中国教育会是凭借上海许多得天独厚的条件生存发展起来的，这里地处中外交汇的中心点，又是国内新知识群的荟萃之所，外部信息灵，内向辐射广。但也由此带来成员背景各异，思想驳杂，性情相悖等不利因素。在租界特异环境和清末专制统治秩序调整松动的情况下，个人活力得以发挥，相互摩擦也因而加剧。中国教育会几起几伏，迭遭顿挫，清廷与殖民当局的镇压破坏固为主因，而中国教育会本身的弊病，则是从内部滋生的瓦解因素。
中国教育会最大的隐患之一，就是内部两派分歧始终未得到合理调整与解决，激烈派希望借此开展革命活动，温和派则企图变为纯粹的教育机构。双方没有妥筹良策，协调步骤，而是回避矛盾，各行其是。结果，合法与秘密两方面事业不能始终并行不悖，两派不断地试图使各自的主张成为唯一宗旨，否则就从事组织外的小团体活动，或是同时加入其他团体。这样虽然避免了正面冲突，但人力物力资源难以公平分配，组织建设起伏动**，组织功能无法发挥，内部矛盾冲突不断爆发。为此，中国教育会很难提出一套政纲策略，广泛吸引民众，从而突破教育的外壳，真正成为政治核心与旗帜。所以，尽管它力图发展为众望所归的政治团体，最终也只能把革命分子迫切要求组建革命大团体的潮流引导到同盟会的旗帜之下，而自身则在共和革命的凯歌进行中悄然消逝。
个人与宗派主义严重，成为中国教育会的一大弊端。近代中国的民主宣传重自由而轻权限，已经流弊匪浅。中国教育会激烈派中的一些人，受无政府主义影响较深，为害更重。他们鼓吹：“自由者何？凡吾心所欲为之事，吾皆得而为之，而人断不能禁止吾压制吾也。”[1]从反对专制的角度看，这在当时确有积极意义。但极端个人主义的恶性膨胀，也产生了严重的消极作用。这股思潮泛滥的恶果之一，就是1903年6月中国教育会与爱国学社的分裂。爱国学社成立后，学生大都加入中国教育会，双方在组织和财政上名义有别，实际上难分彼此。大家通力合作，使会社事业日新月异，呈现出生机勃勃的景象。
然而，暂时的成功冲昏了一些人的头脑，部分学生开始向中国教育会闹独立。他们借口财务原因，“揭示戒诸生勿往来中国教育会治事室”[2]，并拒绝出席中国教育会例会。在5月24日中国教育会月会上，有人偶尔提到“教育会立爱国学社”，“学社即教育会之一部分”[3]，学生趁机发难，揭出《爱国学社之主人翁》一文，以“爱国学社与教育会者，平等之二团体”为名，挑起会社主体之争，还刊登广告，严分会社关系。会长黄宗仰从中多方调解，但章太炎与吴稚晖却因素有积怨而各执一端，吴表同情于社员，章则主张不与学社合作，并指责“学生踞学社，不务储能为国用，日夕相与议论结党援以与本会抗，学社之不复为本社有明甚”。提议：“以书警之，能幡然悟则善矣，不然并削诸学生籍。”[4]黄宗仰、蔡元培等调解无效，6月13日，中国教育会为此特别召开评议会。蔡元培鉴于戊戌梁启超与汪康年争夺《时务报》两败俱伤，徒授反对党以口实，主张听学社独立。黄宗仰表示赞同。6月16日，蔡元培辞职北上青岛。3天后，爱国学社发表《敬谢教育会》一文，宣告独立。接着。黄宗仰公开致函《贺爱国学社之独立》，承认既成事实，咽下涩果。
这股革命激流中泛起的浊浪，引起舆论界诸多非议，不少人对学生任意妄为的“独立自由”精神表示怀疑和不满。当时清政府正与租界当局相勾结，紧锣密鼓地策划对上海革命势力进行镇压，分裂使得爱国学社和中国教育会两败俱伤，失去应变能力，结果让统治者阴谋得逞，学社瓦解，中国教育会风雨飘摇，教训极为惨痛。
