建安十六年（211），刘璋听信张松、法正等人的劝告，引荆州刘备入蜀伐张鲁。刘巴劝阻刘璋，他说：“刘备是人杰，不可为人下，他入蜀必是国家之害，不可迎纳。”昏聩的刘璋没有接受。刘备入蜀后，刘璋替他补充兵员，接济粮饷，刘巴再次劝阻说：“迎刘备入蜀已错了一步棋，再让他去讨张鲁，等于是放虎归山。”刘璋仍然不听。等到刘备兵临城下，刘璋后悔莫及，只好出城投降，这时，只有刘巴和黄权两人闭门不出。刘备的将吏愤怒不已，要去杀二人。刘备连忙下令，“敢有害刘巴者，罪及三族”。刘巴这才向刘备赔礼，表示归附。刘备立即加以重用，辟为左将军西曹掾。

刘备攻围成都，为了鼓励士气，曾许下诺言，打破城池，一切府库财物都不过问。所以成都打破以后，士兵大抢财物，将刘璋的储积一扫而空。事定之后，军用不足，刘备十分忧愁。刘巴说：“这事好办，赶快铸造一些大钱，一枚面值一百文。再把货物定出价格，开放市场，那些被士兵抢去的财物就都会从市场上收回来。”刘备照办了，数月之间，府库充实。诸葛亮曾经称赞刘巴：出谋划策，我是比不上刘子初的。

张飞喜欢和士大夫交朋友，他十分敬仰刘巴。有一天，张飞到刘巴家做客，刘巴不理睬他，一句话都不说，张飞很生气。诸葛亮知道后就去劝说刘巴：“张飞虽是一个武人，可他很敬慕你；再说，当今正是用人之际，文的武的都是主公需要的人才，你就不能放一放架子吗？”刘巴回答说：“堂堂大丈夫，当交四海英雄，岂能和一个大兵共同说话！”刘备听到后，气愤地说：“我想安定天下，才容纳各种人才，刘子初竟来捣乱。他本来就心在曹营，岂是帮我打天下的。”言语间露出了杀机。话一出口，刘备又觉不妥，遂解嘲地说：“刘子初才智过人，当然只有我刘备才能驾驭他，也难怪他不服张飞。”

公元221年，刘备将要称帝。刘巴和益州主簿雍茂谏说刘备：“曹丕称帝，中原的人情未必全都心服，他们正要来蜀中投效大王兴复汉室，如果你也称帝，他们会失望的。”刘备听了这话，大倒胃口。他碍于刘巴名气大，宽容了他，而对于雍茂就不客气了，找个借口把他杀了。从此以后，就没有人来投效刘备了。（崔凡芝）