回乱乘太平军事而起，然不与太平相应合。有宗教之隔阂，有种族与地域之限制，故无迎附太平之意，亦不遽逐鹿于中原。中原方急，清廷可置为缓图，惟养乱久，故戡定较费力耳。回事分三部分：（一）陕、甘，（二）新疆，（三）云南。陕、甘、云南，皆自古为回族入居之地，而声势又不相联络；新疆则域外之回部酋长乘虚来袭，而南疆回部从之，北疆亦为所荐食，俄罗斯又从而生心，此回乱纠纷之派别也。未乱之前，甘、陕、云南汉回仇杀之案，相续不绝。人数则汉少于回。回有宗教之团结，汉又较分散无力。平时受制于官法，尚时时酿乱。太平军时，兵饷皆绌而官力微，又往往招募回丁助战，益借寇兵而长其焰，此回乱之因也。
回变多在甘肃，而陕西之回众声势，其时有巡抚毕沅一疏，因查禁新教苛扰激变而言，可借见陕、甘回民之状。疏言：“陕属回民，较他省为多，而西安及所属之长安、渭南、临潼、高陵、咸阳，及同州府属之大荔、华州，汉中府属之南郑等州县，回民聚堡而居，户口更为稠密。西安省城，回民不下数千家，城中礼拜寺七座，其最大者系唐时建立，各寺俱有传经掌教之人，称为阿洪（或作“阿浑”），不相统属。从前长安回民械斗案件颇多，究因地方有司管教不善所致：非存心姑息，遇事宽纵；即因其回民，有意从严，遂致私图报复，互相仇杀。此后如实有随同新教，或别立邪教，即当严绝根株。倘不过寻常念经礼拜，即不必另立科条，致滋扰累。”疏入，谕各省行之。自此内地回族安堵。咸丰末，河南巡抚严澍森遣募荔、渭、泾阳回勇六百，赴汴防守，颇资其力。未几，澍森调湖北，遣撤回勇。回勇诣陕省团绅投效，时在同治元年。太平军陈得才合捻众入武关，窥省城，省防标兵多远征，巡抚瑛棨飞章乞援，官文、曾国藩商遣多隆阿或舒保援陕，道远弗能至，民团战败，回勇亦散归，经华阴小张村，伐民家竹为矛，主家噪逐，格斗毙回人二，余逃入回居之秦家村，纠众复仇。会太平军阻渭不得渡，仍出潼关入豫境，而回乱则已酝酿甚炽，汉民亦起相抗，焚杀相踵，村镇往往为墟，诏瑛棨谕解，而由团练大臣张芾亲往，遂被戕于回，由是困城戕官，杀屠万计。同州、西安回焰既炽，凤翔回亦杀汉民与相应。甘肃回皆蠢动。时川、滇土匪，及太平军与捻众，出入奔窜，多隆阿已入陕，又追剿东还，诏胜保督陕西军，以雷正绾副之。二年二月，甘回陷固原，宁夏、河州、狄道、平罗、灵州皆反侧。旋又围攻平凉。多隆阿既逐贼出陕，仍返剿回。自二月至四月，连战皆捷。八月，甘回陷平凉，复攻泾州。诏趣多隆阿西援凤翔、平凉。九月，解凤翔围，凤翔被围已十四月。将进剿甘回，而于十月滇匪蓝大顺窜陷盩厔，多隆阿移师困之。盩厔城小而固，大顺百计守御，久不能拔。而陕回慑多隆阿军威，渐西趋。宁夏又有汉回互斗之事起，兵备道侯登云练民备之。将军庆瑞主抚，奏劾登云，勒汉团缴械，回遂夜袭陷宁夏城，登云被害，汉民屠戮无遗。满城隔数里，庆瑞佯为弗闻。次日，灵州回起陷州城，而马化隆本据金债堡，设碉卡，纳亡命，反侧鸱张。宁夏既陷，其酋赫姓，使使迎入城，群回跪道左，咸听命焉。化隆自其父马二与穆大阿浑善，穆大阿浑习新教，临死，以所服白帽红衣授化隆，属徒众归其管束。大阿浑之孙穆三、穆四、穆五，均为新教阿浑，自京师、天津及黑龙江，吉林之宽城子，山西之包头，湖北之汉口，均有新教徒党，潜匿勾引。化隆又自托神灵，妄言祸福，群回倾信之。化隆既起，遂足以号令甘回，厚集其毒矣，时陕回已渐肃清，多隆阿兵若不顿，甘回可以被慑不动。既为由滇入川之蓝匪所掣，而旗员之为将军于宁夏者又助成之，是为陕、甘、回乱尽发之日。
多隆阿攻盩厔久，朝廷以多隆阿行军决胜最神速，怪此役独迟，严旨催督。多隆阿以为耻，三年二月，力攻之，自登炮台援桴鼓，枪伤目，卒克其城。蓝大顺走汉阴，为乡团所截杀。多隆阿以伤重，请以穆图善权钦差大臣，四月，卒于军。朝命西安将军都兴阿督办甘省军务，提督雷正绾帮办。又以杨岳斌为陕甘总督，代熙麟。巡抚为刘蓉，亦湘中名流，督诸将进攻回所陷城邑，时胜时败，此克复彼又蠢起。又艰于粮运，军以缺饷而哗变，即不变亦屡为回所乘。当同治五年间，甘省小麦一石值银一百六七十两，他粮称是。甘既穷瘠，不能不仰给于陕。西捻复入陕**。六年春，曾国藩檄鲍超霆军、刘松山老湘营西援。超以勇著名，为宿将。松山为王錱旧部，能得錱部勒法，而益以识力胆勇，为后起之异材。国藩之为陕计，为剿捻计，可谓周矣。顾于是时，鲍超方剿东捻，与淮军刘铭传共扼捻于湖北德安、安陆之间。尹隆河之役，超出铭传于险，铭传耻素轻霆军，而今反倚霆军自救，乃以其失利诿咎于霆军之失期。李鸿章据铭传言入奏。时超已援铭传于围中，续得累胜，自喜有功，忽奉严饬，大愤，引疾解军职。惟松山独入关，逐捻方急，亦不暇问回。岳斌督陕、甘被困，乞养，且陈病。朝廷乃移左宗棠自闽、浙督陕、甘，时为五年十一月。未几，宗棠于武昌途次，又奉钦差大臣之命，且从所请，以按察使刘典改三品卿帮办军务。松山于其时先抵西安，盖五年岁杪事也。甘回乘陕有捻患，时时入掠，逐之则退，去辄复来。刘蓉以事罢，乔松年代。六年二月，回、捻分扰全陕，各路请援，松年无以应，惟奏催宗棠。宗棠顿汉口，募勇未集。陕官绅沥请宗棠速赴，宗棠非于军事饷事有成算不遽进，惟松山一军战捻，所至必胜。盖用老湘营之节制，又倚国藩之饷源。老湘营者，王錱始起之名也。是时剿捻尚得力，而甘回蔓延，不暇深问。其入陕，则遇辄剿之，亦倏进倏退。至六月，宗棠始抵潼关。九月，赴泾西分布诸军，所部近百营。刘松山领万余人，郭宝昌三千人，刘厚基三千人，是为剿捻之师；高连升三千人，刘典五千人，是为剿回之师。杨和贵、周金品三千余人屯凤翔，周绍濂二千余人屯宜君，吴士迈千余人防渭，复以亲兵三千余人、水师千人、黑龙江马队千余人，分屯华州、华阴、潼关、渭南、临潼间，是为兼讨捻、回之师。于是群捻锐意渡河，掠山西以窜畿辅。朝廷召宗棠，宗棠急东下，置回为缓图，而以前之部署皆暂辍，奏以刘典代督陕、甘军，与将军、巡抚联衔奏事，自金锁关移驻省城，诸将均听节度。时肃州亦久陷，甘省遍地皆回。七年二月，刘典以乔松年病免，兼署陕抚，身驻三原捍回，或退咸阳，或回驻三原，遣兵渐击回于北山，寇巢皆尽。六月西捻平，宗棠入觐，所部松山、宝昌等军及喜昌之马队皆还陕。
