中国宗教以神鬼构成为系统，殷周以来，神鬼世界的大轮廓已经划定，可是在局部问题上的争议还是时有发生。秦汉至魏晋就是变化比较大的时期之一。这场变革主要导源于郑玄与王肃经学上的争议。而理论冲突的背后则是曹氏与司马氏两大士族集团的政治斗争，宗法宗教与政治的紧密关系于此可见一斑。

郑玄是宗教的集大成者，郑玄关于宗法宗教的见解的影响是比较大的，他的见解主要表现在“三礼”注疏中。他的观点对汉、魏之际宗教礼仪的修订具有指导性。郑玄对“三礼”的注疏虽然在训诂考据上下了极大功夫，集汉代今、古文经学之大成，但是也带有明显的时代局限性。郑玄受汉代流行的谶纬神学思潮影响，盲目迷信圣人经典，对经文产生年代和可靠性缺少批判精神。他认为经典一律出于先秦圣人之手，忽略汉儒在收集整理经典过程中杜撰假冒的可能性。结果郑注在许多地方混淆了汉代的宗教与周代的宗教，导致了宗教理论与实践的混乱，为后代宗教的发展产生了不良影响。

曹魏时期，曹氏集团采纳了郑玄之说。魏明帝景初元年始营南委粟山为圆丘，祭昊天曰皇皇帝天。自称曹氏出自帝舜，以帝舜配。于方丘祭皇皇后地，以舜妃伊氏配。南郊祭天曰皇天之神，以太祖武皇帝配，北郊祭皇地之祗，以武宣皇后配。以高祖文皇帝祭于明堂配上帝。这样做是为了借宗教神灵的迷惑性确立皇室的正统统治地位。曹魏政权的这个天神祭祀系统不仅从理论上导致了神权的紊乱，政治上也不利于“神道设教”这个大目标，因而受到王肃及其门徒的猛烈攻击。王肃作《圣证论》，集中批驳郑玄的观点。他认为古代宗教中圆丘与郊同为祭天之处，昊天与上帝不容有二。古代并无感生帝之说，五帝就是五人帝，原是古代五位圣王，五帝非天。王肃之女适司马昭，生晋武帝司马炎，于是随着王朝的变迁，王学与郑学的地位也相应转换。晋武帝希望借政治统一的机会对宗教神学观念进行一番整顿，再反过来保证政治上的统一。他完全采纳了王肃的主张，认为五帝乃昊天之气在五方的不同表现，实为一神所化，天上只有昊天上帝为最高神，不仅要除汉代五郊祭祀，且于南郊、明堂除五帝之座。这样便简化了祭祀天地的礼仪，将冬至圆丘祭昊天合并于正月上辛（第一个辛日）南郊祭天；夏至万泽祭地祗合于北郊祭地。有时两郊与宗庙还同时进行。

秦汉以后，神仙方术之学盛行，**祠杂祀甚众，魏文帝，晋武帝都曾严令禁止国家祀典以外的宗教崇拜活动，以防有人借宗教组织聚众起事。

宗庙祭祀活动是国家宗法宗教重要组成部分。比起天神崇拜、自然崇拜来，祖先崇拜对社会生活的影响更实在、直接，自周公制礼以来变动也相对较小。魏晋时代，门阀士族势力强大，社会极重门第血缘，因而在庙制问题上也越搞越复杂，最典型的例子便是晋朝的宗庙。晋武受禅，泰始二年（266年）命有司议庙制，从王肃义，追封七世先祖，下诏立一庙七室。这样便一直上溯到汉征西将军司马钧。由于汉魏以后帝王多出身于草莽，为了自神其祖，魏自称是舜的后裔，晋自称为高阳氏之孙重黎之后。皆荒诞无稽，无谱系可考。真正的受命之君未必是始祖，故魏晋以降多采取虚太祖位的方法，后进一位，则从上边迁一位远祖。当时门阀贵族垄断了社会政治、经济和法律全部权力。宗庙中每迁一祖，就意味着一批皇亲国戚被划出皇族，失去大量特权。因此随着晋室兄弟相争，骨肉相残，皇族内部各个集团地位、利益也变迁不定，并连累得祖先之灵也不得安定，祖宗牌位在宗庙内进进出出。统治阶级欲以宗教确定其正统统治的合理性，但实际上政权的内乱使宗教的迷惑性、欺骗性明显暴露出来。

从中国文化发展史的角度看，宗法宗教在魏晋时期还发挥了一项极为重要的文化功能，即稳定了华夏文化的基本价值。

东汉末年，道教开始形成，出现了张角领导的太平教和张鲁领导的五斗米教（因其创始人张陵、张脩、张鲁以天师自居，亦称天师道）。早期道教主要以民间宗教的形式活动，在东汉末年政治腐败、社会矛盾激化的情况下，终于导致了张角发动的黄巾起义和张鲁的五斗米教汉中割据，道教思想和组织成了农民反抗的工具。经过三国时期的发展，到西晋时渐趋成熟。

三国西晋时期佛教理论的传播还是以翻译为主。三国时期最著名的经师是支谦，其先世为月氏人，早年受学于支谶，汉献帝末年避乱入吴，为孙权译出大、小乘佛经凡八十八部、一百一十八卷。其中著名的有《维摩诘经》《大明度无极经》《太子瑞应本起经》等。他还为自己译的《了本生死经》作注，此为注经之最早者。康僧会也是当时著名的西域经师，译有《小品般若经》《六度集经》，又注《安般守意》《法镜》《道书》三经。这一时期中土沙门开始了西行求法运动，魏时僧人朱世行是其先驱者。他因钻研《般若经》，感到旧译本文不贯，翻译未善，故发誓往西域求取真经。他从雍州（今陕西长安县）出发，越过流沙到了于阗（今新疆和田县），写得《大品般若经》九十章六十多万言，于晋武帝太康元年（291年）遣弟子送回洛阳，由竺叔兰译成著名的《放光般若经》。他本人留在于阗，八十岁圆寂。

西晋译经以竺法护最为著名。竺法护，原籍月氏，世居敦煌，本姓昙摩罗刹。他年稍长，有感于佛教徒只一味信守重庙图像，而忽略经典传译，致使诸多佛教蕴在西域。于是，竺法护随师到西域，遍游各国，遂能通晓三十六种语言，并携大量经典原本返回中原。其译经手执梵本，口译而成汉文，其弟子为其笔录。在他游历敦煌、长安、洛阳、酒泉等地随处传译，故竺法护译经数量很多。

公元286年，竺法护又在洛阳始译《正法华经》，为其译经生涯中又一部译著的问世。他毕生译经二百余部，译本几乎囊括了当时西域所有流行的要籍，为佛教入华以来译经最多的人之一。

此外，中印度律学沙门昙柯迎罗，于公元250年游学洛阳，译出《僧祗戒心》，在中国首倡受戒度僧制度。从此中国僧人有了戒律、正式剃度出家。后世昙柯迦罗被律宗遵为始祖。