小居鲁士反对阿塔薛西斯二世的叛乱开始于公元前401年的早春时节。那时，小居鲁士率领他的部分军队从小亚的撒尔迪斯（原来的吕底亚的首都，也是小居鲁士总督府的所在地）出发，当时在撒尔迪斯的军队人数是9600名希腊重装兵、2100名轻装兵、200名克里特的弓箭手以及为数不少的波斯军队（他的其余军队在他向东行进时不断与之会合）。后来，据色诺芬说，在小居鲁士和阿塔薛西斯二世交战前，双方的军力对比是：小居鲁士有11万多人（包括希腊雇佣军1.04万重甲步兵，2500轻盾，居鲁士的波军1万人，并有约20辆滚刀战车）；而阿塔薛西斯二世的军队人数为120万人，200辆滚刀战车，还有国王本人统率的6000名骑兵等。有学者认为，这双方军队的数字都是夸大了的。

叛军从撒尔迪斯出发后，来到弗里吉亚，小居鲁士在这里得到了部分雇佣军与之会合，后来又得到基里基亚国王斯维涅西亚的妻子（她成了小居鲁士的情妇）在资金上的支助，她给了他很多的钱，使小居鲁士能够支付雇佣军4个月的工资（她的丈夫却采取了两面政策，据戴奥多罗斯说，他一方面派了自己的一个儿子到国王那里去报告了小居鲁士的打算；又派另一个儿子到小居鲁士那里去，给了他一些军队和金钱）。[5]而后，叛军沿着险峻的、没有设防的道路进入了基里基亚。直到此时，小居鲁士还未向他的军队说明自己进军的真实目的——反对阿塔薛西斯二世，只说是去攻打与小居鲁士有矛盾的当时在幼发拉底河边的叙利亚的总督阿布罗科姆。但有些雇佣兵已经怀疑小居鲁士是去与国王作战。一直到小居鲁士的军队到达了叙利亚的塔普沙克城时，小居鲁士才召集他的希腊雇佣军的将领们宣布说，他是要带领他们去攻打国王阿塔薛西斯二世，命令他们转告他们的士兵们。小居鲁士还答应给每个雇佣军士兵每月5明那白银。

叛军在富饶的叙利亚补充了粮食等。但小居鲁士在行军沿途开始遇到麻烦，特别是开始有人要背叛他。例如，一个名叫奥隆特的波斯贵族向小居鲁士说他要带领1000骑兵去攻打在小居鲁士的行军前方进行破坏的阿塔薛西斯二世的军队。小居鲁士同意了。但这个波斯贵族却写信给阿塔薛西斯二世，说他将率领自己的军队转到他那一方去。但信却落入到小居鲁士手中，奥隆特被逮捕，并被处死。

叛军到达巴比伦尼亚后，小居鲁士检阅了自己的军队，对军队作了动员，他答应在他取得胜利后给他们巨大的报酬。他说：

诸位，我父王疆土广阔，南至无法居住的热带，北至无法居住的寒带。在这两极之间都由我哥哥的友辈分省而治。如果我们获胜，我们将安排我们的人去管这些省份。因此，成功之后，恐怕不是我将无物足以给予诸友，而是怕没有足够多的友人来分享。至于你们希腊士兵，我将格外给你们每人一套金花冠。[6]

小居鲁士的军队和国王阿塔薛西斯二世的军队的会战发生于公元前401年9月3日，地点是在离巴比伦90千米处的库纳克斯村附近。指挥国王军队的是阿布罗考姆斯、蒂萨弗尼斯、戈布律亚斯和阿巴赛斯，不过，阿布罗考姆斯及其军队还未到位，还在从腓尼基到巴比伦尼亚的途中，他晚到了5天，因而实际上并未参加战斗。

开始时，阿塔薛西斯二世的军队没有和小居鲁士的军队交战，而是向后撤。小居鲁士认为这是国王不敢打，“已放弃战意”，因此小居鲁士就大意起来。

第三天进军，他坐在战车上，只带了一小队人马在他面前列开，而大部队伍都散乱行进，并且好多士兵的武器和装具都在由车辆和驮马运载着。[7]

希腊雇佣军配置在小居鲁士军队的左右两翼。在其右翼的是由克列阿尔赫指挥的几千骑兵；在左翼的是小居鲁士的主助手阿利亚率领的部分波斯军。小居鲁士自己带着600名骑兵居中。他的这些骑兵均佩戴着胸甲、护胫和铜盔，并用希腊剑武装了起来。但小居鲁士本人却未戴头盔，说明他有些轻视其兄，没有看到当时的危险性。阿塔薛西斯二世的军队的左翼是蒂萨弗尼斯指挥的着白甲的骑兵，在他们旁边的是轻装部队和埃及重装步兵，在他们的军队的前面是滚刀车。阿塔薛西斯二世处于中央，他把军队展开成半圆形。