宗棠之入觐也，帝询平陕、甘期，奏五年竣事，时为同治七年六月。至十月，还西安，既克灭贼期，亦约定竭邻省力供饷，士饱马腾，一洗关、陇饥困故态。盖无此时会，无此信用，无此筹策，皆不足以成之。自宗棠入陕而西陲气象一变。西捻由陕窜晋，寝向畿辅，急于入卫，而又一停顿，至是乃有一全局之规画，与自立不败之把握，则必胜之道在是矣。宗棠既还西安，分檄诸将定屯骑地，兼顾防剿，独留松山一军稍憩于洛阳，待毕婚乃行。宗棠檄由茅津北渡入晋，乘冰过河，径趣陕北。时陕中汉民屯结御回者，久而成盗，遂为陕省土匪。匪以延、绥间董福祥为悍，犯绥德，窥榆林，失业无赖及饥军溃卒附之，众至十余万。十一月，松山至汾州、永宁，购行粮渡河入绥德。匪巢散布大、小理川间，纵横二十里。松山分军攻大理川，自攻小理川，所下匪巢以百数。度榆林，至靖边，屯定边，又屡败之。匪并窜镇靖堡老巢。松山抵镇靖，福祥之父世猷跪地乞降，旋福祥亦降，收其众十七万，自是土匪无悍股，得专力于剿回。回方自陕麇集陇边庆阳，北通金积，东走陕疆，往来无阻。甘省大帅以抚回为得计，回旋叛旋服，玩弄诸将。陇西士民，望左军如时雨。八年正月，陕境渐平。二月，宗棠移驻乾州，益督诸军西进。时庆阳群回，以董志原为坚巢，十八营凶渠皆聚。宗棠檄诸军克期破董志原，凶渠亦败死相继，乃议弃董志原，并入金积堡。老弱辎重既去，官兵攻之辄下，遂以董志原为入陇诸军驻地，四出收复庆阳、泾州所属，歼回至二万余，获骡马万计，拔难民万余人。三月，诏促宗棠赴泾州受总督印，兼顾秦、陇，以陕事责刘典，边外事责金顺。四月，诸军肃清陕境，宗棠檄分趣陇东，自率亲兵道永寿、邠州、长武以赴泾，开赈恤，集流亡，劝民种秋粮。兵燹遗黎，栩栩有生意矣。
宗棠之檄诸将入陇也，松山独受令由定边趣花马池，盖使径向灵州攻回中最巨之酋，以拔祸本。巨酋以金积堡之马化隆为最。化隆又名朝清，能嗾使群回，而又阳代陕中诸回乞抚，反侧取便利。陇中宁夏将军署督穆图善惑抚议，西宁办事大臣玉通更惟回是听。松山以八月抵灵州，甘回自谓已抚，诣军诉疑惧状。松山曰：“陕回拒命者集此，故来讨。已抚甘回皆良民，何惧？”飞札金积回酋马朝清，告各寨安居无恐，且以甘回十余人前导，示无猜。乃奋击陕回所踞郭家桥，毁其堡二十一。战时甘回恐动，榜堡列队，放枪大呼，松山诫军士勿问。旋径来犯，始开壁击之，回败勿追。陕回既败，窜踞吴忠堡，金积回阴合之，复来犯。松山击之，回败，遂逼吴忠而垒。自是累蹙回，并挠其刈禾。而都中乃有言松山滥杀激变者，穆图善亦疏言马化隆不宜剿，恐激其走险。朝廷疑松山不可恃，命宗棠别派军顾北防，适宗棠报捷疏至，疑稍解。陕回被攻，辄因马化隆乞抚，令缴马械乃议抚，则出朽枪羸马以应，而昼夜修备如不及。官军尽破金积旁近回垒，乃进攻灵州。先谕化隆令回献城，化隆阳乞展期，陕移灵州眷属入金积，引陕回入城助守。不数日，攻下灵州，并其城南石垒，斩回酋数人，俘获亦夥。十月，西向扫**狄道、河州间，而驻军安定、会宁、静宁，以通省城驿路。官兵连破回寨，化隆亦连乞抚。十一月，宗棠又移驻平凉。松山督诸军逼金积，尽剪其旁近堡垒。宗棠以平凉、固原、泾州、庆阳急，檄数将领分屯一路要隘，以相犄角。此当时湘中所推左军独以避长围防后路为胜着，正此谓也。化隆屡嗾诸回间道拊官军之背，或断其粮道，皆以有备不得逞。官军得步进步，故失败恒少。九年正月，化隆嗾党返扰陕，一由宁州、正宁入陕之三水，一窜甘泉，与延绥土匪合，于是陕北皆警。朝旨严催宗棠还顾陕。化隆自诩得计。松山攻回酋马五寨，寨大而坚，誓以死拒。松山自督军士举薪烧寨门，飞炮中左乳，诸将奔视，松山叱其出战，遂俘马五，克其寨，还报松山，乃瞑。
松山字寿卿，湘乡人。兄弟皆从王壮武公錱军。兄名厚荣，从錱岳州战殁，是为襄勤公锦棠之父。松山嗣子鼒，当即厚荣少子。《旧国史·刘锦棠传》：“自新疆敉平，建置略定，锦棠即引疾，且以祖母老病陈请终养。（光绪）十三年二月，复申前请，谕令锦棠弟河南候补道刘鼒回籍侍养。”则知鼒系锦棠胞弟也。其卒后，左公奏言：“松山以勇丁从征，洊擢提督，剿办发、捻、回匪，无役不从，无战不克。自入灵州以来，**平堡塞五十余，贼巢九十余。上年七月初，师由花马池前进时，马化隆潜调西宁马朵三，嗾撤回助逆，马朵三以千五百骑应。未及一月，经松山剿败遁归，自此西宁逆回不敢复至。河州逆回马占鳌前在宁夏大言于众，密助陕回。及松山屡捷，目睹军威，不敢复逞。故化隆求援于临洮谢四及靖远马聋子，而河回终未与俱。其威震西陲如此。治兵严，不尚苛察，临财廉，不肯苟取。行师御敌，得古人静如山、动如水之义。居心仁厚，而条理秩如。语及时局艰危，辄义形于色，不复知有身家性命。从征伐十八载，仅募勇归籍一次，家居十余日耳。年三十有七，聘妇未娶者二十余年。臣由直隶西旋，知其妇家送女至南阳已两年余，嘱其行抵洛阳，于募勇未到之暇，克期完婚。适甘肃土匪蔓延，臣饬令督队入秦，松山奉檄即行，婚甫半月。观人于微，虽古良将何以过之。”曾文正公亦奏言：“松山在军，无日不讨士卒而训迪之。虽战罢宵深，尤殷殷劝诫不休。平日公忠自矢，又实足以激发士气。是以守宁国之时，疾疫盛行，十人五病，饷项久亏，而有警则一呼齐集，弁勇不以为困；渡江剿捻，诛罚不用命者，弁勇不以为酷；北道崎岖，军中盛暑运粮，与骡驴负重并行，弁勇不以为虐；绥德之役，哥老会匪，一见主将归来，罗拜输服，不闻退有后言。（西征军屡有哗变，中有哥老会匪嗾之，老湘营亦有此事。松山闻变，自入变军，晓谕即帖服。）其与淮军及豫、皖、秦、陇诸将相接，亦皆推心置腹。至性相孚，众情之翕服，实为近今所罕见。乞并宣付史馆，俾名将行实昭著。”
