历史文献在其积累过程中，由于社会的与自然的原因会出现散失的情况。早在春秋末年，孔子就发出了“文献不足征”的感叹，他说：“夏礼，吾能言之，杞不足征也；殷礼，吾能言之，宋不足征也。文献不足故也。足，则吾能征之矣。”[8]孔子说的“文献”包括历史记载和当时贤者；因为这两方面的“不足”，他无法用杞和宋来证明他对夏礼、殷礼的认识。孔子在另一个地方又说过：“吾犹及史之阙文也。”[9]“文献不足”和“史之阙文”，或许就反映了历史文献散失的情况。

当历史文献积累愈来愈多的时候，这种散失的情况有时是很惊人的。隋朝初年，牛弘在上书请开献书之路时讲到，自孔子至南北朝，书籍有五次厄运：秦的焚书，使“先王坟籍，扫地皆尽”，“此则书之一厄也”。“及王莽之末，长安兵起，宫室图书，并从焚烬，此则书之二厄也”。东汉末年，献帝移都，“吏民扰乱，图书缣帛，皆取为帷囊。所收而西，裁七十余乘，属西京大乱，一时燔**。此则书之三厄也”。西晋末年，“刘、石凭陵，京华覆灭，朝章国典，从而失坠。此则书之四厄也”。南北朝时，江表图书，尽萃于后梁，及北周灭后梁，后梁萧绎“悉焚之于（郢之）外城，所收十才一二。此则书之五厄也”。[10]牛弘主要是从社会方面的原因，总结了图书散失的严重情况。正如牛弘所指出的，图书在每遭到一次厄运之后，总是会引发人们对图书进行搜集、整理的热情。

历史文献的整理，也还有其他一些原因。如人们在转抄、刊刻文献的过程中往往会出现讹误、脱漏，不同抄本和刻本的流传造成的歧异，由于时代的久远后人对前人撰述的费解，也有后人对历史文献的臆改造成的错误，还有后人假托前人之名而作伪的著作，等等。所有这些，都促使人们为社会的需要而不断开展对历史文献的整理。孔子是中国历史上整理历史文献的第一人。司马迁记其事曰：

孔子之时，周室微而礼乐废，《诗》、《书》缺。追迹三代之礼，序《书传》，上纪唐虞之际，下至秦缪，编次其事。……故《书传》、《礼记》自孔氏。

孔子语鲁大师：“乐其可知也。……”“吾自卫反鲁，然后乐正，《雅》、《颂》各得其所。”

古者《诗》三千余篇，及至孔子，去其重，取可施于礼义，上采契后稷，中述殷周之盛，至幽厉之缺，……三百五篇孔子皆弦歌之，以求合《韶》、《武》、《雅》、《颂》之音。礼乐自此可得而述，以备王道，成六艺。

孔子晚而喜《易》，序《彖》、《系》、《象》、《说卦》、《文言》。读《易》，韦编三绝。曰：“假我数年，若是，我于《易》则彬彬矣。”

…………

……乃因史记作《春秋》，上至隐公，下讫哀公十四年，十二公。据鲁，亲周，故殷，运之三代。约其文辞而指博。[11]

这就是历史上所谓孔子删订六经。《诗》、《书》、《礼》、《易》、《乐》、《春秋》是儒家经典，也是先秦时期最重要的历史文献。孔子未必序《彖》、《象》、《系》、《说卦》、《文言》，未必编订《礼记》，但他整理历史文献的工作，在中国学术文化史上，具有深远的意义。司马迁评价说：“中国言‘六艺’者折中于夫子，可谓至圣矣。”[12]

西汉末年，刘向、刘歆父子奉命校书，这是封建朝廷所组织的第一次大规模的历史文献整理工作。刘向的《别录》、刘歆的《七略》是这次历史文献整理工作的结晶，前者多已佚亡，后者经班固删削后写成《汉书·艺文志》，成为今存最早的历史文献研究专书，对以后中国古代历史文献的整理工作和理论建设产生了重大的影响。在《汉书·艺文志》之后，唐初史家撰写的《隋书·经籍志》、北宋欧阳修撰写的《新唐书·艺文志》、南宋郑樵撰写的《通志·艺文略》、元初马端临撰写的《文献通考·经籍考》，直至清代乾隆年间纂修的《四库全书总目》，都是性质相同而又不断丰富、发展的历史文献整理的结晶。