战斗开始后，小居鲁士带着自己的600名骑兵向国王阿塔薛西斯二世冲去，使掩护国王的骑兵部队逃跑，并杀死了指挥这支部队的阿尔塔格拉。但在追击时，小居鲁士的随从散开了，他没有了保护。当小居鲁士看到阿塔薛西斯二世以后，便一面叫着“看见他了！”一面向国王冲了过去，并刺穿了国王的护胸，使国王受了伤，但并没有能杀死国王。相反，他自己和他的几个最亲近的波斯贵族却被国王的人杀死了。小居鲁士是因为头部受到矛的重击而死亡的。国王的部下割下了小居鲁士的头和右手，送到了国王的面前。阿塔薛西斯二世抓住他的头发，确认是小居鲁士。

小居鲁士死了，他的波斯人的部下一见便逃跑了。但他的希腊雇佣兵在当时却还不知道，还在继续战斗，直到第二天才得到小居鲁士死亡的消息。

小居鲁士一死，他的叛乱也就失败了。他的希腊雇佣军的一些将领被蒂萨弗尼斯诱杀了，其余的由色诺芬率领，在经过长途跋涉后退到了小亚西部，并很快回到希腊去了。

在取得了对小居鲁士叛乱的胜利以后，阿塔薛西斯二世惩罚了一些背叛者，奖励了一些有功者。但这些有功者却遭到了母后帕莉萨蒂斯的严厉报复以致死得非常惨。例如，使小居鲁士受到致命伤害的一个卡里亚人（国王并不说是他杀死了小居鲁士，而只是说是他把小居鲁士死亡的消息报告给他），但这个卡里亚人却四处张扬，说他因杀死了小居鲁士而受到了奖赏。阿塔薛西斯二世在知道了这个消息后，命令杀了他，但王后帕莉萨蒂斯却说不能这么轻易地就让他死了，她命令刽子手先拷打他10天，然后再挖去他的双眼并把熔化的铜灌入他的咽喉。还有一个名叫米特拉达特的波斯贵族，据说他是第一个使小居鲁士受伤的人，为此，阿塔薛西斯二世曾把小居鲁士带装饰的鞍褥赏给了他。一次，他在出席宫廷酒宴时，喝醉了的米特拉达特大声叫嚷说，正是他用矛打击了小居鲁士的鬓角。这些话传到了国王阿塔薛西斯二世的耳朵里，他命令严刑拷打米特拉达特。他被放置在一个槽里，上面盖上一个槽，他的头和手放在外面，同时把槽放在太阳下，眼睛被弄瞎。而后喂他东西，在他拒绝时，便强制着把食物（奶和蜜的混合物）塞入他的嘴里，又把这些混合物涂到他的脸上，许多蜜蜂飞到他的脸上，脸上长上了蛆，它们渐渐地吃掉了他的身体。过了17天后，才将其判处死刑。在小居鲁士的死的问题上有功的太监马沙巴特被王后剥了皮。

小居鲁士的叛乱虽然有母后的支持，他也准备了多年，但仍然失败了，而且失败得很快，很惨。这是为什么呢？

小居鲁士的叛乱之所以失败，有它的必然性和偶然性。所谓必然性，一是说他的力量太弱小。毕竟小居鲁士的力量比起阿塔薛西斯二世来说要小得多，因为，小居鲁士最多是一个地方的势力，虽然有希腊雇佣兵，也还是势单力薄，而阿塔薛西斯二世却是举波斯帝国一国之力，两相对比，谁强谁弱，不言而喻。在双方决战时，阿塔薛西斯二世还没有使用自己的全部力量，而小居鲁士却已经是倾其所有了。二是说他心虚，因为虽然有母后帕莉萨蒂斯在背后支持他，那也是名不正言不顺，因此，他不得不对自己积聚军事力量一事遮遮掩掩，不能明白地宣布自己的进军目的，一会儿说是为了打击庇西狄人；一会儿又说是反对某个地方总督，而不敢从一开始就说是去推翻阿塔薛西斯二世的王权。这虽然也可以说是一种策略，但有可能说明他心虚。在进军途中他说明了自己的真正目的后，他的军心实际上就已经开始有一些动摇，特别是他军队中的波斯人。他不得不用高官厚禄来收买部下。他的那些雇佣军无论如何都是为了自己的利益而绝对不是为了他小居鲁士的利益去进行战斗的，这是雇佣军的本性使然。所以，在战斗中他们极力保存自己的实力，不完全听从小居鲁士的号令。例如，他命令克列阿尔赫带领他手下的希腊雇佣兵去冲击阿塔薛西斯二世所在的敌阵中央，可是，克列阿尔赫却害怕优势敌人力量的包围而没有按照小居鲁士的命令去执行自己的主要任务——摧毁敌人的中心。[8]

说他的失败也有某种偶然性，是说，由于小居鲁士的突然死去，使得叛乱失去了主要人物，因而叛军的活动失去了目标，很快便作鸟兽散。而小居鲁士的死既有必然性，也有偶然性。他如果不死，叛乱可能会延长一些时间，但若说能赢得胜利却未必。因为在还没有和阿塔薛西斯二世的军队交战时，他已经感受到经济上的拮据，战争再拖延下去，经济上的问题必将更加难以解决。