又一遍地跟大家讲道理。当时的科研人员连看业务书都被禁止了，只能在自己的家里偷偷看。王淦昌就利用就餐时间，挨家挨户去请出科研人员带着业务书上研究室学习、研究。
生产部件的车间里不见一个人，王淦昌拖着自己有病的身躯，到处寻找车间主任。车间主任告诉他：“王总啊，我们都已经给人家夺权了，再出面也没有人理我们啦。再说，大伙真的来上班，连食堂里的饭都吃不上啊。大师傅们也都回家的回家了，闹革命的闹革命去了，不好办呀。”看着车间主任为难的样子，王淦昌急得直搓手，他是个科学家，能独自运算和设计无数错综复杂的中子、原子一类的顶尖难题，也能作为一名核武器科学研究的主要领导与组织者指挥和处理各种千头万绪的业务工作，但他却从来没有做过行政工作。面对车间主任和下面提出的类似难题，不知如何是好。深思之后，他突然对车间主任说：“能不能把同志们的家属发动起来，让她们给大家做饭？”“这……”车间主任想了想说，“倒是个好办法。可谁给她们开工资呀？我们职工的钱都是上面按人头拨下来的，家属们干了工作也不能从财务那儿拿得到钱呀！”“这个问题我能解决。”王淦昌不假任何思索地回答，“可以由我来给她们发工资嘛！”车间主任不由捧腹大笑起来：“王总您有多少钱可以给大家发工资？再说您真给大家发了，人家造反派会说您是在雇工干活，是‘剥削阶级’的行为嘛！”王淦昌一下愣住了，心想对呀，这倒是个难题。于是嘀咕道：“那还是我去动员那些烧饭的大师傅吧。”也许正是基地的干部群众和科技人员们看在他们老院长这么认真和天真的分上，再加上王淦昌本来威望就高，所以大多数部门和机构都回到了自己的岗位上。然而，被“恶二赵”人为搞成的两派只要一发生冲突，基地上的生产和科研就会受影响，甚至停工停产。派别斗争已经严重到拿枪拿重武器的地步，为了让双方停止武斗，回到生产和科研上来，王淦昌不止一次冒着生命危险亲自跑到两派的“司令部”劝说。
“你们都清醒地想一想，现在是啥时候了？按照中央规定的时间我们已经紧得不能再紧了，你们大家都不能再情绪化了。搞地下核试验是国家大事，大家要以国家利益为重，否则将来就会变成历史的罪人！”但由于派别斗争和管理上的混乱，一些原先就回北京休假或者办事的人借机都没有回到基地，使得基地不少岗位的人手异常紧缺。从青海到北京，来去需要坐好几天火车的工夫。王淦昌利用自己经常回北京汇报工作的机会，抽出时间走访那些留在家里的同志，劝说他们返回基地。
“九院”家属大院中不少老同志感慨地对我说：“那阵子王院长天天串东家走西家地找人，碰见一个就盯住一个不放，一直到人家同意回基地为止。好多同志回到基地，就是冲着老院长的面子才离开北京的。没有他呀，我国的第一次地下核试验还不知要拖到什么时候呢！”如果不是王淦昌上上下下动员，如果不是凭着他崇高的威望，被“恶二赵”把持大权的基地在那几年是绝不可能进行任何实质性的试验工作的。基地的人们还记得，当时从乌鲁木齐通往基地关口的要道，都被两派的造反派重兵把着，别说物资不易运送，就是行人也常常都要被扣下。
一次，王淦昌和随行几个要员刚到乌鲁木齐机场就听到激烈的枪声，通往基地试验场的通道被造反派们死死地把守着。“怎么办？我们带的都是机密资料，可不能被坏人抢走啊！”王淦昌着急得在原地转圈。
有人建议绕道而行。“不行，一旦途中发生情况，资料丢了怎么交代呀？得重新想办法。”王淦昌急中生智，连夜给有关部门打长途电话，于是很快来了一架飞机将王淦昌一行安全送抵了核试验基地马兰。
今天很多中国人为自己国家拥有强大的核武器而无比自豪，谁能想到当年王淦昌他们所进行的试验工作是那样的艰难！不说国家的物质经济条件差，不说西方世界对我国技术与情报的封锁，我们自己给自己却造成了那么多的难题！中国的地下核试验，实际上是在一个人工挖掘的山洞里进行的，这个洞长达一公里。在这样深的洞穴里装配原子弹，其难度要比在地面上大好多，特别是几百根各式各样的线路，每一根都要拉几公里长，接头与接头之间、线路与线路之间，稍稍有一点点问题，都有可能酿成大难。
为了确保所有地下装置与线路不出任何问题，王淦昌一面向各个环节与系统提出要求，同时亲自深入洞内指挥和监督每道工序的操作和检验。