松山既殁，所部即以其从子锦棠代将。天生刘氏叔侄以定西陲之乱，以成左相之功，非偶然也。宗棠善与贤者共功名，然遇年辈相临、名位相埒者，则务欲以意气胜之。金陵克城时，以曾军先报洪福填已歼，及逸寇皆戳，遂极诋曾军奏报欺饰，致相龃龉。然至西捻平时，有奏云：“臣尝私论曾国藩素称知人，晚得刘松山，尤征卓识。松山由皖、豫转战各省，国藩常足其军食，俾一心办贼，无忧缺乏，用能保垂危之秦，救不支之晋，速卫畿辅，以步当马，为天下先。此次巨股**平，平心而言，何尝非松山之力。臣以此服国藩知人之明，谋国之忠，实非臣所能及。仰恳天恩宣示中外，以为疆臣有用人之责者劝。”其推挹松山，因而归美国藩。后国藩既逝，宗棠即以此为挽联，所谓“谋国之忠，知人之明，自愧不如元辅”者也。要其用意气结合松山者至矣。松山卒于同治九年正月十五日，马化隆知之，凶焰顿炽，号召河州、狄道诸回，亦皆受嗾来犯，突陷雷正绾所守峡口垒。又自宁州、正宁窜陕境。朝廷恐宗棠所留兵不敷分剿，诏李鸿章入陕，督办陕省援剿事宜。旋刘典奏陕已肃清，乃止。锦棠益痛击金积内外援应之回。化隆既踞峡口，决渠水灌官军，锦棠预浚沟泄水，因以筑堤困金积。化隆再乞抚，仍嗾回党犯陕，既皆不得逞，尽逐来援诸回益远，金积外援益绝，掘濠筑墙以困之。至十一月，力尽乃降，缴出炮数十尊，枪数千杆，金银铜钱合银十九万有奇。又掘地搜得所匿洋枪千数百杆。十年正月，讯得北口贸易交通洋人等罪状，化隆及其子耀邦俱磔死，杀其弟侄等助逆者十三人，及伪官八十余人。其客民及被胁甘回三千余，安插平凉。金积男妇一万二千余，安插固原。毁其王城、东府、西府，搜违制诸物悉焚之。化隆就俘，回党见之，犹长跪，呼之始起。既诛，回势遂瓦解。
金积堡既下，宗棠搜捕平凉以北、宁夏以南回、土余匪，匪尽西窜河州。宗棠檄诸将修治兰州道，利转输，储军火于平凉之静宁，徐图进取。三月，朝旨促进规河州。宗棠以洮河湍急与黄河等，自狄道、陇西、安定进兵，皆须造船架桥，势难立办，且收获期远，前无可因之粮，非稳着也。五月，桥成粮备，乃檄诸将进。锦棠扶榇南旋，以萧章开暂统其军。七月，宗棠移驻静宁。陕回入甘者，自宁夏既平，益窜而西，白彦虎、崔三、禹得彦等巨酋，皆掠西宁旁近；肃州回先已纳降，至是复叛，甘、凉戒严。八月，宗棠复移驻安定，诸将转战，攻毁洮河以西回垒。三甲集在洮西，为河州门户，十月下之，进克数堡。会诸将攻河州大东乡，回献马乞抚。察其未至极窘，非诚意，弗应，迭破四垒。至十一年正月，诸将傅先宗、徐文秀先后战殁，军气稍挫。宗棠急檄王德榜接统傅军，沈玉遂接统徐军，申明纪律，乃复振。河州回酋马占鳌闻官军增垒复进，使使诣行营哀请缴马械听抚，先后缴马四千有奇，枪矛一万四千余件。西宁回目马永福等亦乞降。二月，各遣子弟赴宗棠安定大营，献马五十匹。宗棠纵令归巢，群回疑畏尽释。乃奏：“办抚以迁徙客回、安辑土回为要。河州全境周五六百里，回多汉少，杂以番众，同治元年变乱以来，陕回多避居其中。自陕境肃清，金积扫**，固原东、西山继平定，各属倡乱之回，亦多寄拏其间，此客回之应徙者。其本籍汉民，有受河回胁制，甘心役使，名为随教者；有仇隙已深，逃至洮、岷、狄道充当勇丁，而亲属仍留者，宜分别拔出。其外来汉民，有被陕回裹胁而来者，有被河回裹胁、认为义子、齿诸奴仆者，宜勒令交出，送回原籍，此汉民之应徙者。至安辑之法，则檄安定、会宁、平凉、隆德、静宁各牧令，择荒地便水草者，安置降回。”以此分别办理，河州平。
肃州之叛也，宗棠奉诏派劲兵西赴，已檄徐占彪赴之。四月，占彪进屯肃州中和桥。五月，攻肃州东关，克其大卡一，遂攻塔尔湾，破其堡四、墩卡十九。时锦棠自湘还陇，宗棠令道平凉、兰州趋西宁，盖白彦虎、禹得彦犹踞西宁旁近拒命。锦堂至碾伯，榜谕甘回安堵，专讨陕回。七月，宗棠进驻兰州省城。时肃州东西南三面贼垒皆尽，而陕回禹得彦、崔三、白彦虎等旋围西宁。九月，锦棠破走之，西宁解严。十二年正月，悉定西宁各回堡，群酋皆降，惟白彦虎向肃州，官军攻肃州不下，彦虎先遁关外，入安敦玉境，遂独与回疆踞回合。肃州城濠深三四丈，冬夏不涸，古所谓“酒泉”。官军以巨炮轰城，城坍而阻濠不得进，辄被回酋砌补。占彪因攻坚伤足，宗棠乃亲赴肃州督军。八月，至肃州，将士踊跃攻城，炮中数将，不克。宗棠见仰攻损精锐，乃增修濠垒困之。锦棠蒇西宁事，檄令至肃助剿。九月，锦棠至，日令降回马福寿等驰马城下，呼回酋马四等曰：“死期将至，善自为谋。”马四乃亲诣大营乞命。谕令先缴马械，次造土、客各回名册，听候安插。核对册籍，拔出汉民。磔马四等八人，杀客回一千五百余、土回五千四百余，皆积悍所并聚也。肃州平，大升赏，宗棠以总督协办大学士，追松山功，赏男爵，余给赏有差。
