曹操掌权后，孔融对曹操的乱政行为非常气愤，认为他挟天子以令诸侯实在是大逆不道，因此常在朝堂之上和曹操对着干。

曹操击败袁绍以后，袁绍家的妇人女子多被掳掠。曹丕抢了袁熙的妻子甄宓。孔融写信给曹操，说：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”曹操不明白，但想孔融乃是当世头号文人，便信以为真了，到处查找典故，也没查到。后来问孔融这话出于何经何典，孔融答说：“我按照现在的情况，自己凭空想出来的啊。”曹操这才恍然大悟，孔融这是在埋汰自己，杀意已生。

在这里，孔融把甄宓比妲己，把曹操比武王，把曹丕比武王的弟弟周公，这一下，曹操一家人的关系全乱套了。而且孔融还暗示：你把甄宓许给你儿子和许给你自己没什么两样，其实是你自己看上了，又怕传出去名声不好，所以名义上把甄宓许给你儿子，其实暗地里自己享用。反正是你们曹家的女人，父子同纳一妇，曹公，你真是道貌岸然啊！要知道，曹操一向以周公自比。

曹操北讨乌桓，孔融又讥笑他说：“大将军（曹操）远征，萧条海外，从前肃慎不进贡楉矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊！”

当时，因为战乱频起，天又灾荒，民不聊生，所以曹操下令禁酒以节粮，孔融就去书讽刺曹操说：“天上有颗‘酒旗’星，地下有个‘酒泉’郡，人有海量称‘酒德’，帝尧‘千锺’称圣人。而且夏桀和商纣王是因为女色亡的国，那你干脆把婚姻也禁止算了。”曹操忌惮孔融的才子大名，强忍愤怒，没有立即杀他。御史大夫郗虑出来上奏朝廷，依法免去孔融的官。可他却满不在乎，天天大宴宾客，有人形容曰：“座上客常满，樽中酒不空。”那边禁酒，他被处罚还天天聚众饮酒作乐。孔融此举，纯粹是想搅局。

曹操想恢复古代的九州制，孔融马上提出，要恢复古制就一起恢复，比如古制中的王畿之制，以天子为中心，千里之内应由天子直接管理，不能封给别人。这个时候曹操已经封了武平侯，这明摆着是针对曹操的。曹操这才意识到孔融的危险性。为了维护自己的霸业，曹操不得不向孔融这位大名士开刀。当然，曹操“不会滥杀无辜”，他是有理由的。

孔融曾经扬言“有天下者，何必卯金刀”。卯金刀就是繁体的“刘”字。这就是谋反的论调。按说这个罪名已经足够大了，但曹操觉得不够“十恶不赦”，于是继续找理由。

孔融曾和祢衡互相吹嘘，祢衡赞孔融，说你是“仲尼不死”；孔融则回赞祢衡，说你是“颜回复生”。这就有点不尊重祖宗的嫌疑了。

然而，孔融还有更出位的话。当年曹操屠徐州城，打的旗号是“为父报仇”，汉朝“以孝治天下”，他是为了标榜自己这么做没毛病。孔融和陶谦关系不错，于是替他出面说话：“父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳！子之于母，亦复奚为？譬如寄物瓶中，出则离矣！”大概意思就是说，父亲对孩子是没有爱的，只不过是情欲勃发时的一个产物而已。母亲对孩子，就好比是瓦罐里装的东西，东西拿出来了，跟瓦罐就没啥关系了。

这下子，不忠、不敬、不孝都齐了，这些罪名，意在证明孔融的人品有很大的问题，曹操不仅要消灭孔融的肉身，还要彻底毁掉孔融的名誉，让他死得无比难看。因此，曹操在布告上写道：“融违反天道，败伦乱礼，虽肆市朝，犹恨其晚。”

“杀你，都杀得晚了！”这应该是曹操的真实心声。

孔融被害时，他的女儿七岁，儿子九岁，因年幼得以保全。寄养在别人家中。二子下棋，孔融被捕，不为之动。左右的人说：“父亲被逮捕，不起，为什么？”答说：“哪里有巢毁坏了卵不破的呢？”主人给肉汁，男孩口渴喝了。女孩说：“今天这样的祸，难道能够久活，还要知道肉味吗？”哥哥号哭而止饮。有人对曹操说了此事，于是曹操一发狠全都杀掉。

孔融死后，曹丕向全国悬赏他的文章，有上交者“辄赏以金帛”。在《典论》一文中，曹丕还把孔融列为“建安七子”之首。

一个恃才傲物、不谙世事的才子生活在乱世是可悲的。孔融若活在今天，会是个很好的时事评论家，每天褒贬时事，像我们生活中的一面镜子。只能说，孔融的悲剧不是个人的悲剧，也不是性格的原因，而是那个时代的悲剧。