随着自身理论思考的深入以及广泛的实践积累，赫尔巴特更加希望在真实的学校与课堂中检验和完善自己的各种主张。在普鲁士公共教育部部长、著名教育家洪堡的支持下，赫尔巴特在柯尼斯堡大学成立了一所教育学院。学院的宗旨是通过以赫尔巴特教育学为基础的教学实习为文法学校培训教师。在创办之初，赫尔巴特还想附设一所小规模的寄宿学校，但因资金有限而搁浅。直至1818年，各方面的条件略有改善，赫尔巴特才在政府支持下购得一所房产创办了实验学校。

然而，随着拿破仑战争的结束，涌现出的教育改革热情逐渐消退。普鲁士当局虽然愿意聘用赫尔巴特所培训的文法学校教师，但这些教师却不得不遵从一套按不同的目标和观念设计的教学大纲。以教育性教学精神改革学校教学大纲的意愿，即使曾经一度有过，现在也不复存在了。③赫尔巴特通过实验而制订的一套文法学校教学方法因此未能在全国推行。1833年4月，赫尔巴特重回哥廷根大学任教，担任哲学学院的院长。1835年，他出版了《教育学讲授纲要》,对先前的《普通教育学》作了补充和进一步阐述。赫尔巴特对教育事业非常执著,直到1841年8月14日突然昏迷致死的前两天，他还照常讲演哲学和心理学。

当代世界教育史学界对赫尔巴特教育思想的评价可谓众说纷纭。康斯坦丁诺夫说，赫尔巴特在哲学、政治学、心理学、教育学等一切领域内都是反动的。麦克英雷说，赫尔巴特是新亚里士多德。古德说，赫尔巴特是教育学新体系的建筑师。米定斯基说，赫尔巴特是试图把教育学当作科学规律建立起来的第一个教育理论家。……事实上，就赫尔巴特本人来说，他既不是当时政治舞台上的政治活动家，也不是什么社会活动家。他只是终生从事大学教育，进行教育科学研究的一名学者。

客观地说，赫尔巴特的诸多见解和主张在问世之初并没有产生特别大的影响，甚至有“寂然无闻”之说。加之他的理论本身十分深奥，表述也比较晦涩，所以，在赫尔巴特生前，其教育学说并没有得到真正的重视。正如他自己曾经感叹的：我可怜的教育学已不能提高它的声调了。在赫尔巴特从事大学教育工作的40年里，德国资产阶级革命的舆论正在酝酿之中。“那些在专制君主制度下因教育和生活状况而能够得到一些政治信息并形成某些独立政治见解的阶级，其中的大多数人渐渐地联合成了一个反对现存制度的强大集团。”①然而，无论在大学里还是在社会上，人们的兴趣都不在教育学。特别是1830年以后，受法国七月革命的影响，德国的舆论界发生巨大变化。创立“神圣同盟”的普鲁士威廉三世政府严密控制舆论和学校。“在这里，一切信息的来源都在政府控制之下，从贫民学校、主日学校以至报纸和大学，没有事先得到许可，什么也不能说，不能教，不能印制，不能发表。”②赫尔巴特的教育学说，也是在普鲁士君主政府严控之下的。这一切，使得这位造诣精深的学者晚年颇有寂寞之感。待到赫尔巴特逝世25年以后，即19世纪60年代德国资本主义工业经济高涨时期，他的教育学说才被重视。

1837年，德国新国王即位以后决定撤销1819年带有民主主义色彩的宪法，哥廷根大学七名教授联名抗议国王这一行动，被开除教职，这就是德国历史上著名的“哥廷根七教授事件”。当时身为哥廷根大学哲学学院院长的赫尔巴特虽反对国王的做法，却并未加入签名抗议者的行列，并在国王开除这七名教授后，避免与他们来往。这引起了广大学生对他的不满，进而开始抵制他的课。赫尔巴特曾为自己解释说，抗议不会有结果，只能给大学带来害处。他说：“评判德国人的政治生活能做出什么样的改善，能改善多少，这不是我的事情。我只能说，大学精神不能模仿政治生活，因为大学的本质在科学中。”③在赫尔巴特看来，学者是以自己的学术(科学研究)来影响社会、民生，若是汲汲于政治，还不如直接去搞政治。