哲学与科学不同，但不能对立。法国托马斯主义的主要代表马利旦起初认为只有科学可以解决人们所关心的问题，但后来对这种唯科学主义的幻想破灭，入法兰西学院师从柏格森，以后改宗天主教。这种由科学到哲学、再到神学的道路，对个人而言是自由的，但从思想史的角度看是一种曲折的道路，是一种倒退。正确的道路应该是哲学与科学的结合，建立以科学为基础的哲学，以哲学为指导的科学，让它们相互促进，共同繁荣。

人们对智慧的理解是不同的。宗教家们把宗教智慧理解为最高智慧，例如基督教的智慧、印度佛教的智慧。至于希腊哲学的智慧是人的智慧，是低一等的智慧。其实，只有哲学智慧即人的和关于人的智慧才是真正的智慧。中国哲学的特点也是它的优点，就是最少宗教性，最多烟火气，是真正关于人生的智慧。

神学的智慧与哲学的智慧不同。神学的智慧是超人的，它以神的绝对存在为前提，探求世界的神学起源，认为如果没有上帝，事物的存在是无法理解的，世界本身就是上帝存在的证明。当然这种证明是最廉价的，但又是最难驳倒的，因为世界在任何一个时间段上都有无数的未知的东西。哲学的智慧是人的和关于人的智慧，它起源于人与事物之间的关系，是对客观世界以及人与世界的关系的探求。例如古希腊哲学开始于可感的、具体的、实在的事物，是对世界现象统一性、对世界本性的思考。而中国哲学则更多地思考人的存在的意义和价值。

哲学不能归结为人学，但哲学决不能脱离人，与人无关的哲学是毫无价值的。哲学的境界是人的境界，是人能达到的境界，而不是超凡入圣的非世俗世界。真正的哲学总是使人面对世界，给人以生存的勇气和智慧，而不是教人如何脱离人世，遁入天国，把现实世界当成虚幻的世界。后者所谓的智慧不是对问题的解决而是对问题的逃避。从根本上说这很难说是智慧，而是把头埋在沙堆里的鸵鸟的做法。作为一个神学家，马利旦并不排斥哲学的智慧，他很赞扬希腊的哲学，说希腊哲学具有人类的共同的尺度。它是一种严格的哲学的智慧，这种智慧并不是宣称要引导我们达到与上帝的合一，而仅仅引导我们获得对宇宙的理性知识。但奥古斯丁则贬低科学，抬高神学，认为神的智慧是借助最高的理性才能认识的，而科学则是在创造物的幽光中借助低等的理性所认知的。

在当代，科学与宗教齐头并进。把知识交给科学，把灵魂交给上帝，这是不少科学家存在的灵与肉的矛盾。科学在本质上是反对迷信的，这两者在同一人身上的结合，是资本主义社会内在矛盾的映照。历史的道路是弯曲的。从中世纪以后，科学反叛神学、脱离神学是历史和科学的进步，而当代科学没有发挥反宗教的功能，纯粹被看成是生产力，从而把科学的功能单一化了。当今出现的所谓人文精神危机，并不是科学发展的结果，科学精神与人文精神是互补的。当代西方的问题是制度问题，是对科学的滥用，而不是科学本身有所谓双重效应。我们不能限制科学的发展，而要在努力发展科学的同时对科学的运用采取正确态度，特别是不能只着眼于科学的实用价值，而要同时发挥科学的教育功能，宣传唯物主义和无神论的功能。

当代的神学家们都不敢否定自然科学，而是力求用自然科学来解释神学，以求科学与神学的联姻。还是这个马利旦就强调自然科学研究的必要性。他说我们不应忽视自然哲学的问题，它在纯粹的意义上是呈现在我们思想的前进升腾运动中的第一种智慧。它对我们来说之所以有如此重要的意义，正因为它处于哲学初级阶段的最低层。

在哲学与科学的关系问题上，我们经历了或正在经历着两个阶段：一是古代希腊罗马时期，哲学包含自然科学；二是当代西方则用把哲学实证化的方法来消解哲学，他们的口号是拒斥形而上学。他们试图以此来结束哲学，这当然做不到。

人生如果没有烦恼、焦虑、死亡，就不会有宗教，因为宗教就是一种恐惧，是对苦恼和死亡的恐惧。当代的存在主义者着力于人的苦恼与焦虑的解脱，就必然导致宗教。

哲学的智慧当然与哲学家不可分。哲学体系具有个性，它的个性也凝结着哲学家的个性，哲学研究活动带着哲学家的特征。革命的哲学往往就是革命家的哲学。马克思主义哲学的实践性和彻底批判精神是无产阶级的精神，也是马克思、恩格斯的个人品格。哲学家的品格就是他的哲学，而哲学就是哲学家的哲学存在。