但是，京师大学堂是戊戌变法的“天字第一号”，也是“戊戌事变”后仅存的重要维新成果，顽固派岂能看着她一天天成长、壮大？光绪二十五年一月二十五日（1899年3月6日），《北华捷报》报道说：

京师大学堂现有160多名青年学生，大多数为举人和秀才，他们被分班学习英语、法语、德语、日语和俄语。自从大约两个多月前，光绪皇帝这个重要的维新改革项目得以实现以来，至少有慈禧太后身边的两名高官用严厉的口吻对大学堂进行了诋毁。他们分别是礼部尚书啟秀（满人）和兵部尚书徐郙。虽然慈禧想以这些诋毁为借口来关闭大学堂，但她身边一些更为明智的顾问，如荣禄和庆亲王等，力劝她不要以此进一步触犯臣民和外国公使。

更让孙家鼐感到气恼的是，他亲自挑选的中学总教习许景澄也不太理解他的苦衷，笑话他：“孙公办学堂，太偏于理学。”许景澄于1885年出使法、德、意、荷、奥五国，次年又兼任驻比利时公使，至1887年以母忧回国。1890年，又出任驻俄、德、奥、荷四国公使，直至1898年回国。两次出使，长达13年，成为清末重要的外交官。当时，在中国传统的“华夷之辨”思想束缚下，外交官都被视为服侍外人，而为国人所不齿，许景澄的行动在当时是相当进步的。1898年，他担任总署行走，并兼礼部右侍郎，后来又转为左侍郎。在欧洲多年，他以欧洲的大学标准来要求京师大学堂，显然有些苛刻。孙家鼐专门找他谈话：储才之道，尤在知其本而后通其用。臣于来堂就学之人，先课之以经史义理，使晓然于尊亲之义，名教之防，为儒生立身之本；而后博之以兵农工商之学，以及格致测算语言文字各门。“学成卒业之法，溥通学既熟，但专精一门既可入榖，其得举人进士也较易，其弊也则在于徇情滥举。今将通用科场考试，则学堂肄业诸生，必将分心于博览，无以致专一之功，于专门学业，恐有窒碍。将不用考试，则学堂出身，诚恐弊流于冒滥。拟请嗣后科场考试，仍照张之洞所奏，六月初一日所奉谕旨办理。而学堂卒业诸生，果能屡试优等，学堪致用，即予以生员举人进士之名。仿唐人分科举上之例。习化学者名曰化学科举人、进士，习算学者名曰算学科举人、进士，推之各科，皆冠以专门之名。将来何项需人，皇上即按所习之科采择录用，如此则学堂之士，可以争自濯磨矣。”⑶办任何事情，都要考虑可行性，注重动机与效果的统一。现在这种时局下，太偏重西学，肯定会遭到非议，甚至是好心办坏事，为大学堂引来灭顶之灾啊。

京师大学堂在孙家鼐的执掌下，就像一艘试航的航船，顶风破浪，绕过暗礁险滩，蹒蹒跚跚地向前航行。光绪二十五年二月二十七日（1899年4月17日），《北华捷报》对大学堂开学之后三个月的情况做了如下报道：

我们听说传言大学堂处境困难，前途未卜。对于西太后慈禧来说，这个百日维新产物的继续存在，就好像是刻耳柏洛斯（即古希腊神话中守卫冥府的三头猛犬）跟前一片泡过牛奶的面包。极端的保守派们当时就反对成立大学堂，现在也不喜欢它的存在，所以它会遇到政治和财政上的障碍。然而，值得注意的是，新办大学堂的官员们对于未来充满了自信。

在竭尽心力摸索着办好京师大学堂的同时，孙家鼐也没有忘记“总部”的职责。光绪二十四年十一月二十七日（1899年1月8日），他根据《京师大学堂章程》第二节规定“各省学堂皆归大学堂统辖”，咨行各省送交学堂章程等文中称：“……现在京师大学堂业已开办。各省会暨外府州县，所有已设之学堂，均须将学堂章程、教习姓名、学生额数咨送本大学堂，以便核考……”

注释：

⑴美·魏定熙著，安金平、张毅译：《北京大学与中国政治文化》，北京大学出版社，1998年版，第14页。

⑵冯友兰：《三松堂自序》，三联书店，1984年版，第25页。

⑶孙家鼐：《遵议学堂中额折》，国家档案局明清档案馆编：《戊戌变法档案史料》，中华书局，1958年版，第239页。