孔融是孔子的十九世孙，少年时便聪慧异常。他的七世祖孔霸是汉元帝的老师，官至侍中，父亲孔宙，曾任太山都尉。孔融十三岁那年孔宙去世，孔融痛不欲生，病得需要别人搀扶才能站起来，天下人都称赞他的孝行。

孔融为人也很仗义。名士张俭为中常侍侯览所忌恨，侯览密令州郡捉拿张俭。张俭与孔融哥哥孔褒是好友，于是逃到孔褒家中。当时，孔褒不在，张俭觉得年仅十六岁的孔融太年轻，没有告知他自己的处境。孔融心思敏锐，能急人之难，他看见张俭窘迫的样子，就对张俭说：“哥哥虽然在外未归，我难道不能为您的东道主吗？”因此留张俭住在自己家。

后来事情泄露，官府秘密搜捕，张俭逃脱了，孔褒、孔融却被抓了起来，兄弟二人争着认罪。孔融说：“收容匿藏张俭的是我，有罪归我。”孔褒说：“张俭来找我，不是弟弟的罪过，罪在我，我心甘情愿。”官吏问他们的母亲，母亲说：“家里的事情都由长辈决定，罪责在我。”一门都争着赴死，郡县迟疑不能决断，于是向朝廷请示。诏书最后定了孔褒的罪。孔融因而闻名，与平原陶丘洪、陈留边让齐名。