对于光绪皇帝急于求成的蛮干行为，孙家鼐忧心忡忡，他向光绪皇帝提出了自己的看法：“变法自强，宜统筹全局，分别轻重缓急，谋定后动。比如人患痿痹之症，宜审周身脉络，次第施治，自能日起有功。否则，急求愈病，药饵杂投，病未去而元气伤，非医之良者。”“盖日本之变法也，沈机默运，豫筹于数年之前，先得人而后行法，故其成功也易。中国急求变法，而乏行法之人，故临事不免周章。现在兴办学堂，正如七年之病三年蓄艾，但期事事实力讲求，于能获效。”但光绪皇帝在康梁等人“小变则小效，大变则大效”的激进理论鼓吹下，就像一匹高速奔跑的烈马，已听不进任何逆耳忠言，更不可能放慢脚步。孙家鼐深感无奈，他觉得自己能够做到的，只有抓紧时间早日把京师大学堂建起来，为维新树立一个榜样，以实际行动支持光绪皇帝的维新大业。

但是，朝臣中，仍有不少人对京师大学堂的工作提出各种批评，有的是出于关心，更多的是求全责备。流言蜚语，鼓噪一时，企图把“天字第一号”工程扼杀在摇篮里。对此，孙家鼐总是本着兼听则明、实事求是的态度，沉着应对，一次次化险为夷。七月十八日（9月3日），给事中庞鸿书就对京师大学堂如何进行经学教学提出了指责。光绪皇帝降旨，让孙家鼐对其所“条陈大学堂章程等语”、“酌核具奏”，再复奏。孙家鼐明确表示不同意庞鸿书的意见：

臣维学堂之设，所以造就群才，以溥通之学为初基，以专门之学为进境，创始规模必求详备。

该给事中原奏所称，经学一种，诸生往往皓首而不能穷。现在学堂所拟功课，《四书》用集注本，《五经》遵用钦定义疏本，切要详明，易于卒业，不必以皓首难穷为虑。

该给事中原奏又称，凡诸生已熟读《四书》、《五经》者，方准收入学堂，庶几略有限制。经学只须温习，不必另立一门。臣将来开办学堂收考章程，自当以熟读群经者为上，专通数经及一经者次之。至溥通功课，臣已奏请删并理学归入经学，删去诸子文学归入各门，业已删繁就简，无可再减。⑸

三天后，侍讲恽毓鼎又上《奏请于京师设立武备大学堂简派大员督办》一折，光绪皇帝还让孙家鼐妥议具奏。经过认真考察和思考，孙家鼐于七月二十九日（9月14日）提出了自己的意见和建议：“中国兵勇不识字者，十常八九。平时未经训诫，不知法纪，桀骜嬉游，无所不至。此军旅所由不振也。如能设武备大学堂，由皇上于王大臣中简忠勇知兵深明韬略者，立定章程，以资训练。自八旗禁旅步军统领所带旗绿各营，外至各省武备学堂，一体遵办。朝夕申儆，俾人人知尊君亲上之心，敌忾同仇之义。山川险要火器线路墩台铁路电线诸法，皆极力讲求，于武备必有起色。学堂既有成效，凡武弁自千把以至提镇，非由学堂出身者不用；兵勇非由学堂出身者不收。庶几各省军律皆能划一，有事征调，万众一心，斯可以有备无患矣。拟准如所请，设武备大学堂。至管理之大臣，则又为讲武之根本，愿皇上慎加选用。自强之道，实莫先于此。惟是训练军旅，必须布列行阵。近日火器盛行，依山傍林以避炮弹，及地营工程等法，皆须讲求，非有极大围场，难资演习，京城以内，无此空旷地段，应俟简派大臣后择地筹办。其应否延募洋将之处，亦由派出大臣酌定。”⑹

注释：

⑴刘光第：《致刘举臣》，《刘光第集》，中华书局，1986年版，第196页。

⑵陈秉仁整理：《李鸿章致李经方书札》，《历史文献》第8辑，上海古籍出版社，2004年，第103—104页。

⑶陶英惠：《蔡元培年谱》，中研院近史所专刊，1976年版，第68—69页。

⑷张謇：《啬翁自订年谱》，《张謇全集》（第六卷），江苏古藉出版社，1994年版，第858页。

⑸孙家鼐：《奏遵旨覆议庞鸿书条陈大学堂章程折》，国家档案局明清档案馆编：《戊戌变法档案史料》，中华书局， 1958年版，第285—286页。

⑹国家档案局明清档案馆编：《戊戌变法档案史料》，中华书局， 1958年版，第299—300页。