随着历史文献积累的增多和整理工作的发展，逐步形成了一些专门整理历史文献的要求和方法，主要有校勘、版本、辑佚、辨伪、注释、考证等。

校勘，这是整理历史文献最基本的工作。它涉及对同一历史文献之内容的考察、篇目的编次、文字的订正、书名的确定和文献性质的辨别等。刘向的《战国策书录》写道：

所校中《战国策》书，中书余卷，错乱相糅莒。又有国别者八篇，少不足。臣向因国别者，略以时次之；分别不以序者相补，除重复，得三十三篇。本字多误脱为半字，以“赵”为“肖”，以“齐”为“立”，如此字者多。中书本号，或曰《国策》，或曰《国事》，或曰《短长》，或曰《事语》，或曰《长书》，或曰《修书》。臣向以为战国时，游士辅所用之国，为之策谋，宜为《战国策》。其事继《春秋》以后，讫楚汉之起，二百四十五年间之事，皆定以杀青，书可缮写。

以下，刘向还分析了《战国策》所产生的历史条件和《战国策》的文献价值。从这段引文中我们可以看到，内容和性质相同的书有许多不同的本子，文字多有误脱，书名亦各不相同。刘向都一一校正、勘订、编次成书。

这是指校勘一种书而言。如果校勘群书，除了上面这些工作之外，还应讨论群书之旨，条辨流别。章学诚在论到刘歆《七略》和《汉书·艺文志》的区别时写道：

刘歆《七略》，班固删其《辑略》而存其六。颜师古曰：“《辑略》谓诸书之总要。”盖刘氏讨论群书之旨也。此最为明道之要，惜乎其文不传。今可见者，唯总计部目之后，条辨流别数语耳。[13]

在章学诚看来，校书涉及广泛的内容，而“讨论群书之旨”是最重要的。他认为班固删去《七略》中的《辑略》是一大失误。至于《汉书·艺文志》还保留“条辨流别数语”的做法，则唐初的《隋书·经籍志》和北宋的《崇文总目》都有所继承。而南宋郑樵撰《通志略》，又删去《崇文总目》叙录，重蹈了班固的覆辙[14]。章学诚认为：

校雠之义，盖自刘向父子部次条别，将以辨章学术，考镜源流，非深明于道术精微、群言得失之故者，不足与此。后世部次甲乙，纪录经史者，代有其人，而求能推阐大义，条别学术异同，使人由委溯源，以想见于坟籍之初者，千百之中不十一焉。[15]

这就是说，校勘群书，不只是一些技术上的文献整理工作，更重要的是学术史的研究工作。

研究版本的特征和差异，鉴别其真伪和优劣，也是历史文献整理的重要方面。所谓版本，是指一书经过多次传写和刊刻、印刷而形成的各种不同本子；指书籍制作的各种特征，如书写或印刷的形式、年代、字体、行款、纸墨、装订，以及一书在其流传过程中所形成的记录，如藏书印记、题识、批校等。上引《战国策书录》，可知刘向校书时就遇到了题写不同书名的各种本子。北宋时，史臣奉命校刻南北朝及隋历代正史，在版本上就遇到三种不同情况。第一种情况，是所据版本比较完好，只需一般性校勘即可刻版印刷，如《南齐书》、《梁书》、《隋书》即是。于《南齐书》称：“臣等因校正其讹谬，而叙其篇目。”[16]于《梁书》称：“臣等既校正其文字，又集次为目录一篇。”[17]于《隋书》则云：“天圣二年五月十一日上。御药供奉蓝元用奉传圣旨，赍禁中《隋书》一部，付崇文院。至六月五日，敕差官校勘，仍内出版式雕造。”[18]第二种情况，是所据版本脱误较多者。如《陈书》，史臣奏称：