一次，探测器突然发出“啪啪啪”的响声，王淦昌立即赶到现场，询问是不是产品本身有放射性物质泄漏了，是不是山体本身有贫铀矿存在？为了查清真相，王淦昌一连几十小时钻在幽暗潮湿的山洞内，那时的他已是60多岁的老人了。
到底是什么东西在作怪呢？经过反复测试，终于查明是一种叫氡气的东西在作怪。氡气是一种放射性有害气体，对人的呼吸系统有很大损害作用。王淦昌得知真相后，看到在洞内工作的解放军小战士们根本没有任何防护措施，便一个个告诫他们：“小同志们，大家在干完工作和吃饭时尽量不要待在洞内，那样会很危险的。在工作时，一定要戴上防护口罩。千万千万记住我的话，人的生命宝贵啊！”“他这不是宣扬活命哲学吗？”“这是扰乱军心！”王淦昌没有想到早已想治他的“恶二赵”一帮人，竟然把他关心战士们的话当做“反动言论”，公然在大会上指名道姓地拿出来让“革命群众”批判。
“王院长，他们把大字报都贴出来了，您还是先躲几天吧。”几位好心人过来劝王淦昌。
王淦昌两只眼睛一下瞪得老大：“我躲什么呀？周总理交代的任务谁来完成？氡气就是有毒嘛，他们懂什么？同志们长期在洞内，不注意防护就是要伤身体的嘛！我叫大家注意点有什么错？他们这样批判我，我要向总理汇报，看看我到底有没有错！”老科学家较起劲来谁都拉不住他，“什么叫‘活命哲学’？我们是搞科学的，科学讲究的是实事求是嘛！”正是老科学家的一颗爱国的赤诚之心，影响了全基地参加地下核试验的将士与科技人员。在大家的共同努力下，试验准备工作热火朝天地进行着。
然而，地面上的大批判一浪比一浪高。当“恶二赵”**裸地批判王淦昌是“反动学术权威”、“笑嘻嘻地腐蚀青年人”时，一位同志实在看不下去，便责问造反派：“像王淦昌这样好的专家，你们都要批判，那这个世界上就没有好人！”就这么一句话，这位同志竟然被“恶二赵”一伙抓了起来，并戴上了手铐，拉到刑场进行惨无人道的“假枪毙”。
王淦昌得知此事后，潸然泪下。他愤怒地对天长嚎：“我们辛辛苦苦干工作错在什么地方？”他终于倒下了，血压骤然升高。但是他知道核试验远比自己生命重要得多，于是不顾大家的劝告，连续3天3夜在场指挥把最后的核装置和干燥剂放进洞穴。当工兵用最后一块水泥封死洞口时，指挥系统传来紧急状况：控制台的电压几乎全没了！没有电源怎么引爆地底下几千米的原子弹呢！“把洞口重新打开，我要进去检查！”王淦昌立即命令。
“不行，王院长你不能进去，里面已经有了核物质装置，太危险了！你绝不能进去！”战士和现场的同志们组成一道人墙，把王淦昌拦在外面。
“你们都给我闪开，技术方面的问题，我有权负责处理。谁也别想挡得住我，走开，让我进去！”王淦昌扒开人墙，指挥工兵迅速拆除封口，猫着身子钻进深深的山洞之中……
后来终于查出事故原因：一个地方的电线“脱壳”！这一事故，使王淦昌下决心发动基地人员重新从头到尾对已经装置好的整个核爆系统进行全面检查。
1969年9月23日，王淦昌和参加试验的上万人在几十公里外的山巅上，亲眼看到了在天山支脉的一个山体上扬起滚滚尘埃。从千米地下发出的阵阵闷雷，回**在天山南北……
我国的第一次地下核试验，成功了！“老院长，我们成功啦！我们终于完成任务啦！”在大家兴高采烈地向王淦昌祝贺时，这位“两弹元勋”的脸上只露出了一丝十分凝重的微笑……
王淦昌带着地下核试验成功的喜讯回到北京，然而当他回到那个熟悉的“灰楼”时，一切都突然变得陌生了。
“王淦昌先生，根据‘林副主席’的‘一号命令’，我们决定把在北京的九院所有机构，迁至四川绵阳一带，这是一次极其重要的大迁移工作，组织决定你也一起迁至那儿。”二机部“军管委”正式通知王淦昌。
“我一个人去，还是家属都迁去？”王淦昌问。
“当然是全家都去。而且，你们要做好长期工作、生活在那里的准备！”“好的，我回去马上做迁移准备。”王淦昌丝毫没有想过其他什么问题。在他看来，自己所从事的工作，本来就是高度机密的，几年前自己连名字都改了，这很正常。只是这一次是大迁移，所以他想到了家的问题。回到家里，王淦昌对老伴和子女只说了几句话，就把全家离开北京的事全都定了下来。王淦昌当然不明白中央作出这项决定的大背景。