（二）新疆。乾隆开辟新疆，前已叙及。至道光初，昔时大和卓木博罗尼都，子孙遁居敖罕，有孙曰张格尔，以和卓之名，乘回疆办事旗员昏愦失职，境外属回之愤怨，得用安集延布鲁特之众作乱，陷喀什噶尔，时在六年八月。当是时，朝廷犹以故事主兵者必旗员，诏用伊犁将军长龄为扬威将军，宿将杨遇春以署陕甘总督为参赞。贼旋尽陷西四城，官军扼浑巴什河，东四城无失。杨遇春、杨芳等迭复各城，以七年岁杪，会擒张格尔于喀尔铁盖山。是役经年余而毕，以非甚劳瘁，不详列其曲折。自是历三十余年，至同治初，陕回乘太平军之衅倡乱。有陕中阿浑妥明出关，至乌鲁木齐，结参将索焕章，焕章奉妥明为帅。会乌鲁木齐都统勒捐防饷，奉行之役皆回人，汉民怨愤，抗捐兼有仇回之意。
都统时为平瑞，为回所戕，《国史》列之《忠义》，遂不言其激变之由。此从《湘军记》。
三年四月，奇台县回汉民斗于市，回败。其时库车有能叛回警，南路回皆蠢动。乌鲁木齐为都统、提督所驻，乃新疆都会。提督业布冲额遣兵赴南路讨叛，其兵多回人，至喀喇沙尔（今改焉耆）溃归，举城反，时在六月。索焕章手戕提督并其家属，据汉城，推妥明为主，焕章自为元帅，进围满城，八月陷之，都统平瑞殉节。于是乌城属邑奇台、绥来、昌吉、阜康及哈密、吐鲁番、呼图壁、库尔喀喇乌苏，先后失守。妥明进号清真王，不用焕章，多引马姓诸回为元帅。此为陕、甘出关之回，其人与内地回无别，亦与汉人无异式，是为新疆东路之回变始拥有名号者也。
既而东路回结新疆缠头回，共取南八城。缠头回与境外属回为近。属回旧以敖罕部为敢战。敖罕一作浩罕，有四城。其东一城名安集延，距回疆喀什噶尔城仅五百里。其人好贾远游，新疆南北各城处处有之，故即以安集延名敖罕。敖罕其时为俄所逼，国都已被并入俄，其酋号帕夏，宗棠奏中谓即“伯克”转音。其人名阿古柏，东保安集延而王。喀什噶尔奸回金相印导帕夏入境，以兵取喀什噶尔，次第攻夺南八城。缠回以其同类，颇归附之。妥明欲结缠回取此八城者，已为缠回导属回先之，遂遣党分陷山北诸城，塔尔巴哈台回民亦叛。五年，缠回又攻陷伊犁九城，新疆南北皆乱。其间汉民乃结团自保，寇至则战，寇去则耕。其田公种公收，立壮士为之长，兵事田事皆属焉。乌鲁木齐诸属城皆有团，团各有长，先后战死，而迪化徐学功战最力，而历久不败，遂独以民团支拄其间，隐然为一重镇。学功者，乌鲁木齐农家子，好技击。值回乱，结健儿数十，掠回庄赀货自赡，遇汉民力护之。后附者益众，集至五千人，精练马队，每战突阵，骤如风雨，回见之辄走。帕夏闻其名，惮之，使使约和。九年，妥明遣将攻库车而败，帕夏潜勾妥明他将马仲，自吐鲁番共攻妥明。妥明降帕夏，帕夏仍令为清真王，居乌垣；以马仲为阿奇木，总回务。仲又与学功战，被阵斩，仲子人得袭职。人得与妥明积仇，纠安夷攻妥明。帕夏乃约学功共攻吐鲁番、乌鲁木齐，皆下之，妥明走绥来死。于是安夷又跨乌鲁木齐。始叛之回，名号无复存矣。新疆遂为安夷所据地。
帕夏之交学功也，以学功善战，计必为清廷所用，冀与相结，向清廷荐己王南八城，而以乌鲁木齐至哈密地，使学功归献清廷以为功。既见学功百战不得一阶，乃轻之，令还南山，以乌垣仍任马人得绾回务。
《湘军记》云：初，帕夏闻徐学功善战，故与友善，冀其柄用，荐己为哈密王，以南八城归献朝廷。《清史稿·学功传》因之。夫帕夏乃安集延酋，失其本国之西境，东取中国回疆八城，其壤地故相接也。若谓冀作哈密王，而以八城使学功归朝廷，则回疆全归中国，而东取哈密，与其本部安集延相隔数千里，且弃安集延本土，帕夏亦何爱于锢入腹地之哈密一隅以自王乎？以其不近事理，且此本帕夏之愿望，后来并无事实可证，辄为改其文如上。
学功大恚，屡攻乌城。土回、缠头时投学功，时投入得，转辗受役，迄不得息。十年五月，俄罗斯以代收伊犁来告，且言将进攻乌鲁木齐。诏署伊犁将军荣全赴伊，收回城池；直隶提督刘铭传出关，规复新疆；都统景廉、成禄规复乌鲁木齐；左宗棠、穆图善拨兵顾关外。铭传等皆不果行。宗棠则饬徐占彪驰赴肃州，代成禄，使出关而已。时攻河州方急，不遑图远举也。其冬，俄人果纠土回、缠头袭乌垣，阳称赴绥来市易，驱驼马羊只数千，载洋货银钞以行。学功截之于石河，距绥来止八十里，斩俄人及回、缠数十，余悉纵还，尽夺其畜牲货钞，俄东窥之念乃息。十一年春，景廉率师抵古城，招学功率所部开屯；哈密办事大臣文麟亦招之，于是乌垣附近屯田大兴。学功及哈密团首孔才，皆以其众为朝廷任耕战，官皆渐擢至提、镇。回疆稍见中朝号令措置矣。十二年三月，陕回白彦虎西窜，官军方攻肃州，彦虎为肃回应援，败走出关。至秋，掠乌垣、绥来，为学功所截，夺其驼只货物，彦虎势益孤弱，遂服属于安夷矣。九月，宗棠克肃州，陕、甘平，乃议扫除关外。
左军之扫除关外，事已在光绪年间，与本节标题不合。但收复新疆与戡定关、陇，人材国力，俱是相连之一事，不能不乘关内既平，并述其始末，且认此为同治中兴之结果，湘、楚立功之终局。以后之事，即西后干政，贿赂公行，有亡征无起色矣。故越时代界限而列之于此。
