朱子真正是受了孔子的“苏格拉底传统”的影响，所以立下了一套关于研究探索的精神、方法、步骤的原则。他说：“大抵义理须是且虚心随他本文正意看”，“只虚此心，将古人语言放前面，看他意思倒杀向何处去”。怎样才是虚心呢？他又说：“须是退步看。”“愈向前愈看得不分晓，不若退步却看得审。大概病在执着，不肯放下。正如听讼，心先有主张乙底的意思，便只甲的不是，先有主张甲的意思，便只见乙的不是。不若姑置甲乙之说，徐徐观之，方能辨其曲直。横渠（张载，1020-1077）云，‘濯去旧见，以来新意。’此说甚当。若不濯去旧见，何处得新意来？”

十一世纪的新儒家常说到怀疑在思想上的重要。张横渠说“在可疑而不疑者，不曾学。学则须疑”。朱子有校勘、训诂工作的丰富经验，所以能从“疑”的观念推演出一种更实用更有建设性的方法论。

他懂得怀疑是不会自己生出来的，是要有了一种困惑疑难的情境才会发生的。他说：“某向时与朋友说读书，也教他去思索，求所疑，近方见得只是且恁地虚心，就上面熟读，久之自有所得亦自有疑处。盖熟读后，自有窒碍不通处，是自然有疑，方好较量。”“读书无疑者须教有疑，有疑者却要无疑，到这里方是长进。”

到了一种情境，有几个发生互相冲突的说法同时要人相信，要人接受，也会发生疑惑。朱子说他读《论语》曾遇到“一样事被诸先生说成数样”，他所以“便着疑”。怎样解决疑惑呢？他说：“只有虚心。”“看得一件是，未可便以为是，且顿放一所，又穷他语，相次看得，多相比并，自然透得。”陆象山（1139-1193）是朱子的朋友，也是他的哲学上的对手。朱子在给象山的一封信里又用法官审案的例说：“（如）治狱者当公其心……不可先以己意之向背为主，然后可以审听两造之辞，旁求参伍之验，而终得其曲直之当耳。”

朱子所说的话归结起来是这样一套解决怀疑的方法：第一步是提出一个假设的解决方法，然后寻求更多的实例或证据来作比较，来检验这个假设，——这原是一个“未可便以为是”的假设，朱子有时叫做“权立疑义”。总而言之，怀疑和解除怀疑的方法只是假设和求证。

朱子对他的弟子们说：“诸公所以读书无长进，缘不会疑。某虽看至没紧要的事物，亦须致疑。才疑，便须理会得彻头。”

正因为内心有解决疑惑的要求，所以朱子常说到他自己从少年时代起一向喜欢做依靠证据的研究工作（考证）。他是人类史上一个有第一等聪明的人，然而他还是从不放下勤苦的工作和耐心的研究。

他的大成就有两个方面：第一，他常常对人讲论怀疑在思想和研究上的重要，一这怀疑只是“权立疑义”，不是一个目的，而是一个要克服的疑难境地，一个要解决的恼人问题，一个要好好对付的挑战。第二，他有勇气把这个怀疑和解除怀疑的方法应用到儒家的重要经典上，因此开了一个经学的新时代，这个新经学要到他死后几百年才达到极盛的地步。

（《中国哲学里的科学精神与方法》）