从“性灵”经学的角度看，焦循的经学研究及其所体现出的哲学思想倾向，表现出较鲜明的重视知识精英个体主体性的思想特征。但从思想的继承的方面看，焦循基本上还是接受了戴震提出的“由字以通其词，由词以通其道”的语言学方法，只是在具体的说法上有所不同。如他在论文字训诂学对于理解古人思想的重要性时说：“刘氏徽之注《九章算术》，犹许氏慎之撰《说文解字》。士生千百年后，欲知古人仰观俯察之旨，舍许氏之书不可，欲知古人参天两地之原，舍刘氏之书亦不可。”[53]这一段话表明，焦循的经学研究与哲学思考深深地打上了乾嘉时代广义的语言学方法论的烙印。而这种语言学方法与他的历史还原主义思想倾向之间有着密切的内在关联性。

与戴震、阮元等其他学者一样，焦循也认定，不通过训诂的方法，隐藏在经典中的真正意思就无法彰显出来。在对《诗经》的研究过程中，他虽然强调诗歌“不言理言情，不务胜人而务感人”和“思则情得，情得则两相感”的以情动人的特质，但他最终还是认为，要了解诗歌，必须首先通过训诂的语言学方法，才能达致对诗的真正理解。“虽然，训诂之不明，则诗辞不可解。必通其辞而诗人之旨可释而思也。《毛传》精简得诗意为多，郑生东汉，是时士大夫重气节而温柔敦厚之教疏，故其笺多迂拙，不如毛氏。则传、笺之异不可不分也。”[54]

焦循这一“训诂之不明，则诗辞不可解”“必通其辞而诗人之旨可释而思”的说法，其实还是强调要通过恰当的训诂方法以了解诗歌的语言，进而通过对诗歌语言的了解而了解诗歌的意旨。与戴震的“由词以通其道”的思想在思维方式上是一致的。

在具体运用训诂学方法解释经义，从而表达自己的哲学见解时，《易通释》一书中时有体现。仅举二例，以证明之。其一，他在解释《周易》的重要哲学概念“太极”时，首先就是运用训诂的方法来表达自己对“太极”概念的理解。他说：“余谓欲明大极，必先求‘大极’二字之义。大或读泰，其义则同。极，中也。大极，犹云大中。”[55]其二，在“训厉为危”一条，焦循将戴震“一字之义，当贯群经”这一以整体来解释局部的经学解释学思想加以活用，从《周易》一书的全部经文来训释“厉”字一义。他说：“厉之训危……总全《易》而通之，厉与无咎相表里，未悔吝则厉，既悔吝则无咎。”[56]

不过，焦循已经没有戴震那样激烈的反对宋儒的思想主张了，他只是要求通过训诂的方式将宋人的义理与原始儒家的义理分开，努力以原作者之言、参原作者之意，追求经典解释的客观性。同时再旁参其他相关的思想家及经典，从而达到对原始儒家思想的准确理解。这一追求经典训诂与解释中的客观原义的思想倾向，基本上是以戴震开创的“人文实证主义”经学训释精神的继续。稍有不同的是，焦循在追求儒家经典原义的过程中，还进一步提出了分别经、注、疏三者文本的方法，而且相信通过文字训诂的方式，触类旁通，可以把握经、注、疏之“本意”，从而为自己的经学训释提供比较可靠的经学史的证据。他说：“学经之法，不可以注为经，不可以疏为注。孔颖达、贾公彦之流所释毛、郑、孔安国、王弼、杜预之注，未必即其本意。执疏以说注，岂遂得乎？必细推注者之本意，不啻入其肺腑，而探其神液。……要之，既求得注者之本意，又求得经文之本意，则注之是非可否，了然呈出；而后吾之从注非漫从，吾之驳注非漫驳。不知注之本意，驳之非也，从之非也。”[57]

焦循这种在追求“本意”的历史理性的前提下来研究经学的历史，显然是乾嘉时期考据学中所透射出的历史理性的一种反映，体现了乾嘉学术内在精神的一贯性。不过，即使如此，焦循在这一方面也有所发展，那就是：他不再局限于戴震时代的经学范围了，而是将这种人文实证的材料范围扩大到“子学”领域，开创一种“思想旁证法”。[58]他曾经这样说道：“孔子之道所以不著者，以未尝以孔子之言参孔子之言也。循尝善东原戴氏《孟子字义考证》（戴氏书名作《孟子字义疏证》，引者案），于理、道、天命、性情之名，揭而明之如天日，而惜其于孔子一贯仁恕之说未及畅发。十数年来，每以孔子之言参孔子之言，且私淑孔子而得其旨者，莫如孟子。复以孟子之言参之，既佐以《易》《诗》《春秋》《礼记》之书，或旁及荀卿、董仲舒、扬雄、班固之说，而知圣人之道惟在仁恕。仁恕则为圣人，不仁不恕则为异端小道。”[59]

在这段文献里，焦循在戴震所开创的“字义还原”的基础上，进一步提出了“语言的还原”的思想，从而深化了开创期乾嘉学者在经学训释中表现出来的历史还原主义思想。不仅如此，他在“以孔子之言参孔子之言”的前提下，继而以“孟子之言参之”，并“佐以《易》《诗》《春秋》《礼记》之书，或旁及荀卿、董仲舒、扬雄、班固之说”，把戴震所发明的“一字之义，当贯群经”的以整体解释局部的经学训释学思想，推进到以同一学派的后来者思想来解释前贤的“思想旁证法”，从而深化了戴震所未加注意的先秦儒家的一些伦理与政治思想，通过文字训诂、经学体例的发明与创造，诸子思想与儒家经典的相互发明的“思想旁证法”等多种方式，丰富并深化了乾嘉时期经学研究的方法，从而也丰富了中国哲学思想的内容。因此，焦循在经学研究中所表现出的历史还原主义思想倾向，虽然与其“性灵”经学在精神上有不相协调的一面，保留了较多的受戴震影响的痕迹，但是，他用来实现历史还原的方法本身蕴含了较多的弹性空间，并不能真正地实现历史还原的意图。这样一来，其“性灵”经学与人文实证主义方法之间就蕴含着一种内在的张力。