1912年4月2日，南京参议院决定，临时政府北迁后特设临时性的南京留守。袁世凯任命黄兴为南京留守，主持留守府，并统帅南方各省军队。

黄兴积极响应袁世凯的裁军建议，将驻苏、皖、浙、闽的军队编成26个师，5个军。尔后又陆续裁遗留守处各部队，一次即解散十几万南方军队。

5月13日，黄兴致电袁世凯请辞南京留守职，并且请求撤销南京留守府，自动把兵权交给袁世凯。袁求之不得，于5月31日发布命令：所有南京留守机关，候程德全到宁接收后，准即取消。6月14日，黄兴交卸了留守处职务。