史书记载，亚历山大20岁时，被马其顿的重臣兼外交家安提帕特推举为新国王。利用在派拉的优势，亚历山大通过腓力二世的葬礼和减少税收的政策，赢得了马其顿人民和军队的支持。他以参与暗杀腓力二世的罪名处死埃罗普斯的两个儿子——一个是当时被腓力二世派遣东征于小亚细亚的阿塔拉斯，一个是同有继位权的阿明塔斯。他的母亲奥林匹娅斯则杀掉了克莉奥佩特拉及其也有继位权的儿子，亚历山大于是成了马其顿王族中唯一健全的男性继承人。

被迫与腓力二世结盟的雅典和仇恨腓力二世的底比斯，把腓力二世被刺看作是重新赢得独立的机会，开始展现出政局不稳定的迹象。为了赢得希腊同盟的承认，公元前336年末，亚历山大带领军队采取表面议和却暗度陈仓的策略，进入原被腓力二世统治的特萨利，他被承认为特萨利新的世袭统治者。亚历山大之后南下，底比斯投降，雅典也再次臣服。

亚历山大登位时，马其顿的国库正值资金紧缺。公元前335年，亚历山大在科林斯重新得到除斯巴达之外的希腊城邦同盟的支持，出征马其顿北部色雷斯。为东征小亚细亚稳固北部防线，并报复公元前338年当地特里巴利部落对腓力二世部队的偷袭和对战利品的盗窃，在多瑙河打败了特里巴利。

就在这一时期，雅典和当地强权底比斯，利用亚历山大死于多瑙河的谣言再次谋反。亚历山大从伊利里亚绕过马其顿，只用14天便到达底比斯。他与希腊同盟国彻底摧毁了底比斯，消除了威胁马其顿的三大希腊势力之一（另两个为雅典、斯巴达），把该国分给盟国，并让大部分底比斯邦民沦为奴隶。以军力支持底比斯的领袖阿卡狄亚随之被处死，已被封锁港口的雅典随后也放弃抵抗。不到两年时间，亚历山大就稳固了他在希腊的地位，给了所有反对他的人一个下马威。此后他东征时，后方只发生过一次有规模的骚乱。

希腊与波斯的敌对行为始于公元前6世纪，当时位于小亚细亚的自由希腊城邦沦陷于向西扩张的波斯王国。借父亲被波斯人刺杀和“解放小亚细亚希腊城邦”的名义，公元前334年亚历山大出征小亚细亚。

在小亚细亚，亚历山大和小部分部队首先访问了特洛伊，他和他从童年起就情谊深厚的亲友海菲斯提恩，分别祭奠了阿基里斯和《伊利亚特》中提及的阿基里斯的亲友帕特洛克罗斯。随后亚历山大与将军帕曼纽带领的其余部队会合，继续向波斯地方总督的要塞进军。

亚历山大在格拉尼库斯战役中亲自率领近卫骑兵“伙伴骑兵”队，领先与波斯骑兵交战，两位波斯总督被亚历山大和他的“伙伴骑兵”队杀死。亚历山大的头盔和帽缨被一位波斯总督的战斧劈掉。另外一位波斯总督在亚历山大身后偷袭时被亚历山大的部将克利图斯杀死。为恐吓服务于波斯人的希腊雇佣兵，亚历山大让部队屠杀了大部分希腊雇佣兵，其余则被押回马其顿强迫劳动。他将300领波斯铠甲作为给雅典娜的祭品送回雅典卫城，留下这样的字句：“来自亚历山大，腓力之子，和希腊人（除了斯巴达人）的奉献，从居住在亚细亚的野蛮人手中夺取。”

虽然与波斯部队相比敌众我寡，尽管存在许多不利因素，亚历山大仍对波斯军队致以一系列毁灭性的打击，最终取得了胜利。他的成功有三个主要原因。第一，腓力二世留给他的军队比波斯军队训练有素。第二，亚历山大是一位杰出的天才将领。第三，亚历山大本人具有英勇无畏的精神。虽然每场战斗初期亚历山大只在后方坐镇指挥，但一旦部队发动决定性进攻，他必身先士卒。这种冒险的战术使他屡次受伤，但士兵们感受到亚历山大与他们生死与共的精神，士气受到极大的鼓舞。

此战之后，他发现波斯强大的海军对他的后勤补给制造了严重困扰，但是当时希腊又没有足够强大的舰队来挑战波斯的制海权。因此，他决定采取一个笨办法，从陆地上攻占所有的东地中海港口和基地。亚历山大从今天的土耳其地区出发，一路征战南下叙利亚、巴勒斯坦，直抵埃及。

亚历山大首先率领部队攻克了小亚细亚，消灭了驻守在那里兵力不强的波斯部队；随后向叙利亚北部挺进，途中，波斯皇帝大流士御驾亲征，从亚洲腹地征调几十万大军出现在亚历山大的背后，企图切断马其顿军的供应线。