就在王淦昌忙于在罗布泊组织地下核试验时，北京发生了一件大事：9月11日，周恩来总理和苏联的柯西金总理在北京机场进行了一次历史性的短暂会面。这次会面，中苏两个大国敌对了近10年后双方都想试探一下对方的某些意图。但是那时的两国政治家们实在太不相信对方了，所以作出的一些判断现在看来都很偏激。在柯西金走后的一个多月，也就是在王淦昌报告第一次地下核试验成功消息后的第22天，中南海召开了一次重要的政治局会议，主题只有一个：研究当前国际形势和苏联战略动向。不知哪儿来的一份情报显示，苏联内部有人主张乘中国的核武器发展尚不够充分的时候，对中国的核设施进行一次“外科手术”式的毁灭性打击，这使得中国领导人怀疑“老苏”真的想对我们中国突然发动核袭击。会议经毛泽东批准，政治局作出决定：在全国立即开展一场“深挖洞，广积粮，不称霸”的全民战备动员。
为防患于未然，党和国家的领导人不管有无问题，一律紧急撤离北京。根据这一精神，毛泽东随即到了武汉，“林副主席”到了苏州，只有周恩来留在北京“守家”。
据后来了解，“林副主席”的“一号命令”共有5条内容：一是苏联谈判代表团于10月20日来北京会谈，对此要提高警惕；二是为防止苏联利用谈判做烟幕对我军进行突然袭击，全军各部队要立即将重武器和重要目标隐藏起来；三是通信联络要保持通畅；四是国防工业要抓紧武器弹药的生产；五是导弹部队要随时做好发射的准备。
王淦昌老两口带着外孙女三人很快到了目的地——四川绵阳（而今的长虹集团便是当年王淦昌他们的九院子属单位）。司机大邵一家跟着王淦昌“荣幸”地一起到了绵阳那片山沟沟里，并且这一去就是近20年。下面是大邵回忆跟着一起到四川后的有关王淦昌的一些情况——开始部里说了，凡是重要的领导和院长们都要迁到那里，可等我们一到那儿住下后，发现院级领导中就王先生一家搬去了。其他的院长都没有去，房子留着却是常年空空的。我对王先生发过牢骚，说你看人家多精，根本就没打算来。我们倒好，一下把全家的户口都迁到了这儿，现在想回去都没有门儿了。王先生说，别人我不管，可我们来这儿没有错，九院把主要人员和技术设备都搬来了，今后这就是我们工作的机构，我们不跟着工作的地方还能干什么？
王先生就是这样一个人，在他的心目中，从来不去想那些乱七八糟的私事，只要他认为是上面交给的任务，不管在哪里，不管是干什么，他都要全身心地投入，直到完美地把它做好为止。那时绵阳的条件极其困难，连孩子吃的食糖都得从北京带过去。而我们的九院工作区为了适合战备需要，整个工区和生产厂区铺得特别大，共占6个县的地面，近的相互间距离三四十公里路，远的达100多公里。整个绵阳地区实际上成为中国核武器试验的大本营。那时王先生已经是近70岁的人了，但他是生产和技术的总负责，所以几乎每天都要在几百公里的工区里奔波。当时我们所在区域还有不少国民党残留部队，敌情很复杂。每次跟王先生出门，我必须带上武器，随时准备应付不测。由于“文革”影响，许多工厂停停干干，这给王先生的工作带来极大困难，他既要安排科研工作，还要做人的工作，那几年真是难为他了。绵阳地区又是地震多发区，我和王先生多次出门碰上地震，由于担心出事，我不让他往下面的工区跑，他哪儿肯听！地震一来，夜里我把他拖到汽车上睡，他就是不让，说怕什么？我是搞原子弹的，震波多大，对人类危害多大，我心里都清楚。他照常睡在屋里。有一次我问他，王先生你真的不怕地震砸死人啊？他嘿嘿一乐，说死谁都怕，只是你心里装其他事多了，死的事就给让路了。我相信他的话，因为他心里装了那么多工作，哪儿能顾及自己生死？但就是这样一个兢兢业业为国家作贡献的老科学家，“四人帮”一伙仍没有放过他。青海基地的“恶二赵”派人把王先生抓到罗布泊，说是“工作需要”，实是为了批斗他。而在后方的绵阳，他们则进行大抄家。我知道王先生家里的东西都是国家核武器试验的重要资料和文件，所以我坚决不让造反派动一动。为此，造反派也给我扣上了“反动学术权威的司机”帽子。