中国是乡土气息十分浓重的社会，即使在上海这样的国际化大都市中，移民的血缘关系已在脱离故土时破碎，也仍然由地缘关系所取代，全体市民分为大大小小21个商帮，由不同的会馆公所组织控制。[5]生长于其中的新知识人士也难免受此影响，中国教育会会员的宗派行为有时就由地缘形成。1903年10月，王慕陶、刘成禺等人因《繁华报》所登国民丛书社联语有伤书社名誉，与《国民日日报》主笔连孟青发生冲突，牵连章陶严。[6]经章士钊调解无效，双方遂在报刊上大启战端，互相攻诋。林獬兄妹亦卷入战团，火上浇油，使冲突不断升级。戢元丞等联合湖北在沪同人公告为王、刘二人辩诬，冲突进一步扩大，中国教育会不得不开会干预。会上林獬、张继“跋扈专横，以意气相凌压”，王慕陶一气之下，愤然脱会。他是中国教育会的创始人之一，“曾尽国民事业，两岁在狱”[7]，在与爱国学社分裂后的最困难时期，和同志“收合余烬”，以图“重行组织”。出会之后，他余怒未消，痛责会中一些人“鬼气恢恢，月复一月，不思振作”。这次冲突给中国教育会带来严重的后遗症，不少会员对此类无谓之争极为反感，所以“当召集时，多半未到”[8]。更为严重的是，上海当时已成为国内政治斗争的中心点，革命阵营一再发生内讧，大大损害了其声誉形象。
在内部冲突中，会员之间还屡次发生大打出手的野蛮举动，如徐敬吾与何海樵、徐敬吾与蒋维乔、章陶严与章太炎、吴稚晖与章太炎等。这种行为加剧和扩大了会员的矛盾裂痕，并留下很深的积怨。如蒋维乔被殴后于日记中写道：“此仇不可忘，余此生不能报，余子余孙不可忘之！”[9]甚至因此心灰意懒，不愿接办爱国女校。直到后来他撰写《中国教育会之回忆》时，仍不忘旧恶，对徐敬吾极力贬抑。中国教育会的内弊，不仅直接危害自身的事业和组织，也给以后的革命团体造成隐患。一些人加入同盟会后，继续搞独立闹分裂，成为导致同盟会涣散的重要原因。
从联系的环节考察，是认识事物的重要途径。中国教育会以公开和秘密两面出现，刚好适应了处于过渡状态的进步知识分子的普遍需求。它在组织上推动新式社团由区域扩展到全国性，思想上促使维新春雨化作革命惊雷，行动上带动长江中下游知识分子投身革命，在经济文化的中心区形成新的革命基地，并将反清浪潮引向内地，这三方面的作用，都明显表现出过渡特征。随着形势的发展，中国教育会越来越不能容纳青年志士的革命**，而1906年学部颁布《中国教育会章程》，对原有教育会组织在合法化的同时，“整齐而划一之”，禁止从事教育以外的事业，使其公开活动也大受限制。中国教育会在两方面的中心地位分别为同盟会和立宪派士绅的社团所取代，政治舞台上的作用逐渐淡出。这样，中国教育会的产生、发展和衰落，就成为衡量近代知识分子内心世界及其政治倾向变化发展的重要尺度，反映出中国社会在清末短短几年间所经历的潜移默化的深刻变动。
[1] 钱瑞香：《论自由》，载《童子世界》，第10号，1903-04-15。
[2] 金天翮：《蔡治民传》，见《天放楼文言遗集》卷三，1917年排印版。
[3] 《纪事》，载《童子世界》，第32号，1903-06-06；俞子夷：《回忆蔡元培先生和草创时的光复会》，载《文史资料选辑》，第77辑。
[4] 金天翮：《蔡治民传》，见《天放楼文言遗集》卷三。
[5] 杨荫杭：《上海商帮之大势》，载《商务官报》，丙午第12期，1906-08-14。
[6] 此事详情为：王慕陶延纳同乡张香全入国民丛书社居住，张带下女同居，为同人所责。连梦青闻知其事，偶与《世界繁华报》记者谈及。该记者揭诸报端，并误将张一人之事记为该社诸君所为。国民丛书社以此事有伤全社名誉，向《世界繁华报》提出质问。该报馆主李伯元表示愿来社服礼。逾时李未到，刘成禺和丛书社英文教习卢和生（英籍粤人）再往报馆询问，在报馆门口遇见卢友美人某（一说为法人），同入馆内。馆主称消息由连梦青提供，连适在座，推为章陶年嘱登。刘、卢等遂告退。后《国民日日报》载文指刘、卢率洋人假冒巡捕，借异族威吓同种。卢路遇连，以洋伞击其背。章士钊以事关《国民日日报》，且与王交善，出面调停。交涉间程泳生来晤王慕陶，以章偏袒，忿而斥之，章拂衣去。《国民日日报》社指卢殴连为王、刘所指使。林獬与王有隙，开会时据一面之词责王，激化矛盾。（《上海国民之风潮》，载《国民日日报》，1903-10-17）
[7] 《湖北在沪学生代王刘二君公告》，载《大陆》，第12期，1903-10-28。
[8] 《王侃叔致教育会书》，载《大陆》，第12期，1903-10-28。
[9] 蒋维乔：《鹪居日记》，癸卯五月二十二日。