亚历山大回身面对大流士的优势兵力，发起了伊苏斯战役。波斯军的素质远不如马其顿军，此战几乎全歼波斯军，大流士皇帝落荒而逃。为了巩固侧翼，亚历山大并没有穷追，而是回身继续向南征服地中海沿岸港口。经过7个月的艰难围攻，攻克了腓尼基的岛屿城邦推罗城（在今黎巴嫩）。在围攻推罗期间，亚历山大收到波斯皇帝的一封书笺，信中说，为了达成和平协议，他愿把半个波斯帝国割让给亚历山大。

攻克推罗之后，亚历山大继续南进。经过两个月的围攻，埃及一箭未发，自动投降。接着亚历山大在埃及停留一段时间，让军队稍有喘息之机，并建立了今天埃及著名的港口城市亚历山大。在那里年仅24岁的亚历山大被誉为法老，被称为“太阳神阿蒙之子”。

经过在埃及的休整，亚历山大随后率军返回亚洲，北上向波斯腹地进发，和大流士清算总账。在阿贝拉会战（又称高加米拉会战）中，亚历山大的4万步兵和7千骑兵，面对大流士御驾亲征召集的波斯帝国各部族倾国之兵，结果却是古老而庞大的波斯帝国一战崩溃，大流士逃出战场。

取得这场胜利之后，亚历山大率军进入巴比伦和波斯的两座都城：苏萨和波斯波利斯。亚历山大随后展开了他的长途奔袭，从波塞波利斯到埃克巴达那，然后再到拉伽，穿过里海门，经过长时间的急行军，终于追上了敌人。波斯军为了防止国王大流士三世（并非大流士大帝）向亚历山大投降，大流士手下的军官暗杀了他们的国王，时年公元前330年。亚历山大击败了大流士的继承人柏萨斯，并将他斩首，经过3年奋战，攻克了整个伊朗东部地区，并继续向中亚推进。

亚历山大进入了波斯帝国的东部行省，处死了当地的代表反叛的柏萨斯之后，却陷入了斯皮塔米尼斯领导的东部游击战中。亚历山大意识到事情的严重性，对其展开军事上的围捕，并且对当地的叛乱势力进行残酷镇压。斯皮塔米尼斯与亚历山大周旋了一段时间后，终于被亚历山大指派埋伏在当地的部将科纳斯完全击溃，被当地人献出后处死。

主要对手被消灭后，亚历山大着手镇压各地的叛乱，在索格迪亚纳岩的战役中展现了他所率部队的山地作战能力，俘虏了当地的贵族和反叛首领阿克雅提斯的家眷，并且一改其在此地区的残酷风格，接纳战俘，并且打算正式迎娶阿克雅提斯的女儿罗克珊娜。阿克雅提斯得知消息后，亲自上门投降，自此东方行省的战役彻底结束，前往印度的道路已经没有障碍。

这时，亚历山大已经征服了整个波斯，本可以返回家园，重新筹划他的新领土。但是更大的征服欲望使亚历山大贪婪地继续挥军进入印度。进军到印度河以东的海达斯佩斯河，和前来抗击的印度国王波拉斯夹河对峙，打了他四大会战的最后一战：海达斯佩斯会战，彻底击溃了波拉斯的军队。

因为钦佩波拉斯的勇敢，也为了赢得当地人的拥护，亚历山大战后义释被俘的波拉斯，仍然让他作印度国王。尽管波拉斯的两个儿子和一个孙子在战场上阵亡，波拉斯本人此后仍然对亚历山大死心塌地地效忠。此时，亚历山大手下的军队已经厌战，亚历山大不得不停止远征，开始西归，途中他击败了不服从他的部落，还派人进行了一系列探险活动，包括查明印度河入海口，寻找波斯湾，并绘制海岸地形图，还想查清里海究竟是海还是湖，等等。

回波斯的第二年，亚历山大用了近一年的时间，对他的帝国和军队进行改编，这是一次重大的改编。亚历山大从小就认为，希腊民族代表了唯一真正的开化民族，而所有非希腊民族都是野蛮民族。这当然是在整个希腊世界流行的观点，亚里士多德也有这种看法。尽管亚历山大已经彻底打败了波斯军队，但是他逐渐认识到，波斯人根本就不是野蛮人，他们与希腊人一样具有智慧和才能，一样值得尊敬。因此，他产生了将其帝国的两部分融于一体的设想，由此创造了合二而一的希腊波斯民族共和王国——当然是他自己当最高统治者。

据说，亚历山大确实想让波斯人、希腊人和马其顿人结成同等地位的伙伴。为了实现这一计划，他把大量的波斯部队编入自己的部队，还为此举行了一次盛大的“东西方联合”宴会。在宴会上，几千名马其顿士兵同亚洲妇女正式结成夫妻。亚历山大从前与一位亚洲公主结过婚，这次却娶了个达赖利斯的女儿为妻。

显然，亚历山大企图利用这支改编的军队再开展征服活动。但是，公元前323年6月初，亚历山大在巴比伦突然病倒，高烧不退，10天后就死去了，当时还不满33岁。