……而其书亦以罕传，则自秘府所藏，往往脱误。嘉祐六年八月，始诏校雠，使可镂板行之天下。而臣等言：“梁、陈等书缺，独馆阁所藏，恐不足以定箸。愿诏京师及州县藏书之家，使悉上之。”先皇帝为下其事。至七年冬，稍稍始集，臣等以相校。至八年七月，《陈书》三十六篇者始校定，可传之学者。其疑者亦不敢损益，特各书疏于篇末。其书旧无目，列传名氏多阙谬，因别为目录一篇，使览者得详焉。[19]

从这段文字中，可知宋人校订《陈书》，已觉版本是个严重问题，所以要以“州县藏书之家”的藏书，来同“馆阁所藏”比勘，才能作最后的校定。第三种情况，是所据版本有严重残缺者。如《魏书》，史臣奏称：

而修史者言词质俚，取舍失衷，其文不直，其事不核，终篇累卷，皆官爵州郡名号，杂以冗委琐曲之事，览之厌而遗忘，学者陋而不习，故数百年间，其书亡逸不完者，无虑三十卷。今各疏于逐篇之末。然上继魏、晋，下传周、齐、隋、唐，百六十年废兴大略，不可阙也，臣攽、臣恕、臣焘、臣祖禹，谨叙目录，昧死上。[20]

这里涉及对《魏书》的评价，姑且不论。从它亡逸的卷帙来看，占了全书的四分之一，可见这个版本的残缺严重。为了大致恢复《魏书》的原貌，只有根据本源于《魏书》的其他文献所载有关史事加以补缀；而补缀后刊刻出来的本子，也就成了《魏书》的一个新的版本。

宋、元以降，雕版印刷和活字印刷迅速发展，朝廷和地方，官府和私家，都有大量的历史文献刊刻行世，同一文献的不同版本纷呈于世，成了更加普遍的现象。如《资治通鉴》问世后，在宋代就有9种刻本，即十二行本，甲、乙十五行本，十四行本，甲、乙十六行本，甲、乙十一行本，傅校北宋本。在元代有胡三省注本，在明代有孔天胤本，在清代有胡克家翻刻的元刊胡三省注本等，十几个版本。又如历代正史，版本之多，难以尽举。仅“二十四史”整体来说，在清乾隆年间有武英殿本“二十四史”，在二十世纪三十年代有商务印书馆的“百衲本二十四史”，而在二十世纪六七十年代则有中华书局点校本“二十四史”的问世。

由于不断有历史文献的散佚，辑佚就成了历史文献整理工作不可缺少的环节。这一工作盛行于清代，这同乾隆年间编纂《四库全书》有密切的关系。四库馆臣从明代类书《永乐大典》这一巨制中辑出大量的佚书。经《四库全书》著录的就有385种，4926卷。其中经部66种，史部41种，子部103种，集部175种。若连同存目者，共512种，约占《四库全书》总数的十分之一。《四库全书》史部中著录所辑佚书，有不少是珍贵的史书，如东汉刘珍等几代史家所撰《东观汉记》24卷（原书143卷），宋代史家李焘所著《续资治通鉴长编》520卷（原书980卷）、李心传所著《建炎以来系年要录》200卷、吴缜所著《五代史记纂误》3卷、薛居正所著《旧五代史》（原称《五代史》）150卷等。清代私家辑佚也颇多成就，如黄奭的《汉学堂丛书》（又名《黄氏逸书考》）辑佚书240种，包括“经解逸书考”86种、“通纬逸书考”55种、“子史钩沉逸书考”73种，其中史部分正史、编年、别史、杂史、传记、时令、地理、职官、政书等类，所辑东汉史、晋史佚文，有较大的影响。又如汪文台在前人辑佚的基础上，辑成的《七家后汉书》，当是史书辑佚中的重要之作。再如汤球，更是以毕生精力从事历史文献整理，尤其是史书的辑佚。他辑有王隐、虞预、朱凤、何法盛、谢灵运、臧荣绪、萧子云、萧子显、沈约9家《晋书》和陆机、干宝、曹嘉之等9家编年体晋史，以及习凿齿《晋春秋》、孙盛《晋阳秋》、檀道鸾《续晋阳秋》、杜建业《晋春秋》、萧方等《三十国春秋》、崔鸿《十六国春秋》等。

