在讨论训诂与经典的关系时，焦循一方面遵循乾嘉学者的共识——“训诂明而经义明”的广义语言学的思想路线；另一方面，他又非常强调经学研究过程中研究者的个体“性灵”的重要性，而且对于“立言之人”的独特价值有非常独到的见解，如他在《说矜》中说：

夫人各有其性灵，各有其才智。我之所知，不必胜乎人；人之所知，不必同乎己。惟罄我之才智，以发我之枢机，不轨乎孔子，可也。存其言于天下后世，以俟后之人参考而论定焉。[38]

这一肯定个人“性灵”与才智的独特性的思想，既肯定了个体的内在价值，又强调了立言之人应当具有广阔的胸襟，一方面承认自己所知的有限性，另一方面又不轻视自己有限之知的价值，表现出一种温和的认识论上的个体主义思想倾向。更为可贵的是，他的这一重视文人个体主体性的思想还包含有温和的反权威主义的思想，认为只要是自己个体独特性的真实表达，哪怕不遵守孔子的思想，也是可以的。但也不自大狂妄，而是期待后人的考订，也不怕后人批评，因为在知识方面，我们总有可能是出错的。因此，在真理观方面，焦循表现出开放而又灵活的特征。

不过，最能体现焦循经学研究的独特性，从而也展示了他的哲学思想的新颖之处的，乃是在于他将研究者的“性灵”引入经学研究活动之中。他认为：“经学者，以经文为主，以百家子史、天文、术算、阴阳、五行、六书、七音等为之辅，汇而通之，析而辨之，求其训故，核其制度，明其道义，得圣贤立言之指，以正立身经世之法，以己之性灵，合诸古圣贤之性灵，并贯通于千百家著书立言者之性灵。以精汲精，非天下之至精，孰克以与此？”[39]

上述一段文字，焦循其实从三个大的方面阐述了如何从事经学研究的问题。第一个方面，从研究的对象看，要以经文为主要对象，旁及诸子百家及相关的知识。第二个方面，在研究的方法上，既要运用综合的方法，又要运用分析的方法，而且还要运用训诂的方法、制度史的知识等。上述两个方面偏重于客观性的一面，力求阐明经学中的道义。第三个方面要调动研究者的主体“性灵”，这可以看作一种独具匠心的研究。其成果可能并不完全符合经文的原意，但又契合经学的精神。这一点非常重要，体现了“后戴震时代”的乾嘉学者在追求经学原初的、客观性意义的目标下，重视一种保证客观性、原义的训诂学与制度史的考证方法的同时，还在追求另一种新的精神，即强调研究者主体性的方法。这种方法，在戴震那里就是通过“大其心”的方法以契合古圣贤之伟大的心灵。而在焦循这里，则是通过张扬研究者“性灵”的方法，以求得对经学真精神的理解。在戴震的语言哲学那里，为了解决古今悬隔，徒用语言方法不足以理解古圣贤之精神的时候，引进了“大其心”的方法。然其主要手段与方法是“由词以通其道”的客观性方法。在焦循这里，则首先强调经学研究者要有“性灵”，并且通过自己的性灵来契合古圣贤之性灵，从而“贯通于千百家著书立言者之性灵”，在贯通的过程中实现经学的研究创新。而实现经学研究者的“性灵”与古圣贤“性灵”契合的主要方法与工具，是他所着重强调的“假借”方法，以及“述意”类的文章。

在焦循看来，经学绝对不是死记硬背的学问，而是一种充满着“性灵”的学问。他甚至认为：“盖惟经学，可言性灵。无性灵不可以言经学。故以经学为词章者，董贾崔蔡之流，其词章有根柢无枝叶。而相如作《凡将》，终军言《尔雅》，刘珍著《释名》，即专以词章显者，亦非不考究于训故、名物之际。晋宋以来，骈四俪六，间有不本于经者。于是，萧统所选，专取词采之悦目。历至于唐，皆从而仿之，习为类书，不求根柢、性情之正，或为之汩。是又词章之有性灵者，必由于经学，而徒取词章者，不足语此也。赵宋以下，经学一出臆断，古学几亡。于是为词章者，亦徒以空衍为事，并经之皮毛，亦渐至于尽，殊可闵也。”[40]

焦循在此处所说的“性灵”，用今天的话来说，即研究者个人的独立思考精神与切实的人生体验，凭借这一“性灵”，然后再从经典中寻找出与时俱进的、普遍的人文精神或曰人文价值。从这一点看，其“无性灵不可以言经学”的说法与同时代的大诗人袁枚在诗歌创作方面提出的“性灵说”，历史学家章学诚重视历史学研究中的“性灵”问题，具有时代精神的共鸣之处，即都从不同的领域出发提出了重视知识精英的个体主体性的问题。