但这也并没有使我在抄家问题上屈服。我一直死死地把着王先生家的门，就是不让造反派进王先生住的房子。后来总算达成了一个“协议”：把房子封存起来。我心想这一招也行，既保护了王先生的东西，又可以过抄家这一关。但造反派头头警告我，说：“你以后不准再照顾王淦昌了，就是他从青海回来也不能去车接。”不几日，王先生真的从青海回到绵阳，我偷偷开车去接了他。王先生见了还特别高兴地对我说：“还是绵阳这儿好，这儿我就不是受批判的坏人了。”他哪里知道这儿的斗争有过之而无不及，只是许多好心人一直全力在保着我们这位可敬的老先生而已……
1975年，因“文革”中断数年的第二次地下核试验又重新被列入议事日程，时已68岁的王淦昌仍然以技术总负责人的身份，与小伙子们一起，从吐鲁番到戈壁滩，乘着汽车，整整颠簸了11个小时，到达爆炸地。
“让我再进洞看一遍。”同每一次核试验之前一样，王淦昌坚持要在最后时刻亲自检查一下装置和线路。当在场的人看到老先生吃力地弯着腰在低矮的“猫耳洞”里钻进钻出时，谁都会感动。
大爆炸仍然在王淦昌的注视下获得预期的成功。
这一年，正是邓小平重新出来主持工作的年份。
这一年，王淦昌的名字又出现在周恩来总理主持召开的第四届全国人大常委委员名单上。
1976年，70虚岁的王淦昌再赴风雪迷漫的青海高原，在一望无际的“死亡之海”的腹部又一次成功进行了我国第3次地下核试验。经过代号为“21—29”、“21—92”、“21—93”三次平洞地下核试验，我国的空中、地面和地下核试验基本走完了所有历程。王淦昌带着让全国人民引以为豪的核试验成果，回到了北京。他没有想到的是，他最最敬爱的人——周总理离开了人世。
“你们看，上次我向总理汇报工作时，他向我提了5个问题，当时我只回答了3个。现在剩下的两个问题我也想出来了，可他已经走了……”王淦昌坐在椅子上悲痛欲绝地向人诉说着。
几个月后的“清明节”，天安门广场发生了声势浩大的群众性悼念人民总理的活动。王淦昌不顾人多车挤、年高体弱，义无反顾地加入了悼念队伍。
10月，沉闷了许久的中国响起一声春雷。王淦昌无比激动，他说：“这是更大当量的‘核爆炸’！我要继续努力为国家作贡献。”
1978年，王淦昌奉命从绵阳调回北京，任二机部副部长，并兼任中国原子能研究所所长。在这之前的3个月，他再次当选第五届全国人大常委会委员。
1979年10月20日，72岁的王淦昌实现了他毕生的追求，成为一名光荣的中国共产党党员。
1980年2月，他被推选为新成立的中国核学会理事长，同时还被选为中国科协副主席。这一年，他进中南海为中央领导同志作了题为《核能——当代重要能源之一》的报告，从此致力于中国核电站和其他核能科研的领导与组织工作。
1982年，75岁的王淦昌主动辞去二机部副部长等职，仍兼任原子能研究所名誉所长。
1983年，第六届全国人大常委会上他再次当选常委委员。
1984年，王淦昌亲自主持和指导秦山核电站及北京的强流电子直线感应加速器论证等。
1986年，他与王大珩等著名科学家向党中央提出跟踪国外高新技术发展的建议，即著名的“中国863计划”。
1987年，王淦昌主持国家“神光”激光装置鉴定会，并在80寿辰时发表有关中国激光研究的重要论文。
1988年，他与王大珩、于敏等物理学家向国务院提出将“激光核聚变”列入“863计划”，并获得批准。
1989年，王淦昌赴苏联杜布纳访问，被莫斯科大学授予名誉博士。
1990年2月，他与钱三强、李觉、姜圣阶联名写信给江泽民、李鹏同志，就中国发展核电站提了建议，由他领导的氟化氪准分子激光研究取得重要进展。
1991年，王淦昌接受国家对“863计划”作出贡献的奖励。
1994年，王淦昌向“863计划”提出五点新建议，受到国家重视。
1995年，他与钱学森，黄汲清（大庆油田发现者）和王大珩一起获得李鹏总理颁授的“何梁何利基金优秀奖”。
1996年，他捐款设立“王淦昌基础教育奖励基金会”。
1997年夏，他被无名氏（至今仍未查悉）骑车人突然撞倒致重伤，住北京医院数月。
1998年12月，王淦昌逝世。江泽民、李鹏、朱镕基等国家领导人和中外科学界著名人士、社会学界、教育界近千人送了花圈。
1999年9月18日，党中央、国务院、中央军委追授王淦昌等科学家“两弹一星功勋奖章”。