对于华佗，除了他妙手回春的医术，读者最关心的可能就是一代神医惨遭杀害的真相了。

华佗是曹操杀的，这一点毋庸置疑，见于正史，曹操也因此背上了千古骂名，但关于曹操杀华佗的原因，就出现了两个不同版本。

曹操有头痛的毛病，早年，他这病曾被人治好过，不过这个人不是医生，而是一个“文学家”，就是建安七子中的陈琳。史书记载，官渡之战爆发，陈琳作《为袁绍檄豫州文》，痛斥了曹操，言辞辛辣，骂人不带脏字，颇有鲁迅先生的风采。曹操当时正苦于头风，病发在床，结果一看到这篇檄文，惊出一身冷汗，翕然而起，头风顿愈。

头疼暂时是好了，但并没有根除，后期又再次发作。

这时有人跟曹操说，民间有一个叫作华佗的人，是个神医，药到病除。曹操一听，如同抓住了一根救命稻草，立马派人征召华佗，事情从这里开始，有了不同版本。

《三国演义》中说，华佗见到曹操以后，主张先服用“麻沸散”，然后用利斧劈开头颅，取出“风涎”。曹操一听华佗这个治疗方案，怒火冲天。认定华佗是想要为关羽报仇，在给他下套。于是二话不说将华佗投入狱中，最终将其杀之。这段记载，借助影视、媒体的影响，流传甚广。

但史学家认为，这是小说中虚构的情节，华佗能用“麻沸散”做外科手术不假，但从未有史料表明华佗要给曹操做开颅手术治病。史学家认为，华佗真正的死因是冒犯并触怒了曹操。

曹操将华佗召来，留在身边。每次发病时，华佗就用针刺他的鬲俞穴，头痛马上就能止住。但华佗心系百姓，不愿做王公贵族的专用医生，于是谎称妻子有病，告假回家，任曹操怎么催促，就是不肯回来。曹操很生气，便派人去查看；如果他妻子真的病了，便赐小豆四千升，放宽假期期限；如果胆敢欺骗，就逮捕入狱。

结果，华佗的谎言被拆穿，随即被打入大牢，经审讯验实，华佗供认服罪（汉律：1．欺君之罪；2．不从征罪）。荀彧向曹操求情说：“华佗的医术确实高明，关系着人的生命，应该包涵宽容他。”曹操说：“不用担忧，天下就没有这种无能鼠辈吗？”终于把华佗在狱中拷问致死。死前，华佗曾将集毕生心血写成的医书交给狱卒，说：“这本书可以用来救人。”狱卒不敢收，华佗也不强求，便将书一把火烧了。后来，曹操爱子曹冲病危，曹操悔不当初，叹息道：“悔不该杀那华佗，要是华佗在必定能救我冲儿。”