新疆向为旗员豢养之地，清廷本不愿汉人过问。当陕、甘既平，有诏乘势进规关外，但令金顺、景廉、穆图善辈主兵事，而命宗棠接济军饷，指派左军中张矅、宋庆驰往啥密，会文麟剿贼。盖以汉人领兵者为偏裨而已，初未欲以督师之任畀宗棠也。是时新疆形势，南八城已为帕夏所据，伊犁为俄所代收，其极东之一州三厅，原与安西同属甘肃。然自肃州嘉峪关以外，清廷已视为禁脔，故使穆图善自泾州移驻安敦玉，为景廉、金顺等声援。其于宗棠，盖以外人视之。至十三年七月，命宗棠为大学士，犹使留陕甘总督任，而以景廉为钦差大臣，督办新疆军务，金顺为帮办，是时犹未有任宗棠出关意也。光绪三年二月二十七日乙未，景廉乃奏宗棠筹办粮运未能合宜，以宗棠主由北路乌里雅苏台、科布多用驼运，户部侍郎专办西征粮台之袁保恒主由南路肃州，用车骡运，意不合。宗棠既已奏争之，景廉乃右保恒而抑宗棠。盖不但兵事不欲任宗棠，饷事亦不欲任宗棠也。宗棠复奏称：“凉与甘肃向称腴郡，乱后人少地荒，关外安玉敦尤甚。今采买至十九万石，抵承平时全省一年额赋，犹疑其尚可加采，夺民食以饷军，民尽而军食何从出乎？以挽运言之，车骡负粮多，而饲养所耗亦多；驼负粮少，而饲养所耗亦少。以所运程途言之，车行三十日，而所负之粮尽；驼行三十日，而所负之粮尚可稍余，以济待饷之军。驼行内地及戈壁，日耗粮三斤，若行边外，则食草不必食料，所省又多。自来军行北路，用北路之粮，无由关内运济北路者。今肃、甘、凉运安西，由安西运哈密，已为从前承平时所难，若尚责其逾天山运巴里坤，更由巴里坤运古城，劳费固不必言，试思关内之粮，除人畜食用，无论骡之与驼，能运至哈密者几何？能运至古城、至巴里坤者更几何也？臣前称粮仅可运至哈密者，只就运至哈密尚有余粮供军计之，且指负多食少之驼而言，非指车骡也。景廉但知乌、科之粮难运，不知肃州之粮可采可运，而无可供前敌之军，翻不如北路驼运，劳费相当，免耗粮草，究有可供前敌之军也。臣指乌、科为言，盖以北路商旅往来，有一捷路：由归化城、包头而西，稍北至蛇太、大巴，共十余站。其间为乌、科及归化各城所属蒙地，无台站而有屯庄。蒙、汉杂处，自为聚落，产粮之地颇多，雇驼亦易。由大巴西北十六站抵巴里坤，则无台站，无屯庄。计程以驼行一日为一站，自归化城起，驼行三十余日可抵巴里坤，遂呼为三十余站。所经之地属何城管辖，无从确悉，但称乌、科，实则近时商旅赴西路者，均以此路为捷径，未尝绕道乌、科两城也。臣意欲此路粮运可办，于前敌军食有裨，而关内之粮递运安西、哈密，亦可由巴城由驼接运，庶前敌军食，以两路供之，不虞缺乏。此后安敦玉耕垦渐广，庶运粮两事尚或不至束手。”
由此奏，可见新疆用兵，以军食为最难继。宗棠惟确有成算，乃有用兵关外把握。军机中恭王及文祥辈皆尚晓事，故能知旗员之不足恃。又因宗棠言，召回景廉，并召还袁保恒，遂以宗棠为钦差大臣，仍用金顺为帮办，是为宗棠任关外军事之始。顾宗棠既任关外事，朝论又主弃关外矣。道光以来，海防紧急，曾、左、李诸帅，于太平军事之后，即兢兢以造船制械取法泰西为务。同治九年五月，天津教案，殴死法国领事，焚毁教堂，法人责言汹汹。曾国藩方督直，委曲与法议结，正法滋事人民至十五人，军流者二十一人，天津府县官皆遣戍，国藩至有“外惭清议，内疚神明”语。其实是时普、法开战，法且不国，而时无电信，中国不之知也。十三年四月，复有日本船避风泊台湾，为生番所杀，日本派兵登岸，进攻番社，朝命沈宝桢为钦差，与日本议恤金五十万，乃撤归。议者多注重海防，遂以新疆为当弃，乃可专注意于海上。由今思之，恐亦旗员不主新疆兵事之影响也。从前军事，虽非若新疆之本为旗员私物，犹未尝以汉人主兵。太平军明明由汉人戡定，金陵既下，报捷犹推官文领衔。淮军平捻，当时亦推都兴阿领衔奏捷，都兴阿绝不敢自任，乃止。是为汉人主兵之始。新疆则事更不同。撤景廉而命宗棠，或旗员以为与其坐失汤沐地以资汉人，不如满、汉均失之之为快也，遂倡言弃南八城封帕夏为外藩；英使威妥玛乘机复为之请。二年春，宗棠方将自兰州启行出关，而关外应弃之说甚盛。时宗棠方筹定粮运之法，又与俄商订定购粮，诸有次第，乃奏言：“乌城之贼，土回居多。白彦虎复挈陕、甘悍回，分踞红庙、古牧、玛纳斯，与相联络，而皆南通帕夏。帕夏即敖罕部安集延回酋和硕伯克也，帕夏当即伯克之转音。自帕夏踞南路各城，吐鲁番、辟展以西土回皆附之。帕夏能以诈力制其众，又从印度多购西洋枪炮，势益猖獗，土回、缠头皆倚之为重，然不敢显与俄国较，俄夷亦颇言其狡悍异诸贼。今官军出塞，自宜先剿北路乌垣等处，而后加兵南路。当北路进兵时，安集延或悉其丑类，与白彦虎合势死拒，当有数大恶战。如天之福，事机顺利，白逆歼除，安集延悍贼亦多就戮。由此而下兵南路，其势较易。‘是致力于北而收功于南也。若贼情先图自固，但作守局以老我饷，则旷日持久，亦在意中。外间议论，或以为事可缓图，或以为功可速就，或主撤兵节饷，或言难得易失，其命意皆因裨益洋防起见，岂真由衷之言哉！臣一介书生，高位显爵，为平生梦想所不到，岂思立功边域，觊望恩施？况年已六十有五，日暮途长，乃不自忖量，妄引边荒艰巨为己任，虽至愚极陋，亦不出此。而事固有万不容已者。乌鲁木齐各城不克，无总要之地以安兵。今伊犁为俄人所踞，喀什噶尔各城为安集延所踞，此时置之不问，后患环生，必有日蹙百里之势。此区区愚忱，不敢不尽者也。”疏入，军机大臣文祥力赞之，乃获成行。
是时英、俄、印度之接触，英欲扶回部以为印度藩篱，故安集延亲英而远俄。俄与安夷不洽，故不禁其商民售粮于中国征回之军。俄粮可直运至军前，其价必需现金，现金不易骤集，因有募债之举。募债之事，起于宗棠。时有杭州巨商胡光墉，恒与洋商交易，为宗棠献策，可以预提经入之款，作目前急用，稍付利息，分期偿还。宗棠前曾借三百万两充西饷，而于同治十三年，因日本启衅台湾，亦曾为沈宝桢介绍借款。其借款无需政府名义，但由借债之主管官给予付息还本之印票，胡光墉即作保人。至西征饷款，出自各省海关协解，借债即由各关扣还。宗棠任关外饷需，早已筹及，故定借洋债一千万两。江督沈宝桢奏以为债不可借，而西征兵不可罢，当国家自为计。东抚丁日昌则以为借债之额，愈少愈好。乃定为借四百万，而奉旨准借五百万，并于部库拨借四成洋税二百万，各省应解西征协饷，提前拨解三百万，仍足千万之数。斯为朝廷曲谅劳臣，亦宗棠之廉名有以致之。夫西征军事，有老湘营之节制，有刘氏叔侄之才气，有百战之经验，有宗棠之调度，何愁不克，所难者饷与运耳。宗棠于二年二月二十一日由兰州启行，奏言：“所部已陆续拔行，至肃州取齐，分起次第继进。”