唐初史家撰《隋书·经籍志》，也十分注意对历史文献真伪的辨别。它在《古文孝经》下注曰：“孔安国传。梁末亡逸，今疑非古本。”于小序中论道：

又有《古文孝经》，与《古文尚书》同出，而长孙有《闺门》一章，其余经文，大较相似，篇篇缺解，又有衍出三章，并前合为二十二章，孔安国为之传。至刘向典校经籍，以颜本比古文，除其繁惑，以十八章为定。郑众、马融，并为之注。又有郑氏注，相传或云郑玄，其立义与玄所注余书不同，故疑之。梁代，安国及郑氏二家，并立国学，而安国之本，亡于梁乱。陈及周、齐，唯传郑氏。至隋，秘书监王劭于京师访得《孔传》，送至河间刘炫。炫因序其得丧，述其议疏，讲于人间，渐闻朝廷，后遂著令，与郑氏并立。儒者喧喧，皆云炫自作之，非孔旧本，而秘府又先无其书。

这里，唐初史家对《古文孝经》郑氏注相传即郑玄注提出怀疑，又对《古文孝经》刘炫所序孔传本表示怀疑，而且还写出了怀疑的根据。唐初史家在著录谶纬书之后论道：

说者又云，孔子既叙六经，以明天人之道，知后世不能稽同其意，故别立纬及谶，以遗来世。其书出于前汉，有《河图》九篇，《洛书》六篇，云自黄帝至周文王所受本文。又别有三十篇，云自初起至于孔子，九圣之所增演，以广其意。又有《七经纬》三十六篇，并云孔子所作，并前合为八十一篇。而又有《尚书中候》、《洛罪级》、《五行传》、《诗推度灾》、《汜历枢》、《含神务》、《孝经勾命决》、《援神契》、《杂谶》等书。汉代有郗氏、袁氏说。汉末，郎中郗萌，集图纬谶杂占为五十篇，谓之《春秋灾异》。宋均、郑玄，并为谶律之注。然其文辞浅俗，颠倒舛谬，不类圣人之旨。相传疑世人造为之后，或者又加点窜，非其实录。[22]

这里提出了辨伪的根据（“文辞浅俗，颠倒舛谬”），指出了作伪的特点（“造为之后”，“又加点窜”），可见唐初史家对待历史文献不仅有辨伪的意识，而且也有辨伪的方法。

近人梁启超《中国历史研究法》一书中，设专章论述“史料之搜集与鉴别”。他认为，“正误辨伪，是谓鉴别”，“书愈古者，伪品愈多”。他指出，战国、秦汉之交、新莽、晋时都有一大批伪书出现的现象，并着重分析了战国、秦汉之交出现伪书的原因。他总结前人辨伪的成就，结合自己的认识，概括了12条“鉴别伪书之公例”：

——其书前代从未著录或绝无人征引而忽然出现者，什有九皆伪。

——其书虽前代有著录，然久经散佚，乃忽有一异本突出，篇数及内容等与旧本完全不同者，什有九皆伪。

——其书不问有无旧本，但今本来历不明者，即不可轻信。

——其书流传之绪，从他方面可以考见，而因以证明今本题某人旧撰为不确者。

——真书原本，经前人称引，确有左证，而今本与之歧异者，则今本必伪。

——其书题某人撰，而书中所载事迹在本人后者，则其书或全伪或一部分伪。

——其书虽真，然一部分经后人窜乱之迹既确凿有据，则对于其书之全体须慎加鉴别。

——书中所言确与事实相反者，则其书必伪。

——两书同载一事绝对矛盾者，则必有一伪或两俱伪。

——各时代之文体，盖有天然界划，……一望文体即能断其伪者。

——若某书中所言其时代之状态，与情理相去悬绝者，即可断为伪。

——若某书中所表现之思想，与其时代不相衔接者，即可断为伪。[24]

