1913年到1916年间，熊子真在德安除了购田置产，结婚生子之外，他还如饥似渴地发奋读书，为的是把过去因闹革命而耽误的时间补回来。

在离德安城南十二里的九仙岭，有一座阳居寺，熊子真觉得不错，是个适合读书的好地方。于是，他辞别妻子，搬进寺庙里，过起了“两耳不闻窗外事，一心只读圣贤书”的日子。可是，没过几天，熊子真发现这座寺庙香火很旺，来来往往的香客太多，其实并不太适合读书。他便重新物色安静之所，不久便发现德安城北三里的心佛寺相对要安静很多，而且住持还是一位懂诗的高僧。熊子真便搬了过去。可是，没出几天，问题又来了，那位住持僧并不是个低调之人，喜欢经常邀请一些有头有脸的人物在一起吟诗作赋。熊子真对他那副阿谀谄媚的嘴脸实在受不了，便决定再继续找地方读书。找来找去，最终在德安城西北二十五里的望夫山上，找到了合适地方。这个地方就是始建于南唐保大二年(944年)的双峰寺，此寺因位于两座山峰之间而得名，香客不多，非常清净，庙里的僧人们也低调和善，更重要的是，这里距离家里只有六里地，很方便家里人送饭送衣。

可以这样说，双峰寺的确是熊子真的一块“福地”，在这里，他潜心钻研了经学、子学、佛学和商务印书馆翻译的西方哲学书籍，并且写出了很重要的学术文章《船山学自记》《某报序言》《记梁君说鲁滂博士之学说》等。其中《船山学自记》，文辞典雅，意境深沉，正如学者郭齐勇先生所说：“颇能反映熊先生通过曲折、烦恼及生命悲情，转而探求人生真幻问题与安心立命之道。”

这样隐居的日子，对于熊子真来说，是个人思想修养得到极大提升的一段时光，也是其内心充实愉悦的一段时日。这样的日子似乎过得特别快，转眼就到了1917年，熊子真平静的隐居生活被打破了。

原来，熊子真离开军营，在德安潜心读书的这几年，外面的世界又发生了巨大变化。首先是袁世凯倒行逆施，于1915年12月12日登基称帝。云南督军蔡锷与云南将军唐继尧等人，在昆明宣布云南独立，建立云南都督府，组织了大约两万人的讨袁护国军，“护国战争”爆发。在国内与国外形势的逼迫之下，众叛亲离的袁世凯不得不于1916年3月22日宣布撤消帝制。6月6日，袁世凯病死，护国战争取得胜利。

袁世凯死后，黎元洪担任总统，段祺瑞出任总理，宣布恢复被袁世凯废止的《中华民国临时约法》和国会。此时，第一次世界大战即将结束，就中国是否向德国宣战的问题，黎元洪与段祺瑞意见不统一，段祺瑞主张参战，而黎元洪及国会则不同意。

府院之争的结果是，段祺瑞被黎元洪免去总理之职，带领辫子军的张勋被黎元洪招入北京。不料，张勋却迷恋帝制，竟然拥溥仪复辟，国会再次被解散。

段祺瑞在天津通电讨张，并组织讨逆军，成功驱逐张勋，复辟丑剧仅仅闹腾了12天。经此变故，黎元洪引咎辞职，冯国璋接任总统。段祺瑞称这个事件为“再造共和”，认为旧国会已被解散，原有法统已经不再存在，于是与梁启超等人一起，组织临时参议院，成立新政府。

以孙中山为首的南方革命党人为维护《中华民国临时约法》和恢复国会，在广州建立护法军政府，并组成非常国会。孙中山就任海陆军大元帅，率粤、桂、湘、川等军抗击段祺瑞执政府，掀起“护法运动”。

身处德安的熊子真从报纸上了解到这一国内形势，再也坐不住了。不久，他重新穿上军装，投身到轰轰烈烈的护法运动中，并在湖南参加了桂军抗击北洋军阀的战争。

1917年8月6日，段祺瑞派出心腹大将傅良佐取代谭延闿为湖南督军。9月9日，傅良佐率北洋军到达湖南后，就下令免除原同盟会会员、零陵镇守使刘建藩和驻衡阳湘军旅长林修梅的职务。18日，刘、林二人联名通电，宣告“自主”，脱离北洋政府。

西南护法各省把湖南督军换人，看作是段祺瑞即将进军西南的信号。于是，桂系决定派出桂、粤联军80营援助湖南。10月3日，孙中山正式下令讨伐段祺瑞，湖南护法军组成以程潜为首的湘南总司令部。段祺瑞也向北洋军下达了讨伐令，傅良佐任命第8师师长王汝贤为湘南司令、第20师师长范国璋为副司令，分三路讨伐湘南。10月6日，北洋军和湘南护法军在湘潭西倪铺接战。

战争持续了一个多月。11月14日，北洋直系军阀王汝贤和范国璋不愿为段祺瑞卖命，径自通电议和，并撤离战斗前线。20日，护法军攻占长沙，控制了湖南。

在这场战争中，熊子真积极奔走于湘桂之间，全力以赴支持桂军抗击傅良佐的军队，起到了很重要的联络协调作用，为战争的胜利作出了自己的贡献。

取得胜利后不久，熊子真在朋友白逾桓的邀请下，一同南下广州，进入军政府，成为孙中山的幕僚。

白逾桓1876年出生于湖北天门，早年留学日本，在明治法律学校就读，并加入中国同盟会，被推为干事。1907年初，与宋教仁、吴昆由日本回到东北，成立了同盟会辽东支部，策划起义，事泄被捕，在押解途中逃脱。后来，他改名为吴操，在北京创办《国风日报》，任社长兼总编辑，继续宣传反清革命。武昌起义后，他南下汉口，担任任湖北都督府参议，与熊子真同事，并成为好朋友。

不过，令熊子真没有想到的是，到达广州后的白逾桓，在政治上竟然发生了很大转变，与自己的政治主张有了明显的冲突。白逾桓先是反对选举孙中山为非常大总统，后来又与陈炯明纠合在一起，反对孙中山的北伐主张。

1917年11月22日，总统冯国璋免去段祺瑞国务总理之职，任命王士珍为国务总理，段祺瑞内阁再次倒台。广州军政府内部形势也发了变化，桂、滇两系军阀不仅在护法战争中勾结直系罢兵议和，破坏孙中山护法宗旨，而且还拉拢国会中的政学会分子和国民党保守派破坏护法军政府，排斥孙中山，企图夺取护法运动的领导权。

1918年5月4日，被人操纵的非常国会强行通过《修正军政府组织法案》，孙中山被迫辞去大元帅一职；20日，非常国会改组军政府，完全由桂、滇军阀及其附庸所控制，护法成为空名。孙中山看透了桂、滇军阀名为护法、实为争夺地盘的面目，认识到依靠军阀不可能达到护法救国的目的，遂于21日离开广州，前往上海，护法运动宣告失败。

作为孙中山的幕僚，熊子真当然目睹了这一场权力角逐的全过程。在广州的这些日子，熊子真越来越觉得，现实情况与他当初参加辛亥革命、护法运动的理想之间，存在着巨大的反差。这种反差，使他深受刺激，心灰意冷，对政治深感失望。他原来以为，政治革命理当促进道德进化，然而他看到，政治运作不过就是一些肮脏的交易罢了。

所以，随着孙中山的离去，熊子真也毅然选择离开广州。