另奏有云：“师过哈密，行戈壁中，糗粮可裹带以趋，柴薪草束可储峙以待。惟水泉缺乏，虽多方疏浚，不能供千人百骑一日之需，非分起缓进不可。”
“大约由肃州以西，接台站行走，中途无需停顿。由巴里坤达古城十一站，应察看地形，留驻数营，防贼旁窜。抵古城后，须军粮取齐，乃可趣战。臣宗棠所带亲兵马步各营，暂驻肃州，俟前路粮料运至古城，后路肃州、安西、哈密各有粮积，乃可前进。其前路进止机宜，已面授总理行营营务处西宁道刘锦棠，令其相机办理，不为遥制。俄粮之运古城者，截至四月，可四百八十余万斤，仅敷金顺全军马步之需。继进之军所需粮料，除官私驮骡驼只装运，军士自行裹带外，余均取给哈密、巴里坤。哈密粮源，自甘州、肃州、安西而来；巴里坤粮源，自归化、包头、宁夏而来，远者五千余里，近者三千数百里。截至四月，巴里坤存粮可六百余万斤，安西、哈密之粮运至古城者，可四百余万斤；存储待运者尚千余万斤，然劳费已不胜计矣。其巴里坤有数径可达安西，不复经由哈密，已饬记名提督徐占彪，俟臣宗棠到肃后，带所部马步四营驻之。哈密则有张曜一军，马步十二营，宋庆所留步队八百人，择要扼守，以防吐鲁番东犯之贼。如此，庶后路常通，粮运不匮，乃可言劲气直达也。”
观此措置，粮料运道及军之后路，无一不稳，料理军事如家事。向来出兵混战，有得有失，甚或大败决裂，以大军而败于小丑者，亦坐无此预备耳。古城子在后设之奇台县西，奇台为迪化府属邑，迪化即乌鲁木齐。是时官军所规取者乌垣，古城已逼近乌垣。徐学功辈能据其地而守作耕屯，故可为前敌根据地。总之，回非劲敌，所易致失败者，调度之失宜也。宗棠自称“老亮”，生平以诸葛自居，其真实本领，读史为不可不寻其肯綮。
道光以前，国家财政，中央主之。咸丰军兴以后，各省习惯，各自筹措，惟以造报为统一，故督师而不兼督抚，饷源尽仰他人，即不可恃。西征一举，督师虽兼督抚，而陕、甘贫瘠，仰外协者多。宗棠之受任，先理旧日西征军之原饷，并其所带军队之原饷，一一清其来源。惟指定为一事，实解又为一事，信用、威望、交情，缺一不可。宗棠之量出而后入，从无失败。其所分配邻省协饷，自较他人任此事者为有力。又恐欠解及缓不济急，乃用指协款借外债之策。斯时沈宝桢为台湾事借款之原在事者，故宗棠以同条件再借与商，而宝桢即奏阻之，略言：“举债之故不同。开矿、造路、挖河，以轻利博重利，故英、美等国，有国债而不失为富强。若以国用难支，姑为腾挪，后此且将借本以还息，岁额所入，尽付漏卮，此举债之故不同也。举债于本国之商，国虽病而富藏于民，有急尚可同患。若输息于外，一去不返，此所举之债不同也。台湾之役，本省罗掘一空，外省无丝毫协济，急何能择，出此下策。然日本贸然深入绝地，无可欠之资，坚与相持，情见势屈，照原议借六百万，则善后备举。煤矿、茶山所出，渐足馈军，一借断无须再借。嗣借过二百万，倭事已定，部令停止，臣即不敢再申前议。新疆广袤数万里，戈壁参半，回部本其土著，既无尽剿之理，又无乞抚之情，似非一二年间所能就绪。即使诸城尽复，与俄为邻，互市设防，重烦擘画，非放牛归马之时。洋人以巨款借我，恃有海关坐扣，海关仍待济于各省，各省协饷愆期而海关病，海关无可弥补，亏解部之款而部库病。虽日劾各省督抚藩司，亦坐待严谴而无如何！前届宗棠借洋款三百万，计息七十万，若以七十万供饷，未必无补。今以一千万照台湾成案，八厘起息，十年清还，计息约近六百万，几处虚一年之饷。若照除，则西征仅得四百余万实饷耳。前届三百万，至光绪四年始清。续借千万，今年即起息，明年即还本，海关应接不暇，而西陲之腾饱不及两年，涸可立待。进兵愈远，转运愈难，需饷亦愈巨。半途而废，势必不可；责各省还债外另筹解济，势又不能；将再借洋款，则海关无坐扣之资，呼亦不应。徒令中兴元老，困于绝域，事岂忍言！然谓西征可停，则又断断不可。我退则敌进，关、陇因而不靖，徒弃祖宗辛苦缔造之地，而列戍防秋，劳费亦等。臣等以为左宗棠此行，不当效霍去病扫穴犁庭，而当师赵充国养威负重，扼其冲要，坚壁清野，开水利，广屯田，考畜牧。关外多一分之产，即关内省一分之运。甘饷之巨，困于运耳。运省，则一年之饷可支两年。目前饬各省勉力筹济，臣请朝廷发旷代之德音，以内库为之倡。数不在多，足生疆吏同仇之感。并恳敕下部臣，熟权缓急，将有着之款，移稍缓者于最急之区，庶各省、关可以勉强从事。”
宝桢此奏，视西事为不易速了，不料宗棠兵事之神速也。又请发内帑以免借外债，此是正论，是以有拨库存四成洋税二百万之旨。夫四成洋税，本专为海防而设，时海防之任，在南、北洋大臣。宝桢为南洋大臣，自谓兵事非其所长，推之北洋大臣李鸿章，造报兴办海军。鸿章不能折孝钦奢欲，遂多移作颐和园经费。此为后数年孝贞后崩后之事。其时本可借用，同是向协饷归款，何必以息掷与洋商！宗棠以主兵之人，自不能指内库索饷，反嫌要挟而败事；宝桢径言之，则当时士大夫谋国之忠。后来新进言官，或间有戆直者，疆吏已无此风概矣。