对于每一“公例”，梁启超都举例说明。他还撰有《古书真伪及其年代》，这是一部关于辨伪的理论和方法的专书，是近代历史文献学的重要著作之一。

考证和注释也都是历史文献整理工作中不可缺少的环节。考证，旧称考据，是根据有关资料对历史文献本身或历史文献所记史事进行考核、证实和说明。严格说来，上面所说到的历史文献整理工作的各个方面，以及下文将要说到的注释，都离不开考证。考证，是史家对待历史文献的最基本的要求和方法。马、班著史，刘向校书，都不能没有考证。三国时谯周撰《古史考》一书，旨在考订《史记》记事之误，是为较早出现的考证专书。可惜此书久佚，今有清人黄奭辑本一卷，收在《黄氏逸书考》；章宗源辑本一卷，收在《平津馆丛书》。刘知幾著《史通》，已经十分强调“采撰”的重要，即包含了丰富的考证思想。他指出，魏晋南北朝时，“百家诸子，私存撰录，寸有所长，实广闻见。其失之者，则有苟出异端，虚益新事”；有的书“好聚七国寓言”，有的书“多采《六经》图谶”，“引书之误，其萌于此矣”。晋世杂著，多含有“诙谐小辩”、“神鬼怪物”，以此补史，“虽取说于小人，终见嗤于君子”。“郡国之记，谱牒之书，务欲矜其州里，夸其氏族”，“苟不别加研核，伺以详其是非？”“讹言难信，传闻多失”，“同说一事，而分为两家，盖言之者彼此有殊，故书之者是否无定”。“况古今路阻，视听壤隔，而谈者或以前为后，或以有为无，泾渭一乱，莫之能辨”，等等。总之，“异辞疑事，学者宜善思之”。[25]刘知幾所指出的造成种种“异辞疑事”的原因及实例，都要经过考证才能判明真伪是非。唐、宋以前的史注，包含着很多考证方面的成果。宋代司马光撰《资治通鉴考异》，系统地记载了他对《资治通鉴》这部巨著在历史文献的取舍上的态度和根据，对后世有重大的影响。清代，考据学大盛，著述精深，名家迭出。钱大昕、赵翼、王鸣盛、崔述，都是取得了突出成就的学者。近代以来，王国维、胡适、顾颉刚、陈寅恪、陈垣在历史考证方面，也都有新的成就。

用文字来解释历史文献中难懂的字句或史事，叫作注释或注解，也可简称为注。这是历史文献整理中一种常见的工作。注，古称为传（读作zhuàn），后来才叫作注。刘知幾说：“盖传者转也，转授于无穷；注者流也，流通而靡绝。进此二名，其归一揆。如韩、戴、服、郑，仰钻‘六经’，裴、李、应、晋，训解‘三史’，开导后学，发明先义，古今传授，是曰儒宗。”[26]疏通文字，“发明先义”，是注释的主要目的。这主要是指为前人、他人之书作注，谓之他注。注释还有一种特殊形式，即作者本人为自己所撰史书的正文作注，谓之自注。自注是作者对正文所述史事相关问题的补充或说明，在形式上同前者没有太大的区别，而在性质上当属于史书的一种体例，已如本书前章所述。这里讲的是他注。如《春秋左传》杜预注，《史记》、《汉书》、《后汉书》、《三国志》诸家注，《世说新语》刘孝标注，《资治通鉴》胡三省注等，都是名家之注。刘知幾在《史通·补注》中对自注和他注这两种注释形式原则上持否定态度，洵不足取。

一般说来，历史文献的整理是一项综合性的工作，常常是目录、校勘、版本、辑佚、辨伪、考证、注释几个方面的结合。清代纂修《四库全书》并撰成《四库全书总目》，即是一项综合性的浩大工程。尽管其间存在着失收、删节、窜改和讹误的地方，但在历史文献整理上，仍有其辉煌的价值。二十世纪上半叶，王国维、郭沫若等，在历史文献整理方面，都有突出的贡献。