宗棠既得的饷，于是年五月粮运递达古城。闰五月，前敌总理行营营务处刘锦棠驻古城，宗棠调兵节节填防后路。锦棠侦踞乌垣者马人得，而白彦虎踞红庙子，土回马明踞古牧地。古牧为马垣、红庙藩篱，法当先取，而又当先据阜康，以遏贼西窜之路。六月，宗棠亲赴金顺所驻之吉木萨，约金顺屯阜康城。白彦虎闻大军至，亦自红庙移踞古牧，薙发易服，附于安夷，安夷亦遣缠回助战。是月二十三日，锦棠围古牧，安夷骑贼来援，败之。二十八日，克古牧，歼守贼六千。明日，趋乌垣，安夷、土回已宵遁，遂克迪化州及伪王城，城为妥明所筑。诸将分追贼到戈壁，乌垣旁近守贼皆遁，帕夏后遣援骑至距乌垣二百里之达板城，不敢进。新疆北路已略定。七月，宗棠咨金顺等分扼要隘，檄锦棠等进规南路。时帕夏踞托克逊（在吐鲁番南），筑三城自卫：北守达板，拒锦棠乌垣之兵；南守吐鲁番，拒张曜哈密之军；乌垣败党麇集达板。白彦虎踞南山小东沟，锦棠趋之，彦虎驱众并入托克逊。帕夏勒其众尽薙发易服，傍其三城以居。宗棠檄张曜、徐占彪攻吐鲁番。时北路回城尚有玛纳斯、南城未下，金顺攻之不克。八月，锦棠遣军助之。九月，克玛纳斯、南城，歼妥明余党。于是分屯北路要害。而冬令大雪封山，不能逾天山而南。帕夏遣白彦虎、马人得守吐鲁番，其子海古拉守托克逊，遣大通哈守达板，自居喀喇沙尔策应之。大通哈，安夷官名，犹大总管。是为二年岁杪相持未靖之局。
三年三月，锦棠自乌垣逾岭攻达板，张曜自哈密西进，与徐占彪会趋吐鲁番。初五日，集达板城下，城回发西洋枪炮下击，军颇有伤亡，不退。锦棠坐骑亦中枪，易马而进，饬各营筑垒掘濠困之，败托克逊来援之回，回骑皆反奔。次日，遂克达板。锦棠使人呼“缚异装者赏”，于是大小头目悉致麾下，所谓大通哈名爱伊德尔呼里，亦就擒。大通哈以下各酋，同声代帕夏乞款，愿缚白彦虎、献南八城。锦棠听其致书招帕夏，而释所俘南八城缠回及被胁之土尔扈特人数千，悉给衣粮纵归。十四日，锦棠遣军会徐占彪等军攻吐鲁番，马人得及缠回万余降。锦棠亦于是日克托克逊三城，海古拉先遁，降缠回三万余。自此南八城门户洞开，缠回降者缴马械即释不问。南八城回传相告语，思自效。帕夏日夜忧泣，四月于喀喇沙尔之库尔勒城饮药死，海古拉舁其尸西行，将达库车，为其兄伯克胡里所戕。伯克胡里非帕夏阿古柏所爱，本以海古拉为小帕夏，帕夏死而小帕夏为兄所戕，遂继其父保南八城，令白彦虎守库尔勒。彦虎自踞开都河西岸，觊入俄，而英人又与中国驻英使臣郭嵩焘再为安夷缓颊，事下宗棠。
嵩焘奏在帕夏死后，其言云“观英人意指，尤惧俄罗斯侵有其地，谋为印度增一屏幛，是以护持尤力。西路军务情形，此间一无所闻。能乘阿古柏冥殛之时，席卷扫**，当不出此数月之内。或尚有阻滞，及时议抚，亦可省兵力，以为消弭边患之计”云云。
宗棠奏言“安集延侵我回部，谄附英人，英人阴庇之十余年，明知为国家必讨之贼，从无一语及之。上年官军克复北路，乃为居间请许其降，而于缴回各城、缚献叛逆节目，一字不及。经总理衙门向其辩斥乃止。兹德尔比、威妥玛复以此絮聒于郭嵩焘，以护持安集延为词，以保护立国为义，其隐情则恐安集延之为俄有。臣维安集延系我喀什噶尔境外部落，英、俄均我与国，英护安集延以拒俄，我不必预闻；英欲护安集延而驻兵于安集延，我亦可不预闻。至保护立国，虽是西洋通法，然安集延非无立足处，何待别为立国？即别为立国，则割英地与之，或即割印度与之可也，何为索我腴地以市恩？虽奉中国以建置小国之权，实则侵占中国为蚕食之计。且喀什噶尔即古之疏勒，汉代已隶中华，固我旧土。喀什义为各色，噶尔义为砖房，因其地富庶多砖房故名。八城富庶，以喀什噶尔、和阗、叶尔羌为最，此中外所共知。英以保护安集延为词，图占我名城，直以为帕夏固有之地，其意何居？从前恃其船炮，横行海上，犹谓只索埠头，不取土地；今并索及疆土，彼为印度增一屏幛，公然商我于回疆撤一屏幛，此何可许！我愈示弱，彼愈逞强，势将伊于胡底！彼向总理衙门陈说，总理衙门不患无辞；来臣营陈说，臣亦有以折之。现在南路之师，与嵩焘片奏‘乘阿古柏冥殛之时，席卷扫**’一语，尚无不合。惟迫于数月之内，转战三千余里，窃恐势有难能。臣前闻英有遣淑姓赴安集延之说，已驰告刘锦棠、张曜善为看待；如论及回疆事，则以‘奉令讨贼，复我疆土，别事不敢干预。如欲议论别事，请赴肃州大营’。臣于此次奉到谕旨，当加饬其体察情形，妥为经理，务期预为审量，以顾大局”云云。奏中于数月内扫**，以为难能，不肯先作自满语。其实本年全疆悉平，距此不过六阅月耳。
据宗棠疏，郭嵩焘在外国所进言，自缘不知国内事实，且亦言“数月内果能扫**，即无异说。倘有阻滞，则趁此议抚，亦省力之一法”。此尚不足深论。其时国内主弃南八城者，实为旗人，故知旗人以新疆为私擅之汤沐地，不得擅则颇欲割弃，盖不服其徒为汉人见长地也。时有库伦大臣志刚上言：“西事今昔不同，虑其阳不与我争而阴助之。宜于天山南北，安置兵勇，招徕农商，为深根固本之计。然后与两大从长计议，画定疆界，庶不至与接为构，进退维谷。”廷臣议者，亦皆谓“西征耗费过多，乌城、吐鲁番既得，有屯兵之处，当众建以为藩篱，借省兵力”。宗棠贻书总署争之；诏统筹全局，密速奏闻。宗棠乃合对俄对英，陈其利害。略言：“我朝定鼎燕都，蒙都环卫北方，而后畿甸宴然。盖削平准回，开新疆立军府之所贻也。重新疆，所以保蒙古；保蒙古，所以卫京师。新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日。况今俄人拓境日广，由西而东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部遮阂。徙薪宜远，曲突宜先，不可不预为绸缪者此也。高宗平定新疆，拓地周二万里，一时不能无耗中事西之疑，圣意坚定不摇者，扩旧戍之瘠士，置新定之腴疆，边军仍旧，饷不外加，疆宇益增巩固，可为长久计耳。今北路已复，惟伊犁尚未收回；南路已复吐鲁番全境，只白彦虎偷息开都河西岸，喀什噶尔尚有叛弁逃军，终烦兵力。此外各城，如去虎口而投慈母之怀，自更无抗颜行者。新秋采运足供，余粮栖亩，鼓行而西，无难挈旧有之疆土还隶职方矣。英虑俄蚕食其地，有所不利，我收复旧疆，兵以义动，彼将何以难之？设有意外争辩，枝节横生，在我仗义执言，决无挠屈。新疆全境，向称水草丰饶、牲畜充牣者，北路除伊犁外，奇台、古城、济木萨（济木萨后改孚远县），商民散勇，土著民人，聚集开垦，收获甚饶，官军高价收取，足省运脚。余如经理得宜，地方有复元之望。南路各处，以吐鲁番为腴区。八城除喀喇沙尔地多硗瘠，余虽广衍不及北路，饶沃过之。今已复乌鲁木齐、吐鲁番，虽有驻军之所，而所得腴地尚不及三之一。若全境收复，经画得人，军食可就地采运，饷需可就近取资，不至如前此之拮据靡措矣。地不可弃，兵不可停。饷事匮绝，非速复腴疆，无从着手。至为新疆画久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省，改郡县，事不容已。恳敕户、兵两部，将咸丰初年陕、甘、新疆报销册，及新疆额征、俸薪、饷需、兵制各卷宗，由驿发交肃州，俾臣得稽考旧章，斟酌时势，以便从长计议。奏请定夺。”
奏入，议乃定。盖英人之无理要求，本尽出中国人情理之外，乃旗下亲贵自有此主张，而朝士或附和之，足为外人张目耳。时金顺又有“愿以本军，乘俄用兵土耳其，袭取伊犁”之议，宗棠则贻书总理衙门，谓“北路兵力未必足恃，即有把握，亦无容舍堂堂正正之旗，为乘间抵隙之计。纵目前因事就功，将来必更难了结”，乃止。于此知宗棠决不冒昧图功，非万全不力主其说也。
是年八月朔，锦棠遣军启行，趋开都河。白彦虎已壅河漫流百余里，阻官军，师行绕道百余里始达。九月朔，抵喀喇沙尔。城内缠回，已为白彦虎掠去，城中水深数尺，庐舍**然，招回避乱之蒙古数百人，令迁幕至开都河东，以实后路。初三日，收复库尔勒城，城亦已空，掘窖粮得数千石，救食乏。侦贼知所向，待粮三日复进。及之，则步骑数万，以远镜瞭之，持械者才千余人，余悉老幼回民挽车牛杂沓以随。乃下令惟执械者斩。寇委难民去，追及，败之，遣军护难民还。初十日，再及贼，败之。次日，收库车。自库勒尔六日驰九百里，拔难回约十万，宗棠遣员随军设善后局，招耕收，筹籽种，治涂造船，以通商贾，缠回争思归附。白彦虎经拜城，与安夷夷目掠城外缠回，城内回闭关拒之。十五日，官军至，拜城回开城迎降。十六日，追及贼于上、下铜厂，连败之。十七日，度戈壁百四十里。十八日，薄阿克苏，城回十万出降。白彦虎见官军日近，乃与安夷分窜，冀各缓其死。安夷窜叶尔羌，彦虎窜乌什。锦棠不以寇分而自分其兵力，乃令数将缓安夷而专追彦虎。十九日，行戈壁八十里，俘其渠马有才等。二十日，再败之乌什城东，遂复乌什。彦虎仍由布鲁特边遁喀什噶尔，与安夷合。于是东四城皆下。东四城者，最西乌什，稍东阿克苏，迤东而库车，而喀喇沙尔是也。东四城距三千余里，以二十日取之。锦棠开西宁道缺，晋三品京卿秩，备大用，余诸将给奖有差。
十月初二日，张曜军由喀喇沙尔进库车。有回酋麻木尔，自库车南之沙雅尔遁还阿克苏西南之哈番。至是，谋袭库车官军。锦棠自阿克苏侦知之，初七出兵，初九日击哈番回，破之，解散其众，麻木尔受创遁。时西四城犹在安酋手：伯克胡里自踞喀什噶尔，其南英吉沙尔，又南而偏东叶尔羌，再南而东曰和阗，和阗距喀城最远，其伯克名呢牙斯，围叶尔羌以应官军。伯克胡里愤甚，率众救叶尔羌，呢牙斯败走，降张曜军。伯克胡里进踞和阗，其留守喀城酋名阿里达什，于白彦虎之失乌什而来投，拒不纳，而喀城原有从逆之守备何登云、章京英韶，及满、汉兵弁数百人，守汉城反正，使使迎官军。阿里达什保回城以攻汉城，告急于和阗。伯克胡里方以复保西四城向外国英、俄两边告捷，闻警，弃和阗奔回喀城之回城，且先属收纳彦虎自助。锦棠方自阿克苏遣军将攻叶尔羌，而喀城汉城反正并告急之使至，乃分军三道取喀城，期以十一月十四日入喀城。十三日日中，两路进取之军皆抵喀城，距数十里之外。锦棠自统之兵，方进驻叶尔羌、和阗间冲要，以为声援。贼候骑猝遇官军，急归呼言“大军至矣”，缠回皆骇溃，安酋禁杀不能止。安、白两酋皆逃走，其党犹城守。夜三鼓，军抵城下，骑贼出战，汉城降弁凭城大呼助威，贼大败，守城贼亦尽走，未明而克喀城。追获著酋于小虎、马元、王元林等。白彦虎、伯克胡里及阿里达什遁入俄。锦棠师截歼逸贼，疾驱而前。十七日，复叶城，二十日复英吉沙尔，二十九日复和阗，于是南疆西四城皆下。俘故帕夏四子、三孙及妻子，按律治之。磔于小虎、马元、麻木里及倡乱之金相印父子于市。诛悍党安回、缠回、陕甘回千一百六十六人。新疆平。以次查各城流寓番夷，英国有商官、商人凡十人，乳目国有洋操教习二、商三，阿刺伯人三，皆给资遣还国。印度痕都斯坦及回部各国人五千余，去留听自便。希鲁特本分十九部落，喀城西北五部落已附俄，其余十四部落附安集延，至是附安者求内附，纳之。嗣是，四年十月、五年正月，俄迭纵逋回犯境，皆擒斩极多，并由回目捕献其来寇之酋阿里达什，迨俄交还伊犁约定后乃已。新疆之改行省，亦在俄约定后，事由锦棠主政。其郡县名，与旧设治之沿革，《史稿·地理志》